藥師本願經講記
太虛大師講述
學僧竺摩記
──二十三年六月在寧波育王寺──
釋迦世尊，於娑婆穢土，剛強難化之眾生中，誕生成道，垂範四生，度脫九界，其無畏勇猛之精神，誠為不可思議者矣！故當時所攝化之大小乘弟子，無不具慈悲喜捨，四攝教化，獅吼象步，超然死生，遊戲神通，淨佛國土。《法華經》云：『眾生見劫盡，大火所燒時，我淨土不燒毀。』此為釋迦世尊，及其化眾，即於娑婆穢土，以建立其淨土者；猶彌陀之極樂淨土，藥師之琉璃光土。蓋十方諸佛，無不本其因中所發之無畏大願，所修之勇猛妙行，行圓願滿，果上之主伴功德備，依正莊嚴成，而清淨國土由之建立。
中國之有佛教，二千餘年，於言教知見上，有歷代古德之開揚，微言大義，得以不墜；唯於身教行為上，漸失偉大雄壯魄力，內枯無畏之精神，外鮮有力之德行，缺之自主，依傍他家，不能修諸佛自力之行願，薦去淨佛國土。故求生極樂之淨土宗，於中國特殊發達，速死之心，切於延生，佛教至此，全成為消極頹廢，失其活潑生機之天趣，如半身不活之人，非依牆靠壁，不能自立，雖有高深玄妙之教理，不能啟發人生之愚昧，履霜堅冰，由來漸矣。
唯我親教太虛大師，秉釋迦世尊之行願，現彌勒菩薩之化身，於此風雨淒迷，人心墮落之際，高踞獅座，發行正令，提示平展佛教教理為綱宗，創唱建立人間淨土為歸趣，二十餘年來，靡間一日，作此深大行願之運動。茲者受四明育王寺之請，講《藥師本願經》，師述講此經「三因緣」中謂：釋迦世尊，『將濟生之事，付與東方之藥師；度死之事，付與西方之彌陀。』又謂：『然此資生之佛教，即為釋迦付託與藥師之法門，而說明在此經中者；此於過去專重度亡之佛教，有補偏救弊之功能，尤合於現代人類生活相資相養之關係。』又謂：『故今日之學佛者，應將藥師如來如何發願修行之方法，牢記於心，孤掌難鳴，眾擎易舉，集眾人之力量，方可轉此污濁惡世娑婆，為清淨琉璃也。』親教大師，將個己之扶顛救危之一片婆心，縮寫於此數語中；將十方諸佛自覺覺他之行願，亦揭示於此數語中；久為一般佛弟子所遺忘之「資養現實人生之佛教」，亦活躍於此數語中。至於師之妙無礙辯，海翻波騰，作如理如量之說法，自有本《講記》為證，無須贅述。將見此後佛弟子之教行，藥師與彌陀並重，資生與度亡齊修，而人間淨土，即以本《講記》立其基礎焉。
芝峰愚鈍，曾承親教大師之命，於「藥師加被益」之「聞名得益」一文，代講三天，深慚意未融真，義未顯理，白圭之玷也。
四明延慶寺弟子芝峰謹序
今講此《藥師琉璃光如來本願功德經》，可有三種因緣：
甲、近人學佛注重現生應用
人生在世之大事，莫過生之與死，而最難解決之問題，亦唯生死而已矣。是以諸佛興世，無非將自己所證知的如何解決生死問題之經驗與方法，宣揚開示，使一切眾生依之實行，而得解決人生最難解決的生死問題。如釋迦世尊之降生為娑婆教主，應此界之機，示現成佛說法等事，其所為之目的，即使吾人由之而對生與死之問題獲得相當的或究竟的解決辦法。故吾人稱釋迦為本師，通常皆目之為『三界導師，四生慈父』，凡佛弟子，皆奉為根本之師，亦以現今世上所流傳之佛法，皆導源於釋迦佛也。
但中國諸大叢林之大雄寶殿中，皆供三佛，中供釋迦，其左右兼供藥師與彌陀者，正顯釋迦在此界為主中主，藥師彌陀為主中賓。主中主者，乃如如不動之無為妙體，雖無為而無不為，一切諸法莫不依止此，一切作為咸皆歸向此，故能達生死本空而究竟解脫者，即為主中主，而更不須他求。然對世界眾生之未了生死者，從如如不二之妙體中，開出藥師與彌陀之兩大法門。將濟生之事，付與東方之藥師；度死之事，付與西方之彌陀。蓋東方位四方之首，居四季之春，生長萬物，故資生延壽之事屬之；西方位四方之三，居四季之秋，萬象蕭條，故救死度亡事屬之。是知藥師彌陀，乃從此界釋尊全體所起之大用，雖有消災度亡之別，攝用歸體，咸不外乎無為而無所不為之釋迦佛；而體用別論，亦不妨列有三佛也。
中國自唐宋以來，於佛法注重救度亡靈或臨終往生，偏向彌陀法門，故以彌陀法門，最極弘盛。中國人有不知釋迦與藥師之名者，而彌陀則人人皆知，可見唐宋後之中國佛教，偏於度亡方面，信而有徵矣。由此之故，社會人民往往有認佛教為度死人之所用；死後方覺需要，而非人生之所須，是甚昧於佛教之全體大用。
近年以來佛教漸普及於中國現社會各界人士中，種種經營建立佛教之團體，且依之修學者，不乏其人，尤其注重於應用到現代社會之新佛教精神，如辦佛教孤兒院，義務學校，施醫所等社會公益事業，改善家庭社會之生活，使一般人於現生中得佛法之益。過去偏重於薦魂度鬼之佛教，已一變而為資養現實人生之佛教矣。然此資生之佛教，即為釋迦付託與藥師之法門，而說明在此經中者，此於過去專重度亡之佛教，有補偏救弊之功能，尤合於現代人類生活相資相養之關係，故今有講此經之需要。
但人生依是藥師彌陀二佛，對於生死二事雖得相當辦法，然究竟辦法，仍在直達如如不動之主中主釋迦佛。此即真如法界，人人本具，各各不無之天真佛也。若能契會於如如理，則真如境內，本無生佛假名，平等慧中，何有自他形相，涅槃生死，等同空花，是則第一義諦中尚覓生死了不可得，何有生死大事之欲待解決耶？良以無始不覺，飄墮於如夢幻泡影之生死海中，旋轉無已，此諸佛所以出世，佛教所由建立也。由是而體達生死本空，了不可得，固毋須向外他求；若或生存之欲求未盡，則須仗藥師法門而消災除難，成就福壽，即此人生，可得無上利樂。如由父母妻子之相資相生，即成家族，由各個家族相助相養，即成社會，由維持社會秩序，即成國家，乃至諸國互濟相資，即成全人類世界。不但此也，即宇宙間之形形色色，動物植物，皆有相生相養相資相成之關係，而構成有情與器世間也。
復次，世界既有成住壞空，則眾生棲息其中，亦有生老病死，死生生死，生死流轉，故無生而不死或死而不生者，所謂『死者乃生之始，生者乃死之終』，正明生死不斷。而生時即有父母、妻子、朋友、家族、社會種種關係，若能依此消災延壽之法門，作種種資生之事業，則生之問題解決矣。然死後須隨善惡業因，昇沉於天上、人間、鬼、畜、地獄，若依出世三乘教法修行，即得超越輪迴六趣，或依彌陀法門而得生淨土，則死之問題解決矣。故人生時則有相資相生之關係，依佛教法，得消災延壽之益；臨命終時，則轉生善道，或往生淨土，乃至六親眷屬，廣作佛事，水陸空行，超度亡靈；而人世之生死二大事，均有辦法矣。
故於釋迦佛法中，濟生之事，須藉此經；度死之事，乃屬《彌陀》等經。今欲將唐宋以來偏重度亡之佛教，變為適應今日現實人生之佛教，以逗近人學佛注重現生應用之機宜，乃提倡講演此經之第一因緣也。
乙、中國名東震旦土即為東方世界
藥師佛所住之東方琉璃世界，乃以此娑婆世界為標準而言。謂從此界東去經十萬殑伽沙（恆河沙）世界，有一國土，名淨琉璃，其佛名藥師琉璃光。此以佛眼視之，十萬殑伽沙世界外之世界，亦猶吾人視法堂前之舍利殿耳；而在凡夫觀來，渺渺茫茫，不可捉摸，非特想像不能及，即言說文字亦莫能到，入於不可思議矣。但依佛法而隨順凡夫心量，不妨將廣大之事，縮小而說。假如以釋迦佛降生之中印度，當為娑婆世界，則從中印度經東印度及諸小國，而至東震旦土，（亦譯支那、天竺、身毒、真丹。震旦者，八卦東方曰震，東方日出曰旦，皆符萬物生長義。）則東震旦土即可視同東方琉璃世界也。不但此也，即此世界人類之思想、文化、道德觀之，吾人所居之東震旦土，亦與東方琉璃世界之藥師法門相符。蓋吾中國之思想文化，如孔、孟、老、莊等學說，及堯、舜、湯、武、周公等古聖先賈，皆重於人生道德、修養、修身、齊家、治國、平天下等，皆現生之事。若由中印度而西之天方、猶太、埃及、希臘、羅馬等古國視之，就其所倡之摩西、基督、回回等教，說世界人類為上帝所創造，人生在世無別事，只求死後回復到上帝之天國，故其對現實人生更不求辦法，唯一之目的，在求上帝哀憐早生天國，故皆偏重於死事。
由此將範圍縮小觀之，以中印度為娑婆，由中印度而東至震旦土，宛然東方之藥師琉璃世界也。且其注重資生事業，尤皆與藥師淨土極相符合；中印度而西至猶太、羅馬等，偏於度死之事，正近似於西方極樂世界之往生法門。由是觀之，今東方中華民族之東震旦國，其民族性，及古聖先賢之道德文化，皆與琉璃世界之藥師法門相宜，乃提倡講演此經之第二因緣也。
丙、依藥師琉璃世界建立新中國及人間淨土
依據前二義以合明之，謂此《藥師經》中釋迦佛說，東方有琉璃世界，其世界有藥師琉璃光如來；其世界如何嚴飾，其佛因地時如何發大願利樂有情而得此報，乃至於中，有日光月光等菩薩住其中。若近攝之為東震旦土，即可視為現今中國人民之理想國。如何實現此理想國？則佛教中所謂『三界唯心，萬法唯識』，依吾人心理中所想像之琉璃世界為模型，如工程師之先有計劃圖樣，依之而施建築工作，則此東震旦土，亦即可成為琉璃世界。故願吾國人民，應以琉璃世界為理想國，定為趨向之標準；依藥師之本願，而發願，使將來世界如何如何，集修眾行，則因圓果滿，琉璃世界實現匪遙矣。
再推廣言之，以今世交通所及之地球人類，概依藥師如來如何發願修行而成琉璃世界之方法行之，則人類之理想世界，亦不無實現之希望也。故今日之學佛者，應將藥師如來，如何發願修行之方法牢記於心；孤掌難鳴，象擎易舉，集眾人之力量，方可轉此污濁娑婆為清潔琉璃也。以今日重重困陷於水深火熱中之中華人民，尤宜急依此法，以求安全之出路；即今全世界人類，鬥爭熾然，人命朝不保夕，亦唯依此藥師消災延生之法，乃能轉禍為福，是則提倡講演此經之第三因緣也。
依此《藥師經》而作延生法事，雖尚流行於中國；然能講解修行者，則如鳳毛麟角。就吾數十年足跡之所至處，皆未遇見講習此經，今能於此釋迦如來舍利道場之阿育王寺宣講此經，亦誠為現代佛教中極可紀念之一盛事也。
太虛大師講，學僧竺摩記，廿三年四月於甯波阿育王寺
二 釋名題
甲 分釋
1.藥師 藥師者，即吾人日常所誦之消災延壽藥師佛。藥師、乃梵音『裨殺社窶嚕』之義譯，亦可稱為大醫王佛。所謂佛為無上醫王，拔除眾苦，善療諸病，故以藥師為喻。藥乃世間治病之物，例如藥店中所陳列之藥品。但以佛法言之，不惟人於得病時方吃藥，凡世界眾生無時不浸在惑業苦之病中，身心充滿諸病。若身病，則有世俗藥物可治；若心病，則須以法藥對治之。在藥之意義上說，藥是治病之物，若無病則非藥，故從無病非藥之反面，而顯有種種治病之藥。然亦不外二種：一、治身病之物藥，二、治心病之法藥。
物藥者，即世間治身病之藥。中國自神農嘗百草製藥以來，為物藥之發源。但物藥非唯草木等植物，即金土炭石等礦物，飛禽走獸等動物，皆為製藥之原料。吾人試檢店中所製之藥，其要素原料皆不外乎此礦物、植物、動物之三種。但依藥病之本義言之，則唯病時為病，藥時為藥，此屬狹義。若廣義言之，則寒而需衣，餓而需食，倦而需住，困而需行，乃至旅行憊倦以舟車代步，睡眠來時以床座歇息；此饑、寒、困、倦等無非是病，此衣、食、住、行等無非是藥。總之，人生之有需要，無非是病；所需要者，無非是藥。故眾生充滿諸病，宇宙萬物莫非藥也。此以普賢菩薩與善財童子之一段問答因緣，更可顯明藥與非藥之義意：一日，普賢命善財入山採藥，凡能為藥之草木，皆可採來。而善財踏遍山岩，徒手而歸。詢之，則言滿山皆藥，無從採起。普賢又命入山，將非藥者採來。善財依然空手而歸。再詰之，則見滿山，又皆非藥，亦無從採起也。此其從是藥之心視之，故滿山皆藥；從非藥之意看之，故滿山皆非藥。是知藥與非藥，全在醫生之得當與否，得當則砒霜亦可為藥，不得當則人參亦能死人。故從廣義言藥，雖宇宙萬物皆可為藥之原料；若不經醫生配製，礦植等物又皆非藥。藥須經醫生製方配成，方可治病。又藥中復有丸、散、膏、丹等已製成之藥，此即所謂『祖傳秘方』，『配時雖無人識，良心自有天知』，隨時可以治病者。綜上而知物藥不外三種：即有礦、植、動物等為藥之原料；以之有按方製配之藥；有丸、散、膏、丹等已成之藥。
法藥亦有三種：一、經律論，二、五乘、三乘、一乘，三、陀羅尼。佛依眾生而施設經律，皆為對治眾生身心之病。眾生墮無明惑，得業報身，充滿諸病，佛說諸經、諸律廣為醫治；乃至菩薩、聲聞結集經律，造論申義，真理重重，法門無邊，取之不盡，用之不竭，亦猶充滿宇宙間之礦植等物，皆為藥之原料。雖然、眾生有八萬四千病，佛說八萬四千法門，對機施藥，方能治病，故有五乘、三乘、一乘之教法。五乘：即人乘、天乘、聲聞乘、緣覺乘、菩薩乘。為人乘，則施五戒，十善之法，對治五逆，十惡之病；為天乘則施四禪、八定等法，對治散心位中諸病。此二為出世三乘之基礎，是必經之階梯，故亦說為五乘共法。推而上之，復說出世三乘共法，使聲聞、緣覺，依四諦、十二因緣等教法，滅除三毒煩惱，解脫生死病苦。聲聞等所行四諦等法，雖屬二乘，而為大乘之所共行，故亦曰三乘共法。又為一類發菩提心修大乘行之機，遂直施一乘不共之教。佛對眾生之根性差別，而施五乘、三乘、一乘之法藥，亦猶世俗醫師，對病人而製方配藥也。陀羅尼者，此云總持，總持無量教法；亦云遮持，遮一切惡病持一切善法。此能治一切病，亦猶物藥中之丸、散、膏、丹為祖傳秘方，不可示人。蓋總持咒語，義不可解，且亦無須推尋其義；若能依之修持，身密結印，口密持咒，意密觀想，三密相應，便得遂願所求，解除生死，消滅過患，得大妙用。如此經中之藥師咒，若能依之誦持，亦可消災獲福，有起死回生之功效也。綜上藥與非藥，列表於下：
┌礦、植、動物
┌物藥─┤製方配藥
藥─┤ └丸、散、膏、丹
│ │ ┌經、律、論
│ └法藥─┤五乘、三乘、一乘
│ └陀羅尼
非藥────○○○
師者，正顯其能以物藥、法藥善治眾生身心之病，謂之為師。古謂藥師，義兼醫師。前明礦植動物之物藥，與經律論之法藥，皆須得師調製，方可為藥；若無師，藥亦無。唐黃蘗禪師所謂：『大唐國裏無禪師』。復言：『不是無禪，乃是無師』，故以師為最要。世俗如神農、扁鵲等以物藥治身病，即為物藥之師；佛以種種法藥善治眾生之病，故為法藥之師。地上菩薩對地前人言，亦稱藥師，而對佛言，亦為病人，蓋微細無明未盡，猶須佛之法藥治故。地前菩薩對二乘、人、天言之，亦稱藥師，對地上菩薩言，亦為病人。乃至人天對邪外眾生言，亦稱少分藥師，但推而上之，實是病人也。唯邪外眾生，但屬病人而非藥師。又九界凡聖，皆為病人，唯佛界乃為究竟無上之藥師也。若從非師邊言之，則邪外、人天等皆為非師，二乘、菩薩少分屬非師，唯佛不在非師中攝。又佛之法身，遍一切處，隨物應生，神變莫測。而自受用身，住佛自果功德。現他受用，應地上機，為地上師。現大化佛，應地前機，為地前師；現小化佛，應二乘、人天之機而為師；現隨化佛，應人天及邪外之機而為師；是故唯佛一人，乃為究竟藥師。今復以表明之：
師─────── 佛 ──────自受用佛┐法
│ 地上──────他受用佛│
│ 地前──────大 化 佛├身
│ 二乘──┬───小 化 佛│
│ 天 ──┘ │
│ 人 ──┬───隨 化 佛┘佛
非師────── 邪 ──┘
2.琉璃光 琉璃光者，合梵華方言，梵音為『薛琉璃缽拉婆喝囉闍也』。琉璃、具云薛琉璃，或吠琉璃。平常聞見琉璃二字，即想到大殿中懸於佛前之琉璃燈的體質，其實不然。琉璃乃順梵音薜琉璃相近而譯，其義為青色寶，──即寶石中之蔚藍色者。寶石即同寶玉，其體透明，如天青之色，有晶瑩之質，表裏洞徹，內外相映；所謂琉璃光者，即此天青寶中所含之淨光。其為相也，如萬里無雲蔚藍深青之天空，充滿杲日光輝，由光明清淨故，更顯其高遠蔚藍；由高遠蔚藍故，更顯其光明清淨，可以彷彿似之。此無雲無障之清空，即顯絕言絕相之如如第一義空；於此如如第一義空中，充滿般若之如如無分別智光，由般若無分別智照第一義空之境，同時由如如境而顯如如之智，境智如如不二，即是青色寶光之琉璃光也。又四寶所成之須彌山，其覆於吾人所居南閻浮提之上者，即吠琉璃寶。吾人對高日麗天迥無雲翳障隔之晴空，即為吠琉璃寶所放之青色寶光。此顯離垢真如，或出障圓明之如來藏。蓋由天空一切障翳淨盡，所顯潔無瑕疵之吠琉璃寶光，亦猶以般若無分別智，掃空無明惑染而照耀真如法界如來藏性也。復次、此琉璃光義，與今日中華人民所欲實現之理想目標，亦極相符；蓋孫中山先生以青天白日為建立中華民國之國旗，此青天即琉璃寶，白日為琉璃寶充滿之淨光。佛陀說法，無不契理契機，此琉璃光尤深契第一義空境智如如之理性，與中華民族建立民國之機宜也。
3.如來 如來者，可綜上藥師與琉璃光二義而顯之：如、即琉璃光，來、即藥師。如即琉璃光者，不變不異謂之如；無二無分別，遍一切處，盡未來際謂之如。謂如如智契如如理，如如理冥如如智，理智泯合，故曰如如；亦即根本無分別智，證於根本無分別之真如妙性。此真如妙性，地前三賢、二乘未證，地上菩薩分證，唯十方諸佛究竟明證，猶吠琉璃寶光之純淨圓明也。來即藥師者，諸佛契證真如妙性，自他平等，不可思議。但以十方眾生，迷而不覺，妄想顛倒，未能證得。為欲令除顛倒之妄想，撥無明雲霧而見佛日麗天，乃由大悲願力，從真如性中來示成佛，應病施藥，教化眾生，此非來即藥師乎！如來之梵音為『呾他揭多』；亦即餘經『多陀阿伽陀，阿羅訶，三藐三佛陀』中之『多陀阿伽陀』。總之、約證真如妙性，皆屬於如；在現身說法教化眾生之來去生滅行住坐臥等儀相，皆以來義攝之。故如來者，來即非來，非來而來。自其來義觀之，若行、若住、若坐、若臥等，皆即如而來；自其如義觀之，若行、若住、若坐、若臥等，皆即來而如。故不於行住坐臥等中見如來，亦不離行住坐臥等中見如來，金剛經所謂：『如來者，無所從來，亦無所去，諸法如義，名為如來』也。
4.本願功德 藥師果上所成之功德莊嚴，皆出本因地中行菩薩道時所發之大願；由此本因地中所發大願而成果德莊嚴，故名本願。但諸佛菩薩因地所發之願，有通有別：通願者，即『眾生無邊誓願度，煩惱無盡誓願斷，法門無量誓願學，佛道無上誓願成』之四弘誓願；亦可加『福智無邊誓願集』為五願。然此第五願已在第四『佛道無上誓願成』中攝盡，蓋所成之佛道，即福智兩足尊也，故毋須再立第五之願。此為十方諸佛菩薩所發之通願。其於通願中各有別願者，即如彌陀之有四十八願，藥師之有十二大願，乃至其餘諸佛所發之八願四願等，皆為別願。而諸佛菩薩所發通別之願雖無量無邊，不妨彌陀以四十八願為本，藥師以十二大大願為本，乃至一一佛各有其根本願，以攝其餘諸願為枝葉，故本願又即根本願也。
所謂發願者，即普通所謂立志，志既立定，則抱有志者事竟成之決心，雖赴湯蹈火亦所不辭，以達到其目的為止。如普通人入學校，進教會等，亦須立志願書，方能允可。志之所在，為成功建業之本因，故立志願者，誠人生先決之問題也。諸佛菩薩因地發願，亦復如是，誓願既定，雖經艱難困苦而必具不屈不撓之犧牲精神，實現其所志之目的。但其所以與普通立志不同者，以諸佛菩薩因地中發上求佛智，下化迷情之願，皆從清淨心中出發。謂由五遍行中思心所，五別境中欲心所、勝解心所、慧心所，十一善中信心所等以成，非但別境之欲也。
又稱為誓願者，誓為誓約，正明志願既立，復以誓約束，則非志願完成不可。故平常所謂人之患者，患不立志，若志既立，必定成功。今菩薩既立眾生無邊誓願度等志願，雖經若干波折違礙，亦必有達到目的之一日。如江河百川之水，雖經山丘土石之阻而終匯於海，所謂『溪澗豈能留得住，終歸大海作波濤』也。故自諸佛菩薩之通願觀之，其所發誓願無量無邊，而本此誓願修行所證之果，其施設普濟群生之法門，亦無盡無滯也。自其願上之誓以觀之，例如彌陀之願成佛時，名稱普聞，若聞我名皆得往生，若不得成，誓不成佛；則今日彌陀既已成佛，其所誓亦必成矣。又如水陸儀軌上每有『惟願不違本誓』，此不違本誓，為保持人格信譽之要素，若違背本因誓願，則即為自欺矣。即如中國古來之聖賢，凡有所為，務必躬行實踐，成其志行。故學佛者，亦須先發誓願，範圍自己，督促自己，鞭策自己也。
復次、雖有本願，必藉功行圓滿，方使其本願之得遂；如發眾生無邊誓願度等四弘誓願，則須修六度、四攝等諸勝行，功成果圓，方能實現眾生無邊誓願度之理想；若無功行，有願徒然！故平常謂發菩提心，修菩薩行：此菩提心，即上求佛道、下化眾生之心；此菩薩行，即四攝六度等萬行。四攝者：布施、愛語、利行、同事。六度者：布施、持戒、忍辱、精進、禪定、智慧。必藉此等功行圓滿，方得果位莊嚴妙用，是即所謂功德也。功德、謂功家之德；但有功所顯德，與功所生德：所顯德者，即無為性德，如如本具，但因妄想執著覆蔽而不能彰顯，若修六度等功行圓滿，掃盪無明障翳，即顯於本然性德也。所生德者，即如修六度萬行，由布施故，得種種法財珍寶，乃至由禪定故得種種自在妙用。故由功行有所顯德，亦由功行有所生德；而此二德，咸由本因地誓願所起功行而成就者。故藥師琉璃光如來之依正莊嚴果德，亦由因地本願策發功行以圓滿焉。
5.經 梵語修多羅，或素怛纜，此翻為經；直譯其義為線。如布帛須經緯線而織成，散亂之花，線能貫穿；正喻法界諸法，生佛平等，不增不減，而眾生迷故散亂忘失，不成體系，諸佛如證而說故，如握網之綱，貫穿而顯現也。又、修多羅廣則總包一切經典，狹則唯局十二部中修多羅部之直說者。又、佛時藉音言以聞法，初無寫本，佛後由眾弟子之結集，貫穿佛語，猶線串花而成經本也。經在中國訓常，訓法。蓋古聖先賢之言教，足令萬世奉為圭臬，而四海效作模範者，則謂之經；此與佛之修多羅相當，故譯為經。又譯契經，有契理、契機二義：契理者，佛之說法，皆與真理契合，為實相印與三法印印定，方可稱經，否則、說同魔外。契機者，佛所說法為使眾生開示悟入佛之知見，若不能悟他，等於廢話，故須契機方得其用也。
乙 合釋
1.藥師琉璃光 藥師琉璃光，正是此佛之別號，雖是別號，而此藥師琉璃光，亦正為一切佛及菩薩共證共修之悲智。由大悲心故，倒駕慈航，應病施藥，而為大藥師，度無明顛倒之眾生，出生死險惡之苦海，故成其為大悲藥師。但獨悲不能成事，須藉琉璃光之無分別妙智，方可成滿因中不思議之本願，而發生不思議之德用。由不思議之大悲，起無分別之妙智，由無分別之妙智，成不思議之大悲，則藥師琉璃光之義彰矣。此以藥師與琉璃光為並列之悲與智，即六合釋中之相違釋；若藥師之琉璃光，即依主釋；若藥師即琉璃光，亦持業釋。
2.藥師琉璃光如來 藥師琉璃光如來者，藥師琉璃光，為此佛別名；如來，為諸佛之通號。其能有被稱為如來之資格者，皆已五住究盡，二死永亡，位登妙覺極果，化被九界群機者。而此藥師琉璃光，放諸佛自覺覺他之本領，應具盡具，故亦稱為如來。但藥師琉璃光為別義，如來為通義，攝通就別，依別名通，故今言藥師琉璃光之如來，乃依主釋也。
3.藥師琉璃光如來之本願功德 藥師琉璃光如來之本願功德者，正顯此經乃說藥師之本願功德者；謂本因地中所發之誓願而成果位之萬德莊嚴，此亦為六合中之依主釋。故經中文句，可合可分，分則每一文句各自獨立，以表其義；合則如線串珠，可貫穿攝持也。
4.藥師琉璃光如來本願功德之經 藥師琉璃光如來本願功德之經者，此以能詮之言教為經，所詮之義理，為藥師琉璃光如來本願功德。所詮義別，唯局此經；能詮教通，通於經律論三藏中之經藏；依別名通，依主釋也。若從廣義言之，一切諸佛之教理行果，皆名為經；故此所說藥師佛之義理行果，亦即是經。如此、則藥師琉璃光如來本願功德即經，亦持業釋，故曰：藥師琉璃光如來本願功德經。
唐三藏法師玄奘奉詔譯
此稽譯史，即考此經譯來之歷史。佛經皆須考其譯史者，明其來源，方可證信。中國之佛經皆出翻譯，因佛降生於中天竺，當時以音聲說法，原無經典，後經弟子結集，始有梵本文字。又印度文字，亦極複雜，而其古來最通用者，厥唯梵文，故中國經典，多譯自梵文。但亦有其他文字，如南方之巴利文等。故中國之經典，有自梵文譯來，有自巴利文譯來；而大乘經典，多譯自梵文。亦有從印度先傳丘慈、于闐等國，而間接譯來中國者，由梵語而成華言。但此經在中國曾經五譯，今此流行本言唐三藏法師玄奘奉詔譯，正為五譯中之第四譯。今略明五譯之概史於下：
甲、晉帛尸梨密多羅譯 在六朝之初，東晉之時，有西域三藏名帛尸梨密多羅者，此云『吉友』（善友之義），初翻此經，名佛說灌頂拔除過罪生死得度經。但無獨立本，乃附於佛說灌頂大神咒經中。此經古有十二卷，今在清藏合訂六卷，而屬於最後一卷。此帛尸梨密多羅三藏，為中國密宗經典初翻之人。普通謂密典至唐善無畏、金剛智、不空等時始有，其實唐前已有；如大灌頂神咒經、大孔雀王經等，皆屬密部。又謂唐前為雜密，言其未成系統，但此為唐人言論；其實、東晉吉友等翻大灌頂等經，亦為中國密典之叢書；而此師為中國唐前之極重密宗者，亦見其所從來之西域，其時密部已極流行，故翻譯時，將此藥師經，亦攝入大灌頂神咒經之最後品。故此大灌頂經，亦猶大寶積經之糅集多經而成，在此師譯附於大灌頂經觀之，固視為密宗之經典也。
乙、宋慧簡譯 此在東晉後，南北朝之劉宋孝武帝時代，有慧簡法師，在鹿野寺再翻此經。名藥師琉璃光經。今藏經中已佚此本，但古大藏目錄中，尚載其名。又在達磨笈多第三譯之序文上，亦敘述其事，故信有此譯也。
丙、隋達磨笈多譯 在六朝之末，隋文帝大業十一年時，達磨笈多復翻此經。達磨譯法，笈多譯行，即法行三藏所譯。法行為主譯，尚有餘人為助譯，故其經上表法行等譯。名佛說藥師如來本願經。序因慧簡之譯，於梵文、華文未善，故作第三譯云。
丁、唐玄奘譯 今本題唐三藏法師玄奘奉詔譯，即此第四譯是。玄奘三藏於唐太宗貞觀初年間，因感經典義理殘舛，發願入印求法，所謂策杖西遊，周歷諸國。居印度十七年，遍學大小乘教典。至貞觀二十年外，重回中原，從事譯經。在中國譯經史上，翻譯最多，亦最正確。今此藥師琉璃光如來本願功德經，即其所譯。玄奘其名，三藏法師乃所稱之德號；以其能通徹經律論三藏之法，依此為師，且能將三藏法廣為宣揚為人天之師，故名三藏法師。其譯經歷唐太宗、唐高宗兩朝。奉詔譯者，即奉太宗或高宗之詔，建立譯場。其翻譯時，有度語者，筆受者，證義者，潤文者多人，而以唐三藏為主，故標以斯名耳。
戊、唐義淨譯 自唐太宗後，經過唐高宗，至武則天朝，約在玄奘三藏後二三十年間，有義淨法師者，踵法顯之芳躅，慕玄奘之高風，遍遊印度，歸而復譯此經，名曰藥師琉璃光七佛本願功德經。然玄奘既譯此經，義淨何須再譯？其所以重譯者，藥師佛雖與奘譯相同。而餘六佛，則為奘譯所無，故須重譯。其譯本今在藏中，上下兩卷，七佛本事，備述其中。
總觀其全文，初亦由曼殊室利菩薩，請佛說諸佛名號本願功德，釋迦佛乃告曼殊室利：東方去此，過四殑伽河沙佛土，有世界名曰無勝，佛號善名稱吉祥王如來，彼佛國土，清淨莊嚴，乃至初發心時，發八大願等；此為第一大段之文。
復告曼殊室利：東方去此，過五殑伽河沙佛土，有世界名妙寶，佛號寶月智嚴光音自在王如來，乃至彼佛初發心行菩薩道時，亦發八大願等；此為第二大段之文。
復告曼殊：東方去此，過六殑伽河沙佛土，有世界名圓滿香積，佛號金色寶光妙行成就如來，乃至彼佛初發心時，發四大願，及見眾生苦惱，為除業障，即說神咒等；此為第三大段之文。
復告曼殊：從此東去，過七殑伽河沙佛土，有世界名無憂，佛號無憂最勝吉祥如來，乃至彼佛世尊，行菩薩道時，發四大願等；此為第四大段之文。
復告曼殊：從此東去，過八殑伽河沙佛土，有世界名法幢，佛號法海雷音如來，乃至彼佛行菩薩道時，發四大願等；此為第五大段之文。
復告曼殊：東方去此，過九殑伽河沙佛土，有世界名善住寶海，佛號法海勝慧遊戲神通如來，乃至彼佛行菩薩道時，亦發四大願等；此為第六大段之文。以上六佛，初二佛各發八願；後四佛，各發四願；此總為卷上之文。
其卷下之文，即從此娑婆東去，過十殑伽河沙佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來，從初發心，即發十二大願，且有咒語，皆與今本相同；惟藥師佛說咒後之經文，較今本稍異。今本咒後之文，明聞藥師佛名所獲之利益，而彼則皆明聞七佛名號之利益，此其不同一也。又彼於藥叉神將，聞七佛名號已，發願衛護是法。時諸天人之眾，有疑惑不信者，佛知彼等心念，即入驚召一切如來甚深妙定，十方世界六種震動，七佛應召來會證盟其事，為今本所無，此其不同二也。復次、七佛既來，即異口同聲，說大神咒，其咒名如來定力琉璃光，亦為今本所無，此其不同三也。其後、執金剛菩薩，與釋梵四天，復說一咒，亦為今本所無，此其不同四也。最後執金剛菩薩復說一咒，又為今本所無，此其不同五也。是故彼經共有五咒：即初、香積佛說除業障咒；二、藥師佛說消災咒；三、七佛說咒；四、執金剛與釋梵四天說咒；五、執金剛說咒是也。
今大清龍藏中，尚有番字藥師七佛本願功德經，考其文義，與義淨所譯相同。昔人認作梵文，實為西藏文本，此諳藏文者，一見即知也。此西藏番字本，亦譯自印度梵文，故與義淨之譯相同，今存藏中，即在淨譯之下。今聽講所用民國十一年之甯波版本，其說咒語，與舊本不同者，即自番本中錄出。以其誤認番本為梵文，故抄錄之，然實非梵文也。如以『簿伽筏帝』為『八葛瓦帝』等，與西藏音相近，是其明證。又奘譯無咒，其咒乃自淨譯中添入，而義淨譯自梵文，故知今所誦之咒，乃唐譯梵音。
如上所言五譯之同異，其藥師佛之文旨大同，而與七佛詳略差別。又中三譯無咒，前後二譯有咒，復加西藏之番字本；此為本經譯傳中國之略史。由是觀之，初帛尸梨密多羅所譯有咒，且屬大灌頂經之一品，則此經屬於密部。自第二、第三、第四，三譯觀之，既無咒語，復無說咒之文，則此經即近於淨土經典。迄至義淨之譯，前後五咒，則此經又屬密部無疑矣。由此五譯之相異，亦可窺見佛教流行變遷史之一斑。蓋帛尸梨密多羅來自西域，想其時西域密教已甚盛矣，而在印度、中國則未極流行。以宋、隋及唐玄奘時，印度中國皆大乘性相，法幢高建，故其譯此近淨土經也。及義淨時，印度密教復盛，故其譯時多添咒語，則此復屬密部焉。此在佛經翻譯史上，佛教因各處地域之異，各時趨勢之別，亦隨之而變易，然吾人亦正由是而可知佛教變遷之歷史與情勢矣。
由上說來，知今誦講之流通版本，非全出玄奘所譯，其咒乃從義淨譯本增入；即文句亦間參揉淨譯，故今本可說奘淨二譯之合訂本。且民十一年之甯波版本，尚誤刊『厭』、『魔』等數字，及在觀世音菩薩等名上，增添南無二字，較諸舊流通本，不無出入。此乃總稽本經譯史之概要也。
四 提網要
未講經文之義，先提綱要者，如網得綱萬目皆彰，如衣提領全襟齊直。聞者能握得此宗要，則全經文義，自可了然。通常解釋經題，如天台之五重玄義，賢首之十重玄談等，今在此經之釋名題，考譯史，提綱要亦可攝之。蓋隋唐前諸德開講玄要，本無固定的呆板方式，亦不斤斤乎五重或十重。其講解時，每就各經之所宜，懸談大義，今提綱要等，亦與其理相合也。此經之總綱，可作兩大段觀：一、智示藥師依正行果，二、悲濟像法轉時有情。
甲 智示藥師依正行果
此經之綱宗，可由曼殊與佛之問答中顯示。如金剛經須菩提問佛：『云何應住？云何降伏其心』？由此兩大問題，引起佛之解答，已將金剛經綱宗，昭然如揭。本經云：『爾時曼殊室利法王子，承佛威神，從座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵曲躬合掌，白言：『世尊！惟願演如是相類，諸佛名號，及本大願，殊勝功德』。此以曼殊之大智上求佛道，故作此問。由此問故，佛說藥師佛之名號國土，及其本因地中行菩薩道時所發十二大願，與夫果德圓成之依正莊嚴。此一大段文義，為本經上半部之綱要，亦即『藥師琉璃光如來本願功德』之所由立名也。
乙 悲濟像法轉時有情
曼殊之問，含有二義，初以大智感佛說藥師本願行果功德。次曰：『令諸聞者，業障消除，為欲利益像法轉時諸有情故』。此由曼殊之大悲下濟有情，故發斯問，感佛說藥師本願功德，使諸問者得大法益，拔除業障，消災安樂。此皆由曼殊之大悲心所驅使而發問，故佛讚許言：『曼殊室利！汝以大悲，勸請我說諸佛名號本願功德，為拔業障所纏有情，利益安樂，像法轉時諸有情故』。故此一大段文，為曼殊大悲恩濟像法轉時之有情，為本經下半部之綱要。但此大段文中，又可分為兩段：一、拔除一切業障，二、十二神將饒益有情。
1 拔除一切業障
(1)如來加被 此言聞說藥師名號，本願功德，依之修習，即可拔除一切業障，得大利益安樂，蒙佛加被，消災延壽，故此經亦名拔除一切業障得度生死經。但此中亦可分二段言之：一、聞名滅罪往生，二、誦咒除病離苦。
聞名滅罪往生者，即諸愚癡無智眾生，闕於信根，生造諸不善業，死招三途極惡之報，但由聞此藥師名號本願經故，使得滅罪往生。如云：『爾時、世尊復告曼殊室利童子言：有諸眾生，不識善惡，惟懷貪吝，不知布施及施果報，愚癡無智，闕於信根，多聚財寶，勤加守護，見乞者來，其心不喜，設不獲已而行施時，如割身肉，深生痛惜！復有無量慳貪有情，積聚資財，於其自身尚不受用，何況能與父母妻子奴婢作使，及來乞者？彼諸有情，從此命終，生餓鬼界，或傍生趣。由昔人間，曾得暫聞藥師琉璃光如來名故，今在惡趣，暫得憶念彼如來名，即於念時從彼處沒，還生人中』。此等經文，皆明由聞名滅罪，並得轉生善道或往生淨土者。
誦咒除病離苦者，上言聞名故蒙佛加被，拔除業障，得生善處。今明若能念誦藥師真言，即可消除病苦，延年益壽。如言：『曼殊師利！若見男子女人有病苦者，應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食，或藥，或無蟲水。咒一百遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，志心念誦，皆得如是，無病延年。命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提』。此言於此真言若自誦，若教人誦，皆得消災獲福者也。
(2)有情奉持 此言若人信受奉行誦讀此經，即得獲福免難與救命延壽之二種功德。
獲福免難者，若能依教修行，受持此經，即於現實人生，獲福免難。如云：『復應念彼如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示，隨所樂求一切皆遂：求長壽得長壽，求富饒得富饒，求官位得官位，求男女得男女』。此言讀誦此經故，即於現生遂願所求，獲大福利。又云：『或有水、火、刀、毒、懸險，惡象、獅子、虎、狼、熊、羆、毒蛇、惡蠍，蜈蚣、蚰蜒、蚊虻等怖，若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏皆得解脫』。如是等文，皆言持誦此經，即得免除種種患難也。
救命廷壽者，上為佛說消災周。此乃救脫延壽周。救脫菩薩為利有情故，示現種種延壽之法，使諸有情壽命相續。如救脫菩薩答阿難言：『大德！若有病人，欲脫病苦，當為其人，七日七夜受持八分齋戒，應以飲食及餘資具，隨方所辦，供養苾丘僧，晝夜六時禮拜行道，供養彼世尊藥師琉璃光如來，讀誦此經四十九遍，燃四十九燈。造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，乃至四十九日，光明不絕。造五色綵旛，長四十九傑手，應放雜類眾生，至四十九日，可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持』。此為救身病以延身命者；復有救國難以延身命，及救諸難以延諸命等文，皆救命延壽之法也。
2 十二神將饒益有情
此即藥叉誓護周。十二藥叉神將，因聞佛說此經功德，即發願於後末世，擁護此經，利樂有情。所謂：『我等今者，蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利饒益安樂』。是故此經，亦名十二神將饒益有情經，不無所以也。以法臨像季，道高一尺，魔高一丈，行者因魔障故，唐捐其功；故先以曼殊之智悲感佛說法，復得藥叉神將擁護是法，誠難事也。昔之講者，往往將十二神將之文判入流通，實則應歸正宗：蓋像法轉時，荷負是法甚仗藥叉神將，饒益有情；況釋尊定此經亦名十二藥叉神將饒益有情，理宜歸屬正宗分也。上來所言兩大段文，由曼殊之大智，示藥師佛之依正行果；復由曼殊之大悲，濟渡像法有情；而此悲濟像法轉時有情文中，復分拔除一切業障與神將饒益有情二段，則此全經之總綱彰矣。
前來釋名題，稽譯史，提綱要之三科，可為經前之玄談，但尤重於提綱要。蓋提其綱要，則全經段落章句，昭然分曉矣。且菩薩之法，不外上求無上菩提，下濟有情諸苦，故遍一切大乘經旨，亦可於此曼殊之問而顯之也。
又如菩薩造論，意在自利利他，故經論中言其緣起時，皆曰『為正法住世，利樂有情故』。所謂正法，即諸佛菩薩因中所發之誓願，藉此修行而得證佛果依正莊嚴；亦使聞者依此修持而得佛果者是。如此經所明藥師因果功德，吾人依此修行，亦可同證。又菩薩不同凡夫自私自利，其一舉一動，一言一行，皆以利樂有情為前提，普為眾生，方是菩薩發心。故菩薩之行位愈高，其悲願愈切，末世眾生愈苦惱，則菩薩愈顯其悲濟之能事也。通常所謂『好醫門前病人多』，菩薩亦復如是，病苦之眾生愈多，愈為其深切悲願之所關也。復次、像法多魔，不特出世善法不易建立，即世間善法，亦受邪魔外道襲擊與覬覦而欲毀滅之。故此經實由諸佛菩薩之悲願，與夫藥叉神將之護持，得以建立世出世間善法於今日，使眾生依而修持。自其屬淨典觀之，則為隨願往生修行不退於琉璃淨土；自其屬密典觀之，則可拔除業障消災延壽於娑婆當人，故此經乃兼具淨土、真言、無量法門之功德者矣！
甲一 敘請分
乙一 敘述證信
丙一 聞時主處
如是我聞：一時薄伽梵，遊化諸國，至廣嚴城，住樂音樹下。
入文解釋，須分段落，方顯文義。中國自晉道安法師已來，皆以序、正、流通三科，詮釋經文，妙能契合天竺菩薩釋經之方式，故千百年來胥依循之。雖三科大旨相同，而名稱不妨隨宜而異；故今解此經，亦分敘請、正說、流通三分。自如是我聞下，為敘請分；自爾時佛告曼殊室利東方去此下，為正說文；自爾時阿難白佛言世尊當何名此法門下，為流通分。敘請文中，又分通敘與別敘；通敘為證信敘，別敘為緣起敘。今此即證信之敘，此證信敘，古來解釋二家不同：一、出龍樹大智度論，明六成就：如是、為信成就；我聞、為聞成就；一時、為時成就；薄伽梵、為法主成就；廣嚴城、為住處成就；至下與大苾丘眾等為聽眾成就。佛經有此六種成就，方可崇信。二、出親光 佛地經論明五種證信，其言如是為指法之詞，乃通指此經而言，如言如是之法，為我結集者所親聞。
或如是之法，為當時佛在某處所說，而有法會大眾之所共聽。敘以證信，乃具五重：即一、如是我聞，為親聞證親信；二、一時、為說時證信；三、薄伽梵、為說主證信；四、廣嚴城、為說處證信；五、與大比丘眾等，為聽眾證信。此二解，雖稍有出入，然其理亦大致相同。今依五重證信講之。
『如是』二字，集古德之解，有十七種，或二十一種之多。於中亦可作如此說：如者，維摩所謂：『一切法皆如也』。諸法緣生無性，當體如如，見此如如真理者為是，不見即不是，故曰如是。又佛說法，契理契機，契理即真為如，契機所宜為是。今解、結集者言：如是之經，為我親聞，非輾轉由他而聞，更非由外道天魔等而聞，乃依佛宣揚，為我親聞。
此言我者，似與佛法常言無我、無人、無眾生、無壽者之理相違，其實不然。以佛法言人法無我，乃無凡夫外道迷執之我，非無假名之我。凡夫眾生上自天人，下至鬼畜，皆有俱生我執，恆執此五蘊業報之身為自我。而凡夫中之外道者，更於五蘊身上妄起計度分別我執：或計色為我，如言色大我小，我在色中；或色小我大，色在我中；或計受為我，或計想為我，或計行為我，或計識為我。如是等執，過患無量，故佛經說五蘊無我，即破此凡外妄計之我。金剛經云：『無我相，無人相，無眾生相，無壽者相，無法相，亦無非法相』；此之謂也。但五蘊法雖無實我，亦不妨以我為五蘊和合假相之代名詞，隨俗稱謂藉以辨別賓主，以便彼此呼應。如育王寺之名，本無固定之物，乃是由數百畝之山地，數百餘之住眾，及千百年來之儀軌等，眾緣湊合而成之假相而已。故泛常亦稱五蘊和合之假相為我，原無實體。今此言我，乃當時結集此經者，對法會大眾之自稱。但其與凡夫之稱我不同，乃為無我之假名我，以內無凡外妄計之執故。金剛經所謂『如來說我者，即非是我，是名為我』；故此無我之我，純為對機而稱。又有深義者，此無我之我，乃諸法無我理所顯之真如實性，此中無自他彼此相，無好惡是非相。結集此經之菩薩，深達此諸法空性而假呼我名耳。
聞者，依字義解，如平常言眼見耳聞等，則為耳根所聞。其實、耳根不能聞，聞者屬耳識，不過以根為增上緣，聲為所緣緣，識種為親因緣，三緣和合，方能發識以聞。但耳識聞聲時，無文義相，須待同時意識生起，方有文義相現，以成了別音義之用。故此聞之成就，操諸意識。是則由耳根發耳識，由耳識聞聲音，由意識了別音義也。但既由根、塵、識三和合而聞，何不言耳等聞，而言我聞耶？然曰耳聞，則通諸耳，不能表現結集菩薩之親聞；菩薩為舉親聞證信，故云我聞也。
一時者，即舉佛說法之時以證信。其不指出某年某月某日某時者，因世界地域不同，年月日時隨之而異，故不固定說為某時。如今地球上各國所用之曆本，紀載時間，各各相異。即以中國言之，有陰曆，有陽曆，陰曆之初一，非陽曆之初一，陽曆亦然。又如印度以初一至十五為白月，十六至三十為黑月，而以黑月之十六為初一，亦與中國適得其反。又佛說法，時而天上，時而人間，隨眾生之知解所見各異，放諸經中，皆不說定其時。今此所指之一時，即佛說此經結集菩薩與法眾共聽之時也。
薄伽梵者，為舉說法主以正信。薄伽梵亦作婆伽婆，譯音之異。其義為吉祥王、大威猛、極尊貴等等；因其含義甚多，故不翻譯。中國譯經，有五不翻，此為多含不翻。但亦有翻為世尊者，即經中──如來、應供至天人師、佛、世尊──十號中最後一號。亦有自如來至佛為十號，以世尊為總稱佛之德號。蓋佛於六凡、三乘世間中最極尊勝，所謂天中天、聖中聖是也。故此薄伽梵，即指佛而言。但佛為諸佛十號之通稱，三覺圓，萬德具，皆號曰佛；然以此土之教主為釋迦佛，故只舉一佛字時，即顯為此土之釋迦佛。若他土諸佛言此佛時，則須置釋迦之名，方可區別。然佛佛道同，說此佛世尊，即通說十方諸佛世尊，說此佛法時，即通說十方諸佛之法，故佛常言：『住世四十九年，未曾說過一字』。正明此佛所說之法，乃為過現諸佛所同說之法。而吾人推崇本師，言此法為此佛所說，而佛實非以說法者自居；故說此佛所說之法，即過現諸佛所說之法，亦無不可。
遊化諸國至廣嚴城，住樂音樹下者，此說佛說法之處所以為證信。佛自證菩提先至施鹿林中，為五比丘轉四諦法輪，然後遊化經摩竭陀國而至此廣嚴城。諸國，於仁王護國經說十六國；或說佛滅度時，國王共爭舍利；故知佛說，實有諸國。此指人間而言，若其遊化天上及龍宮華藏等，廣施法雨，化無量眾，則諸國之所包廣矣。廣嚴城、即毘離耶城之譯義。此城廣大，人民豐富，樓閣修飾，極其莊嚴，故以為名。樂音樹、為樹名，其林木中，迦陵頻伽出和雅音，微風吹動，天然歌樂，故以為名。此廣嚴城，喻如寧波；樂音樹則如寧波之阿育王寺。佛遊化經此，即憩息樹下說法，此為住處證信，亦猶今之開會講經，必有其住處也。
丙二 聽眾法會
與大比丘眾八千人俱，菩薩摩訶薩三萬六千，及國王、大臣，婆羅門、居士，天龍八部，人非人等，無量大眾，恭敬圍繞，而為說法。
由前聞時主處，已可證信。但為流傳千古，不使稍有懷疑，故此復引法會大眾證信。如《彌陀經》等引眾證信，並列其名，如長老舍利弗等，而今唯言比丘等眾。苾芻與比丘音同，有言苾芻指香草，從喻立名。其實、同音譯比丘。比丘譯義甚多，而其本義，厥惟乞士。乞士者，乞食以活身命，乞法以資慧命。乞食以活身命者，依出家法，捨棄家產遊化人間，乞食活命，隨處宣教，度諸有緣，威儀端嚴，導俗敬信，令施食者廣種福田，故乞食資身，屬利他德。乞法資慧命者，乞求佛法，慧命相續，功德成就，乃屬自利。具此二德，方號比丘。比丘眾中，其無學者，為大比丘；未具戒者，有沙彌眾。又依戒律，在家出家，各有男女二眾。而此專指比丘眾者，眾、為僧伽和合之義。此大比丘眾，已證四沙門中果，為眾中上首故。此比丘眾，數有八千。
復有菩薩摩訶薩其數三萬六千者：菩薩、具云菩提薩埵。菩提、為無上覺，薩埵、為有情。正顯菩薩初發心時，即上求正覺，下化有情。約四弘誓願說：法門無量誓願學，佛道無上誓願成，為上求；眾生無邊誓願度，煩惱無盡誓願斷，為下化。但約廣義言，從初善心至等覺地，皆為菩薩。則此為初心耶？抑等覺耶？故以摩訶簡別；摩訶為大，即大菩薩。自十信初心菩薩至初住位，復經十住、十行、十迴向、至登初地即稱大地菩薩，乃證諸佛菩薩所證之真如實際理地，方稱為大；具無量義利故為多；居三乘之首故為勝；具此大、多、勝、三義，方是菩薩中之摩訶薩。今此會中，摩訶薩眾，三萬六千。比丘為佛近眷屬，常隨侍佛；菩薩眾乃佛之大眷屬，能助諸佛轉法輪者。
國王為一國之主，猶今共和民國之元首、總統、或主席。大臣為國王之輔弼，左宰右丞，以及文武大官，皆輔助國事者；如今之院長，部長等。婆羅門、此譯淨裔。釋迦佛未應世時，印度有外道言：天地萬物未生之前，有大梵大，超然獨上，人類萬物由之而生。其生時，有自腳底而生，有自兩膝而生，有自兩肩而生，有自其口而生，此為形成印度四姓階級之因素也。而此婆羅門種，即由梵天口生；梵為淨義，故曰淨裔。此婆羅世掌全國文化事業，教導人民，如中國古之文人大儒，教育民生，而居執軍政之剎帝利上；故知印度實為教重於政之國。居士、乃素封之家，可端居樂道，為農工商界之領袖，社會之優秀份子也。如是等眾，皆為人間聽法之眾。
復有天龍八部，無量大眾。奘師譯本，天龍之下，加有藥叉二字，今本則無，乃將藥叉攝八部中。天在人上，有欲界天，色界天、無色界天；三界共有二十八天。龍、通常專指興雲施雨者；在佛教中，具大神變，有大威力，護天護人，皆為龍眾。藥叉、即夜叉，譯勇健，言其威猛神武，是大力士。又譯捷疾，言其陸空飛行，往來迅速。平常水陸道場中，發符使者，即此藥叉神將。八部者，即天、龍、藥叉、乾闥婆、阿修羅、迦樓羅、緊那羅、摩侯羅伽。此中略去藥叉以下。國王、大臣等，皆是人眾；天龍、藥叉等，為非人眾：故曰人非人等。如是比丘等無量大眾，隨佛住樂音樹下，恭敬尊重，圍繞於佛，求佛說法，故啟下文曼殊之問佛。既有如是等盛會勝事，故結集者，敘述流通以證信也。
乙二 禮請許樂
丙一 敬禮
爾時、曼殊室利法王子，承佛威神，從座而起，偏袒一肩，右膝著地，向薄伽梵，曲躬合掌。
此下為敘請分中第二科禮請許樂，為此經之別敘，亦名為緣起敘。此中有四：一、敬禮，二、啟請，三、讚許，四、樂聞；今為敬禮之文。敬禮者，以表三業清淨，恭敬歸佛。若無懇切至誠之心，則雖曲躬合掌，徒然無益。故須意業敬之於內；身業形之於外，頂禮膜拜；然後口業，唱讚歎詞；故知敬禮，即建立於三業之恭敬上。又三業恭敬，則身意嚴淨，與諸佛無漏功德相應，則無明、貪、慢等皆可折伏；尤足除憍、慢、嫉，生信、慚、愧。故平常學佛者，見佛聞法，先致敬禮，即有此等意義。又由眾人三業恭敬，能使法壇嚴肅莊重；亦由世俗開會設宴，須先潔淨場所，方可款待於大賓也。
爾時者，即當爾之時，當佛在樂音樹下大眾圍繞說法之時。法會摩訶薩眾中有曼殊室利者，從座而起。曼殊室利，即文殊師利，譯音稍異。其義譯為妙吉祥。妙、即曼殊，吉祥、即室利，顯其於諸法中最為吉祥。又稱大智曼殊室利，表其智慧最勝。以佛弟子各有一勝，此曼殊即菩薩眾中智慧最勝，不唯於釋迦佛法中智慧最勝，即於十方諸佛法中咸皆智慧最勝。又佛果功德不可思議，須藉因地菩薩以表顯之，故曼殊之大智，即表佛果之智德，如普賢之大行，觀音之大悲，亦皆表佛果之一德。尤其是曼殊之大智，特表諸佛功德所由生起之般若無分別根本智，亦曰實相智或如理智，以顯圓滿難思之智海也。曼殊室利稱法王子，亦稱童子。
法王為佛之德號，佛具如來等十號外，復有無量德號，如一切智者、最勝者、大醫王、大悲救世等，而法王亦其一也。法王、自其字義研究之，法之一字，義無邊際，遍一切處，無非是法。法華云：『我為法王，於法自在』；即解王為自在之義。
但欲解王，須先明法。法在天親菩薩解『諸法無我』句，說有五位、百法。五位者：一、心王法，二、心所法，三、色法，四、不相應法，五、無為法。百法者，即所謂：『色法十一，心法八，五十一個心所法，二十四個不相應，六個無為成百法』是也。但五位百法中以心法居首者，『一切最勝故』；以一切諸法，莫不由此心法而轉變而顯現，故諸法中以心法為最勝，而心法即為法王矣。
然心法人人皆具，凡有心者皆可為王，則不能顯法王所以為法王之殊勝。或以諸法實相之真如為法王，即維摩對彌勒所謂：『一切法皆如也，彌勒亦如也』之如。蓋諸法因緣而生，緣生無性，當體即空，即空所顯真性為如，故真如法性，常常時，恆恆時，安住不變動而自在，為法王義。
設如此言法王，則作法王比前更易，以草木瓦石以至一塵一芥，一色一香，無非真如，則隨拈一法皆為法王，益不能表顯佛為法王之殊勝！故又須以無漏智德為法王，以表特勝。蓋前明心法，乃以有為法為法王；次言真如，乃以無為法為法王；而此無漏智，乃遍有為無為究竟真淨之法王。佛無漏智，即無上正覺智，故佛亦號覺王。由此無漏無分別智，斷惑證真，方顯證真如為諸法之王；否則障蔽不顯，何以為王？故須以無漏智伏滅一切煩惱，廣修六度萬行，漸轉八識而成四智；至轉第八識為大圓鏡智，方為真正法王。而大圓鏡智唯佛果方具，故唯佛為無上正覺之法王也。
曼殊獨稱法王之子，以能傳佛心印，繼承佛位，如太子之繼父王位。然如此以稱法王子，亦宜於彌勒等，以彌勒繼釋迦之後成佛故也。因是曼殊之獨稱法王子，又有殊勝意義；蓋曼殊表根本般若無分別智，無漏清淨不可思議，與佛果難思之根本智體，如如不二，所有佛果功德，皆由此智而生，故曼殊之獨稱法王子，即依根本無分別智表其獨勝也。由是觀之，此經之明佛果依正莊嚴功德，尤重大悲利他，非法王之佛不足以說此；亦非法王子之曼殊不足以啟此。至如彌陀經由舍利弗啟請，大彌陀經由阿難啟請，觀無量壽經由韋提希啟請，皆問往生淨土法門，因念佛而解脫，以淨土為歸宿，偏屬自利：而此經由大智曼殊之大悲而啟發，欲以利樂有情，則專重利他也。
承佛威神，從座而起，正顯非仗如來大悲願海之威神力，雖曼殊亦不能起於此座；亦即曼殊之智乃承法王之智而起，故曰：承佛威神而起此座。此座者，正是自證境界之位置，自六凡眾生以及三乘聖人，各有其自住境位，而曼殊此時即從其自位之座起而上求佛道，下濟眾生也。偏袒一肩者，印度慣習，比丘等所穿之禮服，平常兩肩遮覆，遇禮佛時，即袒一肩以致恭敬。右膝著地者，右即左逆右順之意，表與佛意順契。又、一肩表上承佛德；一膝著地，表下濟眾苦。又、普通以右臂右膝動作較為方便，表曼殊由智悲所起之方便用，能上同諸佛慈力，下濟眾生悲仰也。
如是儀容，端嚴恭敬，同薄伽梵，曲躬合掌。曲躬、即低頭鞠誠，合掌、表福智兩足。又、十指並豎，即表布施等十度，而前五度屬福，後五度屬慧，故與佛之福慧兩足尊相應也。
丙二 啟請
白言：『世尊！惟願演說如是相類諸佛名號，及本大願殊勝功德，令諸聞者業障銷除，為欲利樂像法轉時諸有情故』。
曼殊於無量眾中。啟請世尊演說如是相類之法。演如流水不絕，喻佛法音演演相續。如是相類，即指下文諸佛名號，及本大願殊勝功德如是相類之法。又、相類之言，亦通指他經如是之法。如下文云：『亦如西方極樂世界殊勝功德，等無差別』。此顯佛已說過彌陀經等諸佛名號，及本大願殊勝功德如是相類之法。今曼殊追憶所及，故言如是相類。諸佛名號，即此經藥師佛等名號，及其依正莊嚴。本大願，即本因地初發心行菩薩道時，所發通願、別願，由是而成佛果功德。故此殊勝功德之言，通因通果：由因地殊勝之願行功德，方成佛果殊勝之福智功德。
此上數句，請佛說法，使自了知佛果功德，可稱自利；而亦為利他故，故言：令諸聞者業障消除，為欲利樂像法轉時諸有情故。此言障者，通惑、業、報、三障。惑障、有煩惱障與所知障：煩惱障亦曰事障，斷之較易，所知障亦曰理障，欲除則難；此二通名惑障。惑、即煩悶惱亂，使心神不甯，故名障。業、為作業，即是行為習慣，如人習染不良嗜好，雖樂善事而欲作不能，故為障。報、即苦報，由惑造業招感報體，報體陋劣，不得自在，故為障。然考苦報由來於業，業由來於惑；由貪等惑而業而苦，使吾人長淪三有，不獲出期。所謂：『我昔所造諸惡業，皆由無始貪瞋癡』，真可慨也！雖然，業處惑、苦之間，實為諸障中心，能將業障消除，惑、苦自滅，如截木心，兩頭自斷；故聞佛法，先令業障消除，則像法轉時之有情，乃可以利樂矣。
像法者，蓋佛之教法住世有三時：曰正法，曰像法，曰末法。正法住世，見佛聞法，即能得果；以諸三乘賢聖等眾，皆為已熟之機，一遇勝緣即得斷惑證真。佛滅度後一千年間，亦有聲聞、菩薩住世行化，人民不生邪解，不起邪行，易以修行得果。一千年後，即為像法，或以像為形像，佛既滅世鑄像代佛，及塔廟中皆供佛像，故亦稱佛教為像教。其實、此義不然，如言設像，佛世優填王亦已雕佛像，即於末法豈無佛像？故像法言，乃指像似之法，已失其真。言至其時，雖則修行者有，證果者難，於佛法既鮮實證，故已失真。迄今末法，非唯證果者無，即真能實行者亦寥如晨星；雖有少數，亦多盲修瞎練，可憫殊甚！故正法住世，百修百證。及至像法，修行者百，取證者不得其一；蓋像法多魔，不易取證，即多退墮！如今世修行未證真聖果，來世業增，前功盡棄！而有勇猛有情，努力勤修，今世不證，來世再修，黽勉求證，其志可嘉！然其事極艱難而可悲憫，故菩薩為下濟有情之大悲心所驅策，求佛說法，獨標利樂像法轉時諸有情者，不無深意焉。
丙三 讚許
爾時、世尊讚曼殊室利童子言：『善哉！善哉！曼殊室利！汝以大悲，勸請我說諸佛名號，本願功德，為拔業障所纏有情，利益安樂像法轉時諸有情故。汝今諦聽！極善思惟！當為汝說』。
此稱曼殊為童子；童者、獨也，表般若無分別智，獨一無二。又、此無分別智出障圓明，最極清淨，一切無漏功德皆由此生。蓋真見道位，此智現前，捨前諸漏，具足無漏，故稱為童子；即表根本智。善哉善哉，乃雙歎之詞；以曼殊之問，具足上求下濟之義故。諸佛名號本願功德，此非過未諸佛，即指現在十方諸佛。說諸佛法故，可令聞者業障消除，解脫諸纏。纏、即纏縛，如人犯罪，杻械枷鎖被縛其身．不得自在；眾生被三障所纏，囹圄其身，亦復如是！若能聞法修行，即可解脫諸縛，出三界樊籠，如鳥翔太空，魚遊淵海，得以逍遙自在也。雖一切時皆有業障眾生，今曼殊唯指像法者，正為像法有情極可悲愍。佛體其意，歎為甚難，故允所求。
汝今諦聽，極善思惟，為誡勸詞。諦者、審也，誡聽法時，須深審察，一字一句不得含糊，方能得益。既審聞後，又須如理思惟，乃與無漏法義善能契應；此乃由聞慧而起思慧也。又、善謂善巧，能善巧思惟，即可觸類旁通，會融其義。須能如是聽法，方不辜負說法者心，故先警誡。
丙四 樂聞
曼殊室利言：『唯然，願說！我等樂聞！』
曼殊既蒙世尊讚許，心懷踴躍，隨聲作答，故曰唯然。唯然，形容其答應得迅速自然，毫無勉強。故常人答應之快者，亦曰唯唯。樂字之本義為音樂之樂，圈入聲，為快樂之樂；今為好樂之樂，宜圈去聲。
上為本經緣起之敘，依曼殊之問及佛之讚許，說此經之緣由，可以顯矣。如金剛經之法會因由分，善現啟請分，皆為說經之緣起也；故此亦可稱曼殊啟請分。
乙一 示體相
丙一 總標依正體
佛告曼殊師利：『東方去此，過十殑伽沙等佛土，有世界名淨琉璃，佛號藥師琉璃光如來、應、正等覺，明行圓滿、善逝、世間解、無上士、調御丈夫、天人師、佛、薄伽梵。
從此文起，為正說分。於中先示體相，後明機益。此經之體相，即以藥師佛果依正功德，及其依正功德所由成之本因願行，為此經特有之體相。通常判經之體，曰實相，曰真如，曰中道第一義，往往儱侗含糊，不能彰顯各經之特殊體。如以真如為體，則諸法緣生無性，即空之所顯，通於一切；然於其中，不妨地以堅為體，水以濕為體，是則如是諸法，各有別體。故今明此經，即以藥師之因果、依正示其體相；由此體所起之功能，即全體大用也。後明機益，即顯眾機聞此法所獲之益利，乃此經之功用也。示體相中分三科，今第一總標依正體。
總標依正體者，有世界名淨琉璃，即總標藥師依報之體；佛號藥師琉璃光等，即總標藥師正報之體。佛告曼殊室利，即佛向曼殊室利說。從此娑婆世界東去，經過十殑伽沙等佛土，有一世界，名淨琉璃，其土有佛，號藥師琉璃光。殑伽沙、即恆河沙；奘師以前，多譯恆河沙，奘師以後，多譯殑伽沙。恆字音短，殑伽音長，稍有區別，實為一河。恆河在印度，亦猶中國之黃河。有言其發源於天上，實則出之阿耨達池；如中國古探黃河之源於星宿海，而今日考察所得，實與長江同出自青海。恆河多沙，佛說法處多在恆河流域，故為順便通曉起見，經中遇說數目極多時，即以恆河沙為喻。如七佛藥師本，則從四殑伽沙說起；今本但明藥師佛土，故直從十殑伽沙說。佛土、即世界，一佛土，即一大千世界。淨琉璃、即清淨青色寶，言其國土居七佛之後，最極清淨，無漏莊嚴；故前言青色寶時，以萬里無雲之白日清空為喻也。
此藥師佛，具足十號：
一、如來，義如前。
二、應，亦譯應供，梵音阿羅訶。依法華論，有十九義，通常或三或五，言應受人天供養，應已斷惑證真，應更不受生死；而應供之義，通聲聞、獨覺。
三、正等覺，亦作正遍知，梵音三藐三菩提。
四、明行圓滿，亦稱明行足。明、為智，行、即萬行；明以智慧為先導而修萬行，故能成福慧兩足尊也。
五、善逝，善能順法性而寂逝，蓋佛用而常寂，住於無住涅槃。不同二乘子縛已斷，果縛猶在，住於有餘涅槃；佛則五住究盡，二死永亡，為度生故，非生現生非滅示滅。雖現生滅而常寂靜，故云善逝。
六、世間解，佛具十力等智，事理、相性，明解照了，如脫桶底。
七、無上士調御丈夫，亦作無上丈夫調御士。士為人中才智之多能者，如普通社會農、工、商中，以智足多謀文武雙全有力用者，名之為士；故亦以無上之士稱佛也。調御丈夫者，丈夫為有大志荷大事者，平常僕妾之於男子，亦稱丈夫，正顯丈夫勇敢無畏。善能調御一切，如善騎馬，調伏猖獗，喻佛善能摧伏魔軍，驚馭三界之眾生也。
八、天人師，佛為三界之導師，四生之慈父，故名。
九、佛，梵語佛陀，此云覺者，三覺圓滿，故號為佛。無明漏盡為自覺，調化眾生為覺他，自覺之果圓，亦即覺他之行滿也。
十、薄伽梵，即世尊。涅槃等言，自如來至佛為十號，薄伽梵乃十號之總稱。而佛地、唯識等，則將無上丈夫調御士合為一號，故自如來至薄伽梵，方成十號。此二說者，各有其根據也。
丙二 別陳行果相
丁一 行願
戊一 總標大願
『曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情，所求皆得』。
此下為示體相中第二別陳行果相。行為因中所發誓願，果乃佛位所成之果德。此中復二：一、行願，二、果德。行願文中復三：今第一總標大願也。
彼世尊，即指藥師如來；以釋迦為此土之佛，故以藥師為彼。由藥師琉璃光如來本行菩薩道時，發十二大願之二句，則本願二字亦顯矣。此十二大願，在藥師未成佛之因地中，同為凡夫，行菩薩道時所發。道、為菩提行之總相；但道雖廣，可攝為三十七道品，即三十七菩提分法。其修道所獲之果為菩提，亦名為道；其修因之差別行為分法，亦名為道品。欲證菩提涅槃之果，須由所趨之道路，如行者欲達其目的，須由路途。此舉道之總相。
若別明真菩薩道之自體，由初發心三慧所起：由聞教故，生起聞慧；聞而極善思惟，如理作意，即成思慧；然後如實修習，即成修慧。成聞慧時，與信相應；成思慧時，與戒相應；成修慧時，與定相應。由修集資糧至加行位，引發根本智無漏無分別般若之大慧；復由根本智而起後得無分別慧；所謂加行無分別慧，根本無分別慧，後得無分別慧，皆由加行慧而引發；各以慧為自體，與諸善心所及善遍行，善別境等相應而起者，即由善等心所相應。根本親證諸法真如自性，起後得智，通明法界事理，與此無漏智相應而等起施戒等萬行，皆為修習道行。故有道自體，道引發，道相應，道所緣，道等起，綜合之皆為道也。
十二大願者，為藥師如來因地所發之本願，蓋其所發四弘誓願為通願，此為別願。發願即是立志，由內心策發，確立而定；以此志願督促之、鞭策之而行其道，方遂其願。如地發芽，生根不動，而得成婆娑之大樹。但普通人雖亦立志，督策自己，然因意志薄弱，見色聞聲，往往情不自禁，不堪外境之誘惑，而為其所轉！諸佛發願，與之迥異，既發願已，三業依之修習，堅固無有動搖，由此必證菩提，故能令諸有情所求皆得。蓋既證菩提，則一切行願之所求自然滿足矣。由本行二句，行道發願，智斷成就；由令諸二句，廣被有情，恩德成就矣。
戊二 別陳諸願
己一 正報莊嚴
『第一大願：願我來世，得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明熾然照耀無量無盡無邊世界，以三十二大丈夫相，八十隨形莊嚴其身；令一切有情如我無異』。
此別陳諸願，即有十二大願。概而言之，此中自第一至第五願，乃依四諦中滅道二諦境而發；自第六至第十二願，乃依苦集二諦境而發。前五願中更可分別，第一、第二依所證滅諦果而發；後三依菩薩所修道諦而發。後七願中，前三後三皆由苦諦而發；然苦因於集，故中間一願乃依集諦而發。今此第一願，明藥師之正報莊嚴。
願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，即藥師在因地行中說：願我當來成佛之時也。成佛一名，每多濫稱，其實須成阿耨多羅三藐三菩提時，方稱成佛。梵語阿，此云無；耨多羅，此云上；即是無上最高之義。三藐三菩提，譯正等覺，亦遍正覺，或作正等正覺。此菩提覺之上，復加阿耨多羅與三藐三之言，正簡此覺與泛常之覺有異。泛常覺冷熱是非等曰感覺，曰知覺，自以為覺，實則迷而不覺，乃顛倒妄想之錯覺；雖云覺悟今是而昨非等，亦非正覺。以正等覺者，覺悟宇宙萬有之真理，平等平等，無有高下，如理如實而覺，方為三藐三之正等覺。
故單言覺時，即通凡外。但凡外為錯覺非正覺，故以三菩提簡之。又單言三菩提時，即通二乘菩提，但二乘不能普遍正覺，雖破我執，覺生空真如，而法執未破，法空真如覺而不顯，雖覺生空而非普遍，乃以三藐三菩提簡之。又登地菩薩，雖可稱為分證三藐三菩提，而不能冠以阿耨多羅，以初地至二地乃至十地至等覺，後後勝於前前，皆有上故；是故惟佛與佛，方為究竟阿耨多羅三藐三菩提者。
今藥師因中願其當來成佛時，自身光明照耀一切世界。身、有三身：一、法性身，亦曰法身；二、受用身，亦曰報身；三、變化身，亦曰應身。法性身為諸法之真實性，為諸佛究竟覺之所徹證，故遍一切處，具無量智德光明。
然此所謂熾然照耀無量無邊世界，乃指受用身而言。受用有自受用與他受用：自受用身，佛果無漏不思議界，唯佛與佛之所能知，即等覺大士亦如隔雲望月，矇朧非真，何況地下聖凡！但此不思議自受用身土，一佛一切佛，非異非不異，無量無漏福智功德，自佛他佛無有分齊，等同一味。然亦不妨各從自受用身而現起他受用身土。他受用身，乃為教化地上菩薩而現，所謂『如來現起他受用，十地菩薩所被機』。如華嚴之毗盧遮那，梵網之盧舍那，皆為地上菩薩所現之他受用身，光明灼耀，微塵剎海；故此身光熾然照耀無量無數無邊世界，即他受用身也。佛光既照無邊世界眾生，故今吾人皆在藥師佛光照耀之中，不亦甚親切乎！熾然、狀況光力盛而且大，盡虛空法界之邊際，無所不照，無有限量；故彌陀號無量光，而此藥師亦具無量光明。
三十二相，八十隨形，隨其一形相等遍法界而言，亦是他受用身；而依通常教理說，則屬變化身。此有大變化身、小變化身、隨變化身三種。大變化身，為三賢入四加行位菩薩所現，在定中所見色究竟最高大身，亦為此身；所言佛身千丈，或十六萬由旬，皆屬此身。小變化身，如今娑婆教主釋迦如來，現丈六身，三十二相，八十隨形好者屬之。其實釋迦佛身，通法性身、自他受用、及大變化；而依標準教義，唯局小變化身。今藥師願將來成佛，亦現此身，應化眾生。大丈夫相者：如人間之轉輪王相，天上之梵王相，佛法中則為大士相，佛相。具此大丈夫相者，即能荷負教化眾生之偉業，如轉輪聖王，即能負擔一四天下眾生之事業──詳見大般若經及諸大論。三十二相者：一、足下安平如奩底。二、足千輻輪相，乃至三十二頂成肉髻相──詳見法數。此等寶相，皆自修得，非偶然成，所謂『三祇修福慧，百劫修相好』，可以知矣。八十隨形，即三十二相上所現之種種形好，如眉間白毫相光，其體通明透徹，其色極白潔淨，即此體明色白為相上形好。既有寶相，復具形好，故其身極莊嚴，無與倫匹。
藥師如來，願其佛果正報莊嚴如是，亦願令其世界一切有情正報如是莊嚴，故能生琉璃世界者，皆具三十二相，八十形好；亦如往生極樂世界，即無男女相，無六根殘缺等相，皆具大丈夫相、大士相焉。
前年戴季陶等朝野名人，迎班禪大師於寶華山建立藥師法會，亦本藥師之十二大願，而發十二種願，其云：『第一遵行世尊本願：政本優生，教重安養，使一切人民身心美善，相好端嚴』。今科學有優生學，本此優生學施優生政策，能使人民生活善良，身心健美，此正與藥師之第一本願，遙相呼應。故前講此經緣起時，亦言依藥師佛法門可實際應用於現實人生之改善也。
己二 身光破暗
『第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢；光明廣大，功德巍巍，身善安住，燄網莊嚴過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業』。
前第一願，諸佛大體相同；今第二願，則唯藥師獨具。得菩提時，即成佛時。身如琉璃者，身有三身，三身中現自受用、他受用、大變化、小變化時，皆現佛相，唯隨類變化，或現人天，或現鬼畜，無有定相。今身如琉璃之身，且據變化身言。此變化身，如青色寶，內外明徹，淨無瑕穢。瑕為玉中疵，玉有污點，即成美中不足；吾人之身亦具琉璃智光，而為肉血煩惱所障，不能內外明徹。例如水晶珠等，亦能內外明徹，而每不免瑕疵。唯此藥師琉璃光身，內外明徹，淨無瑕疵，其廣大遍一切處，功德無量，如山巍巍。
善能安住燄網莊嚴，即所謂『藥師如來琉璃光，燄網莊嚴無等倫』！燄、即光上之線，如曙光東升，光線奪目。一光燄照一一光燄，一一光燄照一光燄，光光相映，結成羅網；而此琉璃光身，即善安住於此由光線所組成之光明燦爛的燄網之中。藥師如是，其土眾生亦各能身善安住於燄網莊嚴，此其所以光明過日月也。蓋吾人所居之世界，以日、月、星為三光，而尤以日月之光為大；然日月雖能照破幽冥，若黑夜即無日月。如今交通所及，知吾人所居之地球上，亦有半年無日月光照者，有終年無日月光照者，而亦有人物生其處；此誠如佛教所謂黑暗地獄眾生也。但淨琉璃世界，有藥師琉璃光身之光明，則一切黑暗皆破除，幽冥眾生悉蒙開曉。如盲者得眼，即能於光明熙和中隨意所趣，平等自由，作諸事業者也。
藥師法會願云：『第二遵行世尊本願，培植德本，發揚慧力，使一切人民本力充實，光輝普耀』。培植德本，發揚慧力，使世界和平，人民安樂，一切作業，悉得成就，亦藥師此願之實際應用者也。
己三 智慧資生
『第三大願：願我來世得菩提時，以無量無邊智慧方便，令諸有情皆得無盡所受用物，莫令眾生，有所乏少』。
此第三願，標以智慧資生者，以藥師成佛時，欲以無量無邊智慧方便資濟眾生。此第三願至第五願，依道諦而發。道者，廣則八萬四千波羅密多，略則三十七品，再略之、則為戒定慧。而此三願，即依此三而發。是第三願，乃依慧發。無量無邊智慧，出智慧之體；無量無邊方便，為智慧之用。故方便之自體即智慧，智慧之妙用即方便；若無方便無以顯智慧之深廣，若無智慧無以起方便之巧妙。故智慧與方便，皆是無量無邊。
無量者，普通言量，約有二義：一、讀平聲，如升斗量米，尺寸量布之量，為動詞，表現動作；二、讀去聲，如言度量數量之量，為名詞。又如言不可以尺秤量其長短輕重，亦為平聲。此無量乃無有限量之量，乃去望之量也。以今通用名詞言之，量即空間。空間在數理學上有三度量：一、量長短，二、量闊狹，三、量厚薄高低。如一墨點，不成為量，須成一線，方有長短之縱量。但祇一線不成為物，物必有闊狹，故有第二度闊狹之橫量，所謂先量長短，後量闊狹。既有長短、闊狹，既有南北東西之方向，然亦未成其為完整之物。蓋完整之物，既如一紙，必有其反面的厚薄，故第三度即量其高下淺深。如此經過長短、闊狹、厚薄之三度量，乃成為物，既有東西、南北、上下、之六方分。故無論何物，凡成其為物者，須具足此三度量之空間，知其自南至北有幾何，自西至東有幾何，自高至下有幾何，方成一物，否則不成為物。小自茶杯房舍，大至地球、華藏世界，其為有情世間及器世間，皆具此三度量以各佔其空間。若超此量，無彼此，無分別，則不能說成一物，亦即無可思想分別而入於無量矣。此乃無量之本義，佛果智慧方便功德，亦復如是無量。無邊者，邊依量立，若有量，即有四方上下，此量盡處即有邊際、有此方物，有彼方物，即有邊際分齊；故立有邊，即基於量，若無量、則邊亦不可得矣。
今中國人皆能說佛法無邊之一語，佛法無邊，誠如所言，惜深知其義者鮮耳。其實、一切世法皆落邊際，唯有佛法確實無邊。然佛法無邊，非離世法之外另有一無邊之佛法，若離世法另有一個無邊佛法，即此世法與佛法之間已落邊際矣！故須無量，方成無邊。前言量有三度量，以明四方上下之空間，今更進而言之：依最新學說有四度空間，乃將時間加入空間而成第四矣。楞嚴經言：『四方上下為界，過現未來為世』；以之說明世界為空間時間之交織，頗相近似。是故一物之成為一物，不特有六方，且有三世；如今講經之法堂，佔有上下四方之空間，經未造、落成、朽壞、三時之時間。有此一法堂，即具六方、三世四度量；擴而言之，凡物皆有此空間與時間而成立也。故平常所謂人生幾何，天長地久，皆自空間量上顯明時間。六方、三世界量無，則邊際乃無矣。
但如何言唯佛法無邊耶？此蓋諸法實相，法爾如是，本無邊際；故無量無邊，實為諸法之本來面目。自佛法言之，若真若俗皆無量無邊。何以故？自第一義之真諦言之，量不可得；以量從分別而起，諸法真實相無此分別量故；既無量，復何有邊耶？自眾緣所成之俗諦上觀之，諸法亦無量邊，以諸法從眾緣生，緣生無性，一法之生，即依法界諸法為緣，故一切法不出一法，一法即括盡一切法，則無一一之定量可得，何有一法一切法之邊際哉？如一小杯，為四大成，土質為地，調泥為水，燒煉為火，鼓扇為風，容受為空，加以人工之思想模樣，由此種種因緣，即成此一小杯；則此小杯，即依虛空法界眾生輾轉增上之緣力而成，即可攝盡宇宙萬法。故能通達一物，此物即遍虛空法界，無可限量，亦無邊際，此在俗諦而論諸法，諸法亦無量無邊矣。
但諸法小自微塵草木，大至華藏世界皆無量邊，何獨唯指佛法無邊耶？良以諸法雖無量邊，倘無佛智慧，即不得而知，而妄執有量有邊，並認定此有量有邊之法，方為實法，而以無量無邊為非實法，顛倒是非，混亂黑白！自具縛凡夫乃至三乘賢聖，未得諸佛智慧，皆不免此顛倒分別而執有量有邊！是故唯有佛法無邊，其理亦了然矣。
復此、人之心境上有此分別量故，世界隨之有成住壞空，人生隨之有生老病死，一切皆由此分別心量境之生滅而生滅，則世界人生皆落生滅之窠臼矣！若了真俗諸法其實本無量邊，如是如是，則當下即不生滅，當下即了生死矣。如人計我，我生於何時，我作若干事業，我經幾何年月日時而死，此在量上作邊際想，故人生之生老病死起矣。又如！計此世界為上帝創造，創造於何時，至何時毀滅，則世界之成住壞空作矣。若知佛法真俗二諦之理，諸法本性無量無邊，一法如是，一切法亦如是，一即一切，一攝一切，一入一切，一切即一，一切攝一，一切入一，無定量可立，無極邊可得，則人生生老病死即非生老病死，世界成住壞空即非成住壞空，當下本無生滅生死可了，即是菩提大般涅槃。是知法法無邊，洵惟佛無量之智慧方顯焉！復依此無量無邊之智慧，等起無量無邊之方便，依方便之權智，達智慧之實智。由智慧之本體，起方便之妙用，隨機設法，應物施功；是知一切方便，皆由智慧而成。如十度之方便、願、力、智，皆依般若而開發。經云：『菩薩於菩提，當於何求？當於五明處求』。五明者：一、因明，二、聲明，三、醫藥明，四、工巧明，五、內明。此除內明為佛學外，其餘四明皆為濟世利人之方便用；而此方便之無礙自在，功由智慧。如今科學發明，供給吾人衣食住行上種種享受之物質，皆是方便之用；但因無無量無邊之智慧以為妙體，故雖有用而非妙用，有盡際相可得，此有彼無，起貪瞋癡互相爭奪，世界禍亂從此起矣！人民痛苦由是生矣！故此世界非無方便，實由無無量無邊之智慧不成妙方便耳。由此、今日之人世，若依藥師之智慧，則科學資生之方便，妙用無盡，鬥爭永息，世界和平，人民衣食豐富，所受無缺乏矣。
藥師法會願文云：『第三遵行世尊本願，廣行四攝，勤修六度，使一切人民自他方便，萬事咸宜；世尊第三本願，如實成就』
己四 導入大乘
『第四大願：願我來世得菩提時，若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；苦行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立』。
前願明佛之智慧無量無邊，由此無量無邊之智慧，復起無量無邊之方便妙用。正如法華所云：『諸佛智慧甚深無量，其智慧門難解難入』。此願使諸凡外、三乘安立大乘，即屬於定。蓋安立即安定，如大學所謂：『知止而後能定，定而後能靜，靜而後能安，安而後能慮』；此亦言由定而安也。藥師此願，欲使一切行邪道之有情，捨邪歸正，安住菩提正覺之道。正覺、邪道，相對而立，未入究竟之正覺，皆不免落邪，唯斷善根之闡提種姓純是邪，佛純是正，故正邪亦不能定限。但依普通標準言之，除人倫道德等世間善法，與出世之三菩提法為正道外，其自虛妄分別而執為有道者，皆為邪道。其所執道，與諸法實相，及世間資生事業倫理道德相違，而另有其無上至高之道，奉為最勝，餘若無賭。瑜伽戒本所謂：『若諸有情，安住自見取中，起如是見，立如是論：唯此是實，餘皆虛妄』；此即為邪見師資矣。昔有一人，終日思金，神經失常。一日上市，忽見有金，當眾即取，遂被捉住。詢其何以當眾盜金？彼言：我取金時，唯見有金，不見餘人。此與邪見眾生自立邪道，不見正理，恰恰相同。故邪見眾生深深安住自邪見道，雖有菩提正道，說之不信，須由諸佛威神之力，方便善巧之用，方能醒其頑迷，使之捨向邪見，安住菩提道中。
菩提道者，即阿褥多羅三藐三菩提道。然此菩提，通指三乘菩提，皆為正道。此使邪見外道安住菩提，乃為第一重意義。苦行聲聞、獨覺乘者，皆以大乘而安立之，此為第二重意義。聲聞者，聞佛說四諦音聲，知苦、斷集，慕滅、修道，證得須陀洹等四沙門果。獨覺者，出無佛世，弧峰獨宿，秋觀黃葉落，春聞百花香，覺榮枯無常，由之悟道；亦曰緣覺，緣佛說十二因緣之聲音，如眾生由順生門流轉生死，由是入還滅門，即得證果。於中聲聞根鈍，緣覺、獨覺根利，故增道損生皆有遲速。乘者，運載之義，如以車代步，達目的地。明聲聞、獨覺，各依四諦、十二因緣之教乘，度分段之生死海，到生空之涅槃岸。此行聲聞、獨覺乘者，若已證、若未證，皆使由二乘心而安定於大乘法中，一入永入，毋令退墮。
故此願可為二重：一、對二乘眾生，使安立於大乘中；一、對邪外眾生，則先破其頑迷，使之捨邪入正，安立於世間倫理道德，即佛教人天、二乘、五戒、十善法中，然後再由人天進入三乘，復由三乘使安立於大乘。此與法華會三乘歸一乘之理相符。實則全部法華。明一佛乘，不外此『皆以大乘而安立之』一句也。故佛法於邪外二乘，皆能導入於大乘。又、大乘之法，乃諸佛通達諸法實相之智慧，無量無邊，故為眾生開示，皆悟入佛之知見也。是則此願雖寥寥數行，可判攝一切佛法，蓋一切佛法歸納之，不外五乘共法，三乘共法，大乘不共法，而此由邪外二乘以至導入大乘，皆可包括之。
藥師法會願云：『第四遵行世尊本願，服務社會，盡瘁人群，使一切人民，咸歸大乘，捨身救世；世尊第四本願，如實成就』。
己五 得戒清淨
『第五大願：願我來世得菩提時，若有無量無邊有情，於我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒、具三聚戒；設有毀犯，聞我名已還得清淨，不墮惡趣！』
前二願明慧與定，此明得戒清淨。無量無邊有情，顯有情數目之多。使此無量無邊之有情，皆於我藥師佛法中，修行梵行。梵、譯為淨，超出五欲之清淨行，乃為梵行。一切皆令得不缺戒者，即使行者得具足戒。不缺、顯不缺漏，大智度論明不缺、不穿、不漏等十事；並設喻云：凡夫持戒至於佛地，如渡海浮囊，中盛空氣，無少缺漏，方渡彼岸。囊即喻戒，戒行無缺，方至佛地；若稍缺漏，如浮囊有孔，即便沉沒，故戒也者，不可須臾離也。傳戒者須如法傳授，受戒者須如實修行，方能具足，無所缺漏。
三聚戒者：一、攝律儀戒，二、攝善法戒，三、饒益有情戒。攝律儀戒，即持身口七支等戒。攝善法戒，即持善法戒。平常戒律中說有『止作持犯』；止持，即止一切惡行，所謂諸惡莫作；若經佛制止之事，皆不得作，若作即犯，此即攝律儀戒。作持、即作一切善法，所謂眾善奉行；凡經佛教授之事，如六度萬行，皆須工作，若不工作，即是違犯，此即攝善法戒。饒益有情戒，即諸菩薩廣行四攝，饒益眾生；若不作饒益眾生之事，即是犯戒。此中攝律儀，攝善法，通諸聲聞；而菩薩戒則以饒益有情為主，餘二為助伴。聚為類聚，每戒之中，各有類聚，如律儀戒之五篇、七聚等。梵網兼律儀戒，而瑜伽則即以七眾律儀戒為律儀，專明攝善、利生。若本已受持三聚戒，設一時迷昧而有毀犯，若聞藥師佛名，還得清淨，不墮惡趣。惡趣者，即地獄、餓鬼、畜生、三途惡道；或加阿修羅為四惡趣。因犯戒故，須墮三途，但聞藥師佛名，由其本誓願力加被，犯戒有情，還復清淨。因犯戒如衣被染污，即不清淨，由佛力故，如洗淨之。但唯有佛果功德加被，若無本因誓願之力，則加被即非真切，如日光泛照萬物；若佛果加被，復有本誓願力，則如收光鏡將日光攝集增強。吾人今皆已受戒，若有誤毀者，聞此藥師名號後，宜發露懺悔，誓不更犯，亦得解脫，不墮惡趣。後滅罪文，廣說其事。此上三願，皆依慧定戒發，亦使一切有情依之得慧定戒者也。
藥師法會願云：『第五尊行世尊本願，精嚴戒律，調伏身心，使一切人民身口意業，咸歸清淨；世尊第五本願，如實成就』。
己六 得身健美
『第六大願：願我來世得菩提時，若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋、頑愚、盲、聾、瘖、啞、攣躄、背僂、白癩、顛狂、種種病苦；聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦』。
此第六願明諸有情六根不具，醜陋癃殘者，若聞藥師名號，即得身心健美，以此願乃緣苦諦境而發，故在使諸有情脫離諸苦。相傳中國清代玉琳國師，前世為出家人，諸根不具，醜陋頑愚，結緣施主見而嗤笑譏刺，因有感焉。尋聞受持藥師此願，能得六根完具，身心健美，遂受持奉行此法門，而轉世即得玉琳身，智慧殊勝，諸根聰利，相貌端嚴。有清一代，不少名師，而為後人聞名敬信無間言者，厥惟玉師。是皆由藥師佛果本誓願力加被而致者，吾人若能如是發願，弘法利生，亦可成就如是勝報。
此中若諸有情之言，不指琉璃世界有情，以既生琉璃世界者，必已具諸相好，無諸醜陋，故應指娑婆等十方世界而言。娑婆眾生，勝劣不等，高下參差，如處大庭廣眾之間，高勝者固身心興奮，而下劣者相形見絀，不免精神苦痛，落於隱憂。身根者，即五色根身；在此五色根身之上，有眼、耳、鼻、舌等四根。或缺一，或缺二，或俱缺，故曰不具，不具故身醜陋。頑愚者，意根衰弱故，心性魯鈍，冥頑不靈。盲、為眼根不具；聾、為耳根不具。有有根而不聞，有連根形亦缺。瘖、為喉舌不充，發音不亮；至於啞，則不能聲響，舌根全壞，故瘖啞總為舌根不具。但瘖亦關鼻根，如鼻瘖則發音不明等。攣，拘曲也，兩手攣曲不直。躄、兩足俱廢。背僂、即身駝不直。白癩、即痲瘋；疥癩為小瘡，而白癩病則壞及諸根，如今廣東等地，多有染此病者。此上乃為身病。顛狂、為精神病；狂、即狂亂，神經反常，舉動失檢，所謂喪心病狂，即此之謂。此等諸根不具，即成殘疾，人有殘疾，抱恨終身；迵異傷寒發熱諸症，一著於身，即無法可免除。若能依藥師願，便可消除。但今醫學進步，此類病症亦可減少，如西洋人少有痢頭，麻臉，皆由醫藥種痘功能；故身病亦漸能治愈，殆亦由藥師願力耳。
藥師佛願聞其名者，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦；今既成佛，當滿其願，故其國中必無殘疾之人。端正者，諸根完具，醜陋之反。黠慧者，黠、為靈巧，慧、乃聰明；聰明黠巧，頑愚之反。此依藥師佛果本誓之力，其土眾生正報莊嚴，藥師琉璃光及其淨琉璃國之得名，不可謂非此願功也。
藥師法會願云：『第六遵行世尊本願，政重衛生，業勵醫藥，使一切人民，凡有疾苦，悉得救治；世尊第六本願，如實成就』。
己七 安康樂道
『第七大願：願我來世得菩提時，若諸有情眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦；我之名號一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具悉皆豐足，乃至證得無上菩提』。
此願標安康樂道者，安、為安寧，康、為康健。由貧病故即不安甯康健，此願即由不安不康，而使能安能康以樂道修行也。蓋人類生活，若不安康，則受苦逼迫，何能安心樂道？故欲人類樂道修行，須先使人類解除飢寒困病之苦患。今世仁人君子，力謀改革社會，建設實業，使人民生活趨於豐足，亦此之圖也。故人人皆能傚藥師佛法而行，則人民生活既改良，社會百業進步，道德文化亦蒸蒸日上矣。
藥師願其成佛時，若諸有情為眾病逼切，皆令解除。眾病者，佛經明眾生一大不調，百一病起；四大不調，四百四病起；中國古來亦說溫、濕、寒、熱等病。諸有情類，為諸病苦逼迫痛切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，因是未盡其天年而夭折，備極悽慘！但今亦有無家獨身之人，因有金錢，病來則醫，猶有可救；若無家親，復貧而病，則惟待死而已。但此類眾病交迫之有情，若聞藥師如來名號，即可眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，安康樂道，乃至證得菩提。後文所謂『求長壽者得長壽，求富饒者得富饒，求男子者得男子』；顯由藥師悲願力故，皆獲遂願所求者也。
今曰中國急欲解決之民生問題，而欲使人民衣食住行富饒豐樂者，皆不出此藥師佛願；故能人人依此發願實踐，則民生痛苦及生計諸問題，庶幾可解決矣！此願人類解除痛苦，社會和平，國土豐樂，為藥師願特要之點，亦如彌陀願中之特重聞名往生也。
藥師法會願云：『第七遵行世尊本願，普設醫院，廣施藥品，使一切人民，孤苦貧窮，悉離病厄；世尊第七本願，如實成就』。
己八 轉女成男
『第八大願：願我來世得菩提時，若有女人為女百惡之所逼惱，極生厭離，願捨女身；聞我名已，一切皆得轉女成男，具丈夫相，乃至證得無上菩提』。
此願標為轉女成男者，琉璃眾生皆大士相，本無男女之性別。男女之名，相對而立，無女則男亦無，說無女人者，乃對餘界而說。如以三界言之，色、無色界男女相無。而欲界則有男女，故欲界萬有皆分陰陽二性。今科學分析萬有構成之最後因素為電子，雖微細難見而亦有陰陽二性。由陰陽二性構成之物，皆含有矛盾性，相反相成，相生相剋。故五趣雜處之欲界眾生，皆有陰陽二性，以陽為男，以陰為女，於同一人類中。遂分男女鴻溝，而在相形見絀之下，不免男勝女劣，於是百感叢生，為諸惡劣之所惱亂，極生厭離，欲捨女身。然女人中具大丈夫性者，方覺女身可厭，生求離想；若無丈夫性者，雖感女身，不覺厭惡，反執為美！依大乘佛教理本平等，無男女差別、高下可得，但隨此類之機，落於男女分別想中，厭而求捨，故佛即為說之，使依藥師法門，或生琉璃得丈夫相，或在娑婆現身後身，轉女成男；若無厭離女身者，佛亦不須說此也。
此上三願，皆緣十方眾生為眾苦之所逼切惱亂而發，故依之而行，皆可離苦得樂。
藥師法會願云：『第八遵行世尊本願，立法施政，尊重女性，使一切女子受平等福，離百惡惱；世尊第八本願，如實成就』。
己九 魔外歸正
『第九大願：願我來世得菩提時，令諸有情出魔罥網，解脫一切外道纏縛；若墮種種惡見稠林，皆當引攝置於正見，漸令修習諸菩薩行，速證無上正等菩提！
魔、即魔王，魔子魔孫各有眷屬。外、即外道，亦有師徒邪眾。魔外眾生，難調難伏，如佛世時，雖經佛化，亦難改其魔性。此願明諸有情為魔外所誘惑而受其影響者，皆使捨邪歸正，入於佛法，故云魔外歸正。
梵音魔羅，此云擾害者，亦云殺者，能害眾生功德善根故，能殺眾生法身慧命故。網、以撈摝，罥、以蓋罩；以喻魔有魔法，如張網羅，能使水陸空界眾生落其網中，唯佛法能救之。蓋魔以五欲自恣快樂，亦有其魔之知識，思想、學說、方法，引誘眾生入其五欲彀中。迷而忘返，欲入色、無色界，欲趨三乘聖行，皆為障礙。如今世上，亦有學同魔學；想同魔想，行同魔行之人，其於佛教終不生信，而惟耽著五欲，深陷魔網，昏迷失性，反譏佛教為消極，為迷信，則殊可悲愍也！
解脫一切外道纏縛者，前言邪魔耽著五欲。此言外道，心外取道，壞真實理，修種種無益苦行，備極艱辛，執為最勝，顯與眾異，亦足惑世！古印度有九十五種外道，或六十二見，或十六種等。今日之世，亦多外道，外道捨正道而別求邪道，由邪師教授教誡，起邪分別，入邪思惟，如飛蟲之自落蛛網，如蠶作繭自纏自縛，如蛾赴火自燒自爛，此亦可憫甚矣！
墮種種惡見稠林者，惡見、即不正見，成曰邪見，背世出世間之正理而妄計為勝故。見、為明解之義，此其自執道理以為高超，然實非理，即上魔見、外道見也。見有種種，故曰稠林；稠林、謂萬樹稠密之叢林，一入難出，惡見之廣，亦復如是。
此等種種惡見眾生，由藥師本誓願力故，使其轉歸正見。正見可有二種：一、世間道德善法之正見；二、出世究竟佛法之正見。然亦可謂以世間善法為正見之基礎，以出世佛法為正見之究竟。由此正見故，漸漸修習諸菩薩六度萬行之正行，由凡夫經信、住、行、向、地，而入無上正等菩提也。
此中言魔，總包煩惱魔、五蘊魔、死魔、天魔等；而耽五欲之欲界魔。即屬天魔。此等諸魔，易入難出，唯仗佛法解脫之耳。又魔通於惑、業、苦三，煩惱魔及外道惡見稠林，皆為惑業之法；是故藥師緣集諦境，發此大願，使諸有情解脫邪外之魔難也。
藥師法會願云：『第九遵行世尊本願，樹立正法，降伏邪見，使切正法並育並行，永難纏縛；世尊第九本願，如實成就』。
己十 解脫憂苦
『第十大願：願我來世得菩提時，若諸有情王法所加，縛錄鞭撻，繫閉牢獄，或當刑戮，及餘無量災難凌辱，悲愁煎逼，身心受苦；若聞我名，以我福德威神力故，皆得解脫一切憂苦！』
此願標解脫憂苦者，以願令一切有情為王法所加等苦，皆使之解除故。王法者，古代依帝王立國，故言王法。如今民國以民立國，即言國法。王法、國法，皆是法律，法律之所以立者，作公眾利益之保障，為社會人民之準繩，侵害公眾利益者懲之，被侵害者保障之。人類本來無需法律，然人自相侵擾，故不得不有法律以維持社會之治安、秩序也。中國古代，立有笞、徒、流、絞、斬、五刑：縛錄鞭撻即屬笞刑；繫閉牢獄為徒刑；戮為殺戮，因犯重罪，即處死刑，此屬斬刑之類。蓋人生在世，不能離社會而獨立，既依賴社會而生活，自然不能離去種種約束而須受約束之支配，此人類痛苦所以與生俱來也。莊子云：『有人者累，有於人者憂』。如一家之主，即須擔負全男女老幼之責，此所以有人之累；人依賴人，此人即為彼人所有，而須遵其約束，此所以有於人者憂。故人類相處國家社會中，既有公私利害之衝突，自有法律處置，使之得當。如佛教叢林寺院之有共守規約，犯之則罰，此人生本身必受之憂苦也。又受自然界之憂苦亦不能免；如樂日光浴，熱暑則苦；如樂風調雨順，而暴風狂雨齊來則苦；如舟車代步，而出軌覆沒則苦；他如洪水猛獸等，皆自然界不能避免之苦。欲除痛苦故，惟有仗多人團結之力量，與自然奮鬥，制服自然。從自然界推至人與人相處之間，則強凌弱，眾暴寡，盜賊蜂起，匪竊猖狂及國際戰爭等，皆為人與人間必受之憂苦。是知人有依本身之苦，處自然界之苦，人與人間之苦，故有無量災難凌辱，悲愁煎迫，身心受苦。災與祥反，非意料所及之厄事發生皆為災難；難讀去聲，為苦難、厄難、困難之難。凌、為凌逼。痛苦加身，即受凌辱，因凌辱故悲愁煎逼，如熱鍋中油煎火逼，身心受苦。
受、有苦、樂、憂、喜、捨、之五受：身受有苦、樂、捨──捨即不苦不樂中庸之境──三受；心受則加憂、喜、為五受。苦等三受，為現前身心上所受之境；憂喜二受，或緣過去苦樂二境，或緣未來苦樂二境而起。此五受中，不但惡趣眾生常在憂苦之中，即人道眾生，亦常多憂苦，所謂『人生在世，苦多樂少』；『人生若夢，為歡幾何』，皆憂苦之反映。推至天趣，則欲界雖樂多苦少，然至五衰相現，憂苦不免；色無色天雖無憂苦，然定壞時，不免生滅遷流之苦；故唯涅槃，方離一切憂苦。諸有情類，無時不在憂苦交迫中，但由藥師本誓願力，及佛果威神力，能使一切憂苦得大解脫。
經云：『三界唯心，萬法唯識』；眾生迷心識故，執重外境，憂苦事多；若覷破諸法由心識所現，不起重執，則雖有憂苦亦若忘失矣。如一心誦持藥師佛名號，感其威神力故，心得安定，則雖處無量災難之境，亦不覺其災難憂苦矣。故此願中，可得二重解脫：一、能使諸有情，心得安定，解脫憂苦；二、能使諸有情，業果轉善，得幸福報。
藥師法會願云：『第十遵行世尊本願，改良刑政，實施感化，使一切人民不觸法網；即有犯者，在獄獲教，出獄獲養；世尊第十本願，如實成就』。
己十一 得妙飲食
『第十一大願：願我來世得菩提時，若諸有情饑渴所惱，為求食故造諸惡業；得聞我名，專念受持，我當先以上妙飲食飽足其身，後以法味畢竟安樂而建立之』。
此願願令諸饑渴有情，先得上妙飲食，後得甘露法味，故標以得妙飲食。蓋衣食住行，為人類生存之要素，而尤以飲食為最，無飲食即不能生存，故佛言：『一切有情，皆依食住』。無食則飢，無飲則渴，飢渴故煩惱──惱為十小隨煩惱之一──，煩惱故心憤，心憤發故，欲覓飲食，造諸惡業。故今日之世界，或個人，或民族，種種階級爭鬥，皆為解決飯碗問題；即西洋人所謂麵包問題。因飯食不給，生活難以維持，環境逼不得已，殺人放火，無所不為矣。故欲社會安定，須先解決民生問題，人民衣食豐足，盜匪竊賊即無由起。由此觀之，盜匪竊賊不但情有可原，抑須力謀救濟。
是以藥師發願，若諸眾生聞其名者，先令飲食飽滿，解除苦惱，安住有漏善道；進以無漏法味，使之成賢成聖，乃至佛果，亦古人所謂『富而後教』之意也。得世間飲食，唯身體快樂；得出世法味，則精神興奮，力圖上達，雖稍飢渴亦不造業，此皆由法味之功。若唯飲食，則飲食窮時，必復造業受苦，故須由無上法味，方獲畢竟安樂。先哲所謂『衣食足而知禮義，倉稟實而識廉恥』；此亦言先使衣食豐足，方能安心修德，再進而以佛法法味為食，禪悅為食，皆得畢竟安樂而建立之。畢竟安樂者，即發大心，修大行，不退轉於大般涅槃者也。
此中以禪悅法喜之味為食者。前引佛言『一切有情皆依食住』，食有四食：一、段食，段為形段，欲界眾生所有物質飲食，皆有空間的或時間的形段，如色、香、味、觸等是為段食。二、觸食，眼觸色，耳觸聲，鼻觸香，舌觸味，身觸細滑，意法處；由六根發六識觸六塵者，皆為觸食。三、意思食，即以意識希望之思為食，如人懷希望心，雖經千挫百折而希望心不死，亦得延其生命。四、識食，識食與前食不同，前屬意識及其意根，為第六識與第七識；今此識食，為有情生命所依之本體，屬於阿賴耶識。蓋此識受諸識熏習成為種子，由種子復起現行，由此識食資持業果生命不絕，是故一切眾生皆依食住。不但三界眾生依食而住，即出世菩薩亦依禪悅法喜為食，輾轉增勝，而長養其法身慧命也。至諸佛位，轉識成智，圓滿法身慧命，故不依食而住。佛法無邊，隨拈食之一法，義深無量。
藥師法會願云：『第十一遵行世尊本願，政重民生，普濟民食，使一切人民飲食供給無有乏少；更施教育，培其智德，令生安樂不遭苦難；世尊第十一本願，如實成就』。
己十二 得妙衣服
『第十二大願：願我來世得菩提時，若諸有情貧無衣服，蚊虻寒熱，晝夜逼惱；若聞我名，專念受持，如其所好即得種種上妙衣服，亦得一切寶莊嚴具，華鬘、塗香，鼓樂眾伎，隨心所翫，皆令滿足』。
此願願諸有情，得種種上妙衣服，及一切寶莊嚴具，而以衣服為主，故標得妙衣服。願諸有情得衣服者，衣服有二種作用：一、可遮避寒、暑、蚊、虻等侵襲，為衛身之工具；二、衣以罩身，覆蔽醜陋，為嚴飾之具。若約廣義言之，則一切房舍器皿舟車等，凡是使身住行娛樂之具，皆攝屬之。今貧無衣服者，非特無妙麗莊飾之衣服，即遮身衛體之衣服亦不能給，故為蚊虻、寒熱晝夜逼惱。但由佛之願力加被，聞佛名號，專念受持，則不唯得衛身衣服，亦得一切美麗莊嚴衣服。
又遂其願之所欲，獲得一切莊麗寶物。所謂『富潤屋，德潤身』，故一切房舍器具，皆成寶莊嚴具。華鬘，即結花成串懸挂者。塗香，即香水等。鼓樂，即音樂。眾伎，蓋既得上妙衣服，須有嚴身眾具，力配嚴飾；又因房舍等莊嚴故，而作種種倡伎歌舞，娛樂人生，隨意所欲，遊嬉自在。如是、依藥師之願力，使眾生得衣食豐富，受用莊嚴，則現實人生之社會，即可以優美化，藝術化；較之東方之琉璃與西方之極樂，不遠矣。
上來自第七願至十二願，皆緣苦集二諦境而發，使眾生斷惑離苦者。故今日吾人若個人，若學校，若宗教，若政治，若欲改造社會而安定社會者，皆可做藥師願行實踐也。故戴氏等發起在寶華山，修建藥師法會，亦由觀察今日中國情狀及世界之趨勢，欲改造轉變其命運，唯依藥師之方法，最切實際，故發願遵行。由上觀之，吾人能依藥師發願，或求個人幸福，或求社會幸福，立出標準方法為人生觀。依之實行，自力加行，不賴他人，則得二種利益：一則自增福德；一則改善或創造新的中國或世界。如是、方稱真實聞名受持，不辜負藥師佛矣。
藥師法會願云：『第十二遵世尊本願，衣住行等一切施為，決依總理遺教，盡力推行，生產分配，咸令得宜，使人民生活所需，無有不足，節之以禮，和之以樂，五福俱全，文明鼎盛；世尊十二本願，如實成就』。
戊三 結成妙願
『曼殊室利！是為彼世尊藥師琉璃光如來、應、正等覺行菩薩道時，所發十二微妙上願』。
此為結成上來十二妙願。妙願者，顯此十二大願極微妙殊勝故。如來、應、正等覺、為十號中三號。
丁二 果德
己一 說略指廣
『復次、曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來行菩薩道時，所發大願，及彼佛土功德莊嚴，我若一劫、若一劫餘，說不能盡』。
此為別陳行果中第二明果德，果德即由本地因行所修成之佛果功德。於中分三；今初說略指廣，明此文相雖略，詳言之，則甚深無量。
復次、承上起下之詞。此為釋迦佛總告曼殊，彼藥師如來因中所發誓願，不思議力。無量無盡；其佛果所成三十二相，八十種好，十力，十八不共法，四無所畏等威德，及其琉璃國土莊嚴，亦皆無量無盡；我若一劫、若一劫餘，說不能盡。
劫者，梵音劫波，此譯時分，即時間，或時代。但唯言時分，或時間，時代、則儱侗不能指出久暫幾何，故劫有二義：一、通義、即如言時分、時間等，自一剎那、一忽、一秒，乃至萬年億兆兆年，皆為時分時間或時代之通稱；是則一劫之言指一剎那耶？抑萬年萬萬年耶？殊不易別，故有第二別義。別義者，即經中所說小劫、中劫、大劫。若唯用一劫字，即指大劫而言；若作小劫、中劫時，即以小字中字標明故。大劫解釋，經論不一，大抵謂世界經一度成住壞空為一大劫。但此世界，非僅吾人所居地球，一地球一日月輪等組成一小世界，乃由千小世界組成一小千世界，千小千世界組成一中千世界，千中千世界組成一大千世界。此千兆地球千兆日月輪所組成之大千世界，與天文學家所謂之星雲系，星海系相等。此大千界最初空洞，漸次而成，漸次而住，漸次而壞；如一小孩，未生尚無此人為空，生後漸長至十八歲或二十歲為成，自二十至四五十之壯年為住，自是以後，漸趨衰老而至滅壞，復歸於空。故其成非一朝而成，壞亦非一夕而壞也。經論中通說：由二十小劫，成一中劫；由四中劫成一大劫。一小劫假設以世界人類之歲月為標準而言，則如一個八萬四千歲之人，經百年減一歲，乃至減至十歲，為一減；復由十歲倍增廿歲，廿歲倍增四十歲，如是增至八萬四千歲，為一增；如是輾轉一增一減為一小劫，此其時間已超吾人思量之境，則出二十小劫積成之中劫，八十小劫積成之大劫，其時間之渺遠為何如矣！今言藥師之功德，若一劫，若一劫餘，皆說不盡，則其功德之無窮無盡可知矣。
復次、大劫由空而成，其先成者，為大梵天，由大梵天而成梵輔天，梵眾天，而欲界諸天、而人間、而三惡趣；其壞時則先壞三途，次壞人間，次壞欲界諸天，次壞梵眾，梵輔，最後壞大梵天；故成時則由上而下，壞時則由下而上也。而大梵居成之初，壞之後，故其壽命最長六十小劫。因此、大梵嘗以世界之父主自居。但此不過一小世界主耳，非小千中千大千世界主也。然大梵既居為父為主之地位，能生萬物，主宰萬物，有此思想，有此理論，故在其下之眾，亦奉之以為父為主，作為依歸。但自佛教觀之，彼大梵天雖為一小世界之主；實不為一小世界中眾生之父，蓋其六十小劫未生之前，亦由眾緣和合，隨業感報而生，六十小劫既壞之後，亦由業盡報終，眾緣離散而滅。大梵因福業之勝，感受大梵天福報，福窮則大梵天之報亦滅，安有所謂綱維萬物主宰萬物者哉！
戊二 舉西喻東
『然彼佛土，一向清淨，無有女人，亦無惡趣，及苦音聲；琉璃為地，金繩界道，城、闕、宮、閣，軒、窗、羅網，皆七寶成；亦如西方極樂世界，功德莊嚴，等無差別』。
此以西方極樂世界之功德莊嚴，喻東方琉璃之功德莊嚴，等無差別，故標名舉東喻西。彼琉璃世界，因藥師之願力所成，一向清淨；其教化眾，若主若伴無有女人。古今學說，有以世界源清流濁，如中國之道教，明世界本自然虛無清淨，後因刁巧訐詐，即流為濁；有以世界源濁流清，如西洋之進化論，謂自蠢濁野蠻進至文明優美，然皆不及琉璃世界，一向純清潔淨，絕諸雜染。又淨土者，對穢土說，如娑婆穢土，以眾生堪能忍苦得名，遠非淨土可比。無女人者，非指其土專有男人，蓋男女乃相形相對而立，無女相故亦無男相，其土眾生，純屬清淨化身，無卑劣相，唯丈夫相，如色界天亦無女人；故其既無女形，即超欲界宇宙，以欲界為五趣雜居，一切皆有陰陽性故。陰陽性中含矛盾性，相反相成，由矛盾暫得統一調和而生，亦由矛盾終必分散離別而壞。由此欲界五趣雜居，如人同分中，有陰陽男女性別，陽勝陰劣，差別見生，乃至其餘諸趣亦復如是；故唯淨土無男女相，具足丈夫清淨莊嚴相也。
惡趣者，有三惡趣，即地獄、餓鬼、畜生，若立阿修羅，即有四惡趣；但阿修羅福大，居天鬼之間，非專惡趣。又阿修羅，乾達婆等，皆為雜趣所攝；彼佛國土，既超欲界，何有惡趣？即苦之音，亦不可得。彌陀經云：『彼佛國土，尚無惡道之名，何況有實』。東西雖別，淨土一也。
其土清淨，琉璃為地，往來之道，金繩為界。城、為聚居處之界垣，如本寺之圍牆。闕、乃二重台觀間之闕道，亦即城門上之樓屋。宮、為高深廣大之廈。閣、為樓閣，乃屋宮上之小樓。軒、乃屋簷，屋簷間橫屋亦曰軒；軒之本義，乃車前之簷高起者，故屋簷前高朗之屋，亦稱為軒。窗、即窗戶，亦通車軒上之窗戶。羅網者，以寶絲網羅覆空中，亦通車上之幰蓋。七寶者：金、銀、琉璃、真珠、瑪瑙、珊瑚、琥珀。七寶為世間所珍貴，舉以喻其世界莊嚴，與西方之極樂相類。以此經恰說在《阿彌陀》或《無量壽》或《觀無量壽經》後，故舉極樂依報莊嚴以此觀琉璃之依報莊嚴也。
戊三 讚伴顯主
『於其國中，有二菩薩摩訶薩：一名日光遍照，二名月光遍照。是彼無量無數菩薩眾之上首，次補佛處，悉能持彼世尊藥師琉璃光如來正法寶藏』。
主、即藥師，伴、乃輔弼左右之日、月二菩薩。藥師功德不可思議，故讚其伴以顯其主。
梵語剎多羅此言國，或言土，或言世界。但經中言國土世界，亦異亦同：如經中言摩竭提國、迦毘羅國等，則與今世所言之國家相等。若言藥師佛國、極樂國土等，即與世界相類。此言於其國中，即指藥師佛國。日光、月光，皆係正報莊嚴。前第一願云：『願我來世得阿褥多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然照耀無量無數無邊世界』至『令一切有情，如我無異』，是則其土佛及眾生，皆已如琉璃，光明熾然，內外明徹；日月之光，如螢火耳，何足比耶？又如空居天以上自身有光，即不須日月。則日月之光，於今日吾人所居黑暗無光之地球照之則可，於琉璃世界則何須此耶？蓋琉璃前當喻之如蔚藍清空，此蔚藍清空，固晶瑩明潔，然若加之以日月光，則更顯其清且明矣。故日月之名，乃依此土而立喻，顯此二菩薩為彼眾中之上首，位居等覺，次補佛處。如此界之文殊、彌勒，極樂之觀音、勢至，皆如眾星中之日月也。又日光補藥師之後，月光補日光之後；亦猶彌陀、觀音、勢至之相繼。
正法寶藏者，諸佛之心印，眾生之慧命，修行之途轍，非位居等覺之大士，焉能勝此傳持不失之任？由信受藥師之正法寶藏而得理解，由理解而實行，由實行前取證，方可謂之悉能受持。又正法住世，如佛日麗天。燃智慧炬，摧邪見幢，為無量功德法財所聚集之處，故曰寶藏。由有信解行證之人，方可傳持流通，否則散失隱沒，佛種不發；故藥師之教化，即由是二菩薩之流傳得以行世也。是二菩薩之功德如是，則其佛之功德更可顯知矣。
丙三 勸信願生彼
『是故曼殊室利！諸有信心善男子、善女人，應當願生彼佛世界』。
既明彼佛依正莊嚴功德，故勸有情發願求生。比丘、沙彌、優婆塞，皆得名善男子；比丘尼、沙彌尼、式叉摩那、優婆夷，皆得名善女人。此之七眾弟子，若具信心，昔得往生琉璃世界。蓋佛法如寶藏，非信手莫能入；信為道源功德母，長養一切諸善根。若信自心量同法界，十方佛土唯心所現，維摩詰經所謂：『眾生心淨故國土淨；眾生心垢故國土垢』；則是心是佛，是心作佛，發願修行，求生不離自心之藥師琉璃世界，何難之有？又、此經明佛果功德，勸信求生，亦如彌陀等經之勸發願往生。復次、由修持故，感藥師之加被，得現生之受用，則如真言密咒所明利益。故前言此經之通淨、通密，信非虛也。上明此經體相文竟。
丙一 藥師加被益
丁一 聞名利益
戊一 滅罪益
己一 滅貪吝罪得能施益
爾時、世尊，復告曼殊室刊童子言：『曼殊室利！有諸眾生，不識善惡，惟懷貪吝，不知布施及施果報，愚癡無智，闕於信根，多聚財寶，勤加守護。見乞者來，其心不喜，設不獲已而行施時，如割身肉，深生痛惜。復有無量堅貪有情，積集資財，於其自身尚不受用，何況能與父母、妻子、奴婢作使，及來乞者？彼諸有情，從此命終生餓鬼界，或傍生趣。由昔人間曾得暫聞藥師琉璃光如來名故，今在惡趣，暫得憶念彼如來名，即於念時從彼處沒，還生人中；得宿命念，畏惡趣苦，不樂欲樂，好行惠施，讚歎施者，一切所有悉無貪惜，漸次尚能以頭目手足血肉身分施來求者，況餘財物？』
此乃正說分中第二明機益，說明當機眾生所獲之利益，為藥師如來因果功德體上所起之妙用；故明機益之文，亦為此經最要之義。
此明滅貪吝得能施益：善之與惡，原本一心，眾生之不識善惡，即不識自心。以不識自心，迷心為境，逐物流轉，惟懷貪吝，正顯迷境逐物也。例如資生財務，不過為維持此五蘊假聚身心一期之生活而已，通此即為無用。況資生財物經濟之來源，非少數人力所構成，乃全社會共業所給予者；於維持個己或家庭之生活外，而起無厭追求聚斂積貨，而自傲為豪富者，其為無智愚人可知。第一、不知布施及施果報之社會經濟的構成，社會經濟原為維持全社會人群生活之幸福，倘被少數人聚斂集中，則多數人必失其生活維持之能力，引起勞資之鬥爭，毀滅人生之幸福，此為不布施及不布施必然之果報。究其致此原因，由於第二愚癡無智，闕于信根，於人生價值未有認識之故。蓋吾人之五蘊假聚之身，及維持此生活之資生財物，無非由眾緣所成，決不能離開一切而獨生活於天地間。我既如是，他人亦然，緣緣相涉，無少偏倚，何處有我？何處有人？何處有物？故能了知一切諸法自性皆空。而人生之最有價值者，是在此眾緣中，參透此人生之真相，方得卓立在人生最高峰之上，而為隨流把得定之人也。闕無信根之人，於人生真諦，無尊崇信仰之心，無超絕之智慧以了達人生之真相，起我相、人相、物相，於己所無者起貪求業，多聚財寶；於己所有者起鄙吝業，勤加守護，所謂『拔一毛利天下而不為也』。設處於強有力者之下，非行施不可時，亦唯有忍痛割與而已。然財物原為資持生活而產生，世亦有人貌似乞兒，富堪敵國，刻薄寡恩，涓滴不漏者，不唯失其資生為財之意義，實亦失其人之所以為人之真意義！此愚癡貪吝之人，生既有害于社會，死固當墮於餓鬼、傍生之道矣！
由昔人間下，正明滅罪得益。由藥師如來本願功德之力，雖此人貪吝業重，但能暫聞彼佛名號，播入阿賴耶識田中，以佛之願力加持故，賴耶識中之佛種子，得起現行，脫惡趣苦，還生人中，得宿命念。此宿命念，即能引發智慧，了達人生之真相──事物緣起之原理──故能一反前生貪吝之業，好行惠施，乃至不惜身命布施。布施之境造詣乎此，必已達五蘊、十八界、十二處、乃至一切諸法無實我無實法，緣生性空之我法二空智，故能捨國城如敝屣，施頭目如棄唾，饒益眾生，淨佛國土。是謂知布施及施果報之得益者。究其發心之動機，及中間維扶之力，皆由藥師如來本願功德威神加被而致也。
己二 滅毀犯罪得持戒益
『復次、曼殊室利！若諸有情，雖於如來受諸學處，而破尸羅；有雖不破尸羅而破軌則；有於尸羅、軌則，雖則不壞，然毀正見；有雖不毀正見而棄多聞，於佛所說契經深義不能解了；有雖多聞而增上慢，由增上慢覆蔽心故，自是非他，嫌謗正法，為魔伴黨。如是愚人，自行邪見，復令無量俱胝有情，墮大險坑。此諸有情，應於地獄、傍生、鬼趣流轉無窮。若得聞此藥師琉璃光如來名號，便捨惡行，修諸善法，不墮惡趣；設有不能捨諸惡行、修行善法，墮惡趣者，以彼如來本願威力令其現前，暫聞名號，從彼命終還生人趣，得正見精進，善調意樂，便能捨家趣於非家，如來法中，受持學處無有毀犯，正見多聞，解甚深義，離增上慢，不謗正法，不為魔伴，漸次修行諸菩薩行，速得圓滿』。
此明犯戒有情，由聞藥師名故，罪除福得；非仗藥師之願力，其得益不能如是神速。有情、乃眾生之異名，人人有命根與愛欲情見而成為人，故曰有情。諸有情通於六凡，今唯指人道而言。如來為比丘制二百餘戒，比丘尼三百餘戒，優婆塞、優婆夷等五戒。七眾弟子各有別解脫戒。凡受戒者，宜各依是為專精修學之處，故曰受諸學處。
尸羅梵語，正譯清涼、安穩、安靜、寂滅、四義，傍翻為戒，今即指戒。若受戒而不持戒，即非完器，不能貯物，法身慧命盡為喪失。今諸有情，雖受七眾學處，而不如法受持，則破尸羅矣。
復有有情不破尸羅而破軌則者，尸羅持戒，為個人道德之修養，破之猶輕；至於軌則，乃維持公共道德之律條，犯之則重。如國家之有公法，可為懲戒，叢林之有清規，可為制裁。若佛律之有犍度，犯戒法者，須作羯磨以求懺悔。故破軌則，即是破壞公共道德。
有雖不壞尸羅，軌則而毀正見，則其罪尤進一層。見、為分別，即是思想，毀壞正見，即思想犯罪，意業犯罪，較之行為犯罪尤過。正見、有世間正見、出世正見。世間正見，即信倫常道德，應行者行，不行即毀。如今歐風東漸，嗜於物慾者，謂將古代道德學說行之於今日人與人之間，即認為作道德之奴隸；若操諸政治，即認為愚民政策，高唱個性自由意志之發展。試問此個性思想即無錯謬耶？實則如任各人個性之所欲為，思想行為各趨歧途，國家即紊亂難治矣。出世正見者，佛法在世間，不離世間覺，即於蘊、界俗諦、處等諸法中，窺見諸法實性之真諦理，信有菩提可求，涅槃可證，乃是正見。故不信世間道德，即壞俗諦正見：不信出世真理，則壞真諦正見。破戒毀不正見，尚有慚愧，罪可懺悔；若毀正見，造闡提業，不可救藥。
復有棄多聞者，拘於一曲知見，得少為足，不求知識開示，不聽明師說法，故於契經深義無由解了。契經者，佛所說法，契理、契機，妙義重重，深廣如海，若非多聞，何能領悟？又佛教重聞、思、修三慧，為如來之慧命，若不多聞，不能引發思、修，縱有思、修，盲修瞎練而已。如宗門流毒，往往執住一句話頭，即棄三藏不聞。試問此一句話頭，即攝三藏盡耶？若有未盡，即棄多聞，失聞慧命。
又雖多聞而增上慢者，不識文字般若，原為方便法門，但依於文，不依於義，不知從心理上做體驗工夫，咬文嚼字，自蔽其明，居高凌下，目空乾坤．甚至呵佛罵祖，嫌惡誹謗於正法，非魔而何！吾人之心地本如琉璃，內外明徹，由此慢病，如烏雲覆蔽清空矣。是皆出聞而不起正思，故流於邪魔。
此類有情，愚癡迷昧，不了真諦，由邪思維而起邪修行，自行教他，自害害人，不但自墮地獄險坑，亦使無量億數──俱胝──有情墮於三惡道，輾轉無窮，永無出期，苦不可言！
若得聞此藥師下，正明滅毀犯罪得持戒益。唯有聞此藥師如來之名號，由此如來本願力故，使此罪大惡極之眾生，換面洗心，痛改前非，捨惡修善，不墮惡趣；所謂『放下屠刀，立地成佛』是也。即使墮于惡趣，由如來本願力，暫聞名號，一歷耳根，永為道種，惡趣命終，還生人間。或因佛力，憶念前生墮落因緣．於是正見多聞，正思正修世出世間之道德真理，勇猛精進，善調意樂。善調意樂者，即定慧均平，由定故心如古井之水，秋空之天，豪爽自在；由慧故，世出世法，明察秋毫，意樂自在。但有慧無定，流於掉舉，有定無慧，易入昏沉，故須定慧平均，方能善調意樂。由定慧均調故，即能捨家趣於非家。非家、即出了家。
出家有四種料簡：一、身出家而心非出家，阿難所謂『身雖出家，心未入道』；二、心出家而身非出家，如淨名居士等；三、身心俱出家，如大阿羅漢比丘僧，身具僧相，心修梵行。四、身心俱非出家，如普通俗人。今此出家，自理而言，亦可說出煩惱生死之家，入如來法王之家；蓋定慧均調必能斷諸煩惱生死之因，則煩惱生死果報之家亡矣。受持學處，不毀正見，乃至行菩薩道，速得圓滿，是皆因藥師願力，捨惡修善，入三摩地，漸慚取證佛慧也。
己三 滅妒礙罪得解脫益
『復次、曼殊室利！若諸有情慳貪、嫉妒，自讚毀他，當墮三惡趣中，無量千歲受諸劇苦！受劇苦已，從彼命終，來生人間，作牛、馬、駝、驢，恆被鞭撻，饑渴逼惱，又常負重隨路而行。或得為人，生居下賤，作人奴婢，受他驅役，恆不自在。若昔人中曾聞世尊藥師琉璃光如來名號，由此善因，今復憶念，至心歸依。以佛神力，眾苦解脫，諸根聰利，智慧多聞，恆求勝法，常遇善友，永斷魔罥，破無明殼，竭煩惱河，解脫一切生老病死憂悲苦惱』。
慳貪者，鄙吝不施，殉財無厭；嫉妒者，不耐他榮。此皆由無遠識，無大智，心量狹窄，故造自讚毀他之業。瑜伽菩薩戒本所謂：『他實有德，不欲讚美，他實有譽，不欲稱揚』。由此鉤心鬥角，造諸惡業，當墮惡趣受大劇苦。惡趣苦盡，來生人間，報感畜類，則備受夏楚之苦；或感人道，作人奴婢，不得自由。此恆被鞭撻，即嫉妒之餘報；饑渴逼惱，即慳貪之餘報。天網恢恢，疏而不漏，善惡昭彰，因果難逃，此之謂耳！
自昔人中文下，正明滅妒罪得解脫益。此類有情，由昔曾聞藥師名號，種下善因，今以佛力加故，如春雷春雨之擊發，使其識田中之種子起現行而萌芽，歸誠三寶，解脫苦因，不受苦果。轉昔日之正報殘缺，得今日之諸根完具；轉昔日之愚癡魯鈍，得今日之聰明智慧。魔罥者，即魔之罥網，今既恆求勝法，常遇善友，多聞智慧，常生正見，心身性命皈依三寶，自然不落魔之罥網矣。無明殼者，謂眾生常為無明煩惱所困縛，不知諸法之真諦，墮在黑漆桶中，喻之以殼；今智慧光明現前，無明之殼照破矣。煩惱河者，謂三惑煩惱，能使眾生長淪漂溺，喻之為河，今修戒定慧三學，斷除三惑，煩惱之河竭矣。無明煩惱之因既窮，則生死之果亦盡，憂悲苦惱不可得矣。人生在世，生老病死誰人能免？略言之，則為生死。生死有分段生死與變易生死，證二乘聖果即出三界分段生死，證大菩提果則變易亦亡。此破無明殼，竭煩惱河，解脫一切生老病死，即超變易而證究竟菩提佛果者也。
己四 滅惱害罪得安樂益
『復次、曼殊利室！若諸有情好喜乖離，更相鬥訟，惱亂自他，以身語意，造作增長種種惡業，展轉常為不饒益事，互相謀害。告召山林樹塚等神；殺諸眾生，取其血肉祭祀藥叉、羅剎婆等；書怨人名，作其形像，以惡咒術而咒詛之；厭魅蠱道，咒起屍鬼，令斷彼命，及壞其身。是諸有情，若得聞此藥師琉璃光如來名號，彼諸惡事悉不能害，一切展轉皆起慈心，利益安樂，無損惱意及嫌恨心，各各歡悅，於自所受生於喜足，不相侵凌互為饒益』。
惱害者，以眾生迷昧無知，於諸法中，計我人自他之相，由此起貪、瞋、癡業，順我者貪，逆我者瞋，而根本由於無明癡。內貪、瞋、癡故，外殺、盜、婬，身口七支互相惱害。好喜乖離者，即兩舌──說離間語，向此說彼，向彼說此──，是愚癡也。又乖離與和合相反，如僧伽稱和合眾，有理和事和：理和、即由共同智慧所見之共同真理思想，其理思想既和，則所發出之事相行為亦和矣。故小自一家庭、一社會，大至全世界之人類，各能和合，則世界即可相安無事；否則此亦一是非，彼亦一是非，鬥亂諍訟之事起矣！足皆瞋也。或口諍，或筆戰，或吃官司曰訟，訟之不已，拳棒交加曰鬥，終至頭破血流，兩敗俱傷，惱害自他。
身、語、意為三業：身殺、盜、婬，口妄言、綺語、兩舌、惡口，意貪、瞋、癡。如是三業輾轉，鬥諍惱亂，常作不饒益事，所謂：『一見冤家，分外眼紅』。我以權勢害彼，彼以智巧害我，互相惱害。又權勢智巧皆不及人者，則不得不出此下策：或告召山林樹塚等神，向他哭訴，令斷彼命。或殺諸眾生，取其血肉以獻媚祭祀藥叉、羅剎等鬼，令斷彼命。藥叉、是捷疾鬼，羅剎、是噉人鬼，唯噉生人；若死屍臭爛者，咒起食之。或作人形像，書彼生辰八字，以惡咒詛之，令彼斷命；如西藏之黑教，多幹此等勾當。或以魘魅蠱道等他鬼，加害於人。或以毗陀羅咒咒屍令起，教執刀杖，令斷彼命。如是等類，皆以力不及人而暗中害彼冤家，以斷其命者。
自若得聞此藥師下，正明滅惱害罪，得安樂益。是諸被難有情，由仗藥師如來本願功德，彼諸惡鬼、惡事，皆不能相害，且能轉令惡鬼、惡人，起慈能與樂之心，成善人善鬼，不相侵害，互相饒益。彼此眼見色，耳聞聲等所受用物，無非在歡悅和氣中生活者，協力同心，和衷共濟，建立社會道德的互助基礎；則由嫌隙懷恨之心而起的鬥訟亂子無從發生，人類可趨和平矣。
戊二 往生益
己一 化生寶華益
『復次、曼殊室利！若有四眾──苾芻、苾芻尼、鄔波索迦、鄔波斯迦──及餘淨信善男子、善女人等，有能受持八分齋戒，或經一年、或復三月受持學處，以此善根，願生西方極樂世界無量壽佛所聽聞正法而未定者，若聞世尊藥師琉璃光如來名號，臨命終時，有八大菩薩，其名曰：南無文殊師利菩薩，南無觀世音菩薩，南無得大勢菩薩，南無無盡意菩薩，南無寶檀華菩薩，南無藥王菩薩，南無藥上菩薩，南無彌勒菩薩。是八大菩薩乘空而來，示其道路，即於彼界種種雜色眾寶華中，自然化生』。
此文顯不但由藥師佛力消災延壽，且能於臨命終時決定往生。四眾者：一、苾芻，見前釋。二、苾芻尼，乃出家女眾之通稱。三、鄔波索迦，此云近事男。鄔波斯迦，此云近事女。此為在家二眾近事三寶者。及餘淨信善男子、善女人等，即指沙彌、沙彌尼、式叉摩那、及受三歸未受五戒等人。
八分齋戒者──分者、支也──一、 不殺，二、不盜，三、不淫，四、不妄語，五、不飲酒，六、不著香花鬘、不香塗身、不歌舞伎倡，七、不坐高廣大床，八、不非時食。前七為戒，後一為齋，故名齋戒。此八分齋戒。未受五戒者，亦可受持；已受五戒者，亦可於每月初八、十四、十五、二十三、二十九、三十──月小加二十八──之六齋日，持此八分齋戒。或經每年正月、五月、九月，年三長齋月，受持八分齋戒，功德尤勝。以佛說四天王於此三月中正巡至南贍部洲，持齋修福者功倍於常。如是等人，受持學處，種種功德，回向發願，欲求生西方極樂世界，親覲彌陀，聽受正法，而心未決定者。
由藥師如來本願功德力故，臨命終時，有八菩薩乘空而來，示其道路，導其往生於淨琉璃土種種雜色寶花之蓮池中，自然化生。雜色者，如彌陀經所云：『青色青光，黃色黃光，赤色亦光，白色白光』。八人菩薩者，藏中三譯，皆無其名，義淨法師譯本，且作『有八菩薩乘神通來，示其道路』。八菩薩名，乃依灌頂經添入，故今不釋。然此有疑者，聞藥師佛名，往生藥師淨土，何須八大菩薩助之往生耶？又何必於欲生西方未決定者乃導之往生耶？則因藥師佛法門，以消災延壽為主，往生淨土乃其兼帶之益，而欲生西方者，即屬淨土之機；又未決定，將致功行虛棄，以其與藥師佛緣熟，故由此土名稱普聞眾所崇敬之八菩薩，助生琉璃國耳。
己二 或生天人益
『或有因此，生於天上，雖生天上，而本善根，亦未窮盡，不復更生諸餘惡趣。天上壽盡，還生人間，或為輪王，統攝四洲，威德自在，安立無量百千有情於十善道；或生剎帝利、婆羅門、居士大家，多饒財寶，倉庫盈溢，形相端嚴，眷屬具足，聰明智慧，勇健威猛，如大力士。若是女人，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，於後不復更受女身。
前由藥師佛力往生淨土，此由藥師佛力，亦或生天。天、即三界二十八天，欲界四天王等六天；色界初禪天、二禪天、三禪天、四禪天等十八天；無色界空無邊處等四天，合有二十八天。但生天為有漏善因，招有漏樂果，天福盡時，猶須墮落。如昔人生非非想天，猶墮作牛領中蟲，誠所謂『縱使修到非非想，不及西方一去來』。永嘉大師云：『住相布施生天福，猶如仰箭射虛空；勢力盡，箭還墜，招得來生不如意！爭似無為真實門，頓超直入如來地』！但此因聞名功德，雖生天上受上妙樂，而本善根猶未窮盡，故不墮惡趣。還生人間，作轉輪王，統攝四洲，威德自在。輪王有四：一、金輪王，二、銀輪王，三、銅輪王，四、鐵輪王。四洲者：一、東勝神州，二、南贍部洲，三、西牛賀洲，四、北俱盧洲。此四稱洲者，以其居須彌山之腰身，為七重鹹水海所包繞也。鐵輪王掌南方一洲，銅輪王掌南西二洲，銀輪王掌南西東三洲，金輪王掌四洲，故曰統攝四洲。其稱為輪王者，以其生時現有寶輪，三時御此寶輪巡禮四洲故也。此金輪王具足七寶、千子，能以威德感化四天下有情，修十善道，故曰：安立無量百千有情於十善道也。十善者，與十惡反，見前。
或生剎帝利、婆羅門等，正明或生人道，亦得利益。剎帝利為印度四姓之一，即王族。婆羅門、居士，俱見前釋。生於此等大家，衣食豐富，財寶無量，外則相貌端嚴，人見欽悅；內則聰明智慧，知書達理。且具威猛尚武之精神，為人類之英雄力士。此一面固由自修善行，一面實因藥師功德有以致之也。
若是女人，乃明由藥師功德願力，女轉男身。蓋女人無丈夫相，為人輕賤，多感苦痛，所謂：『女人眼淚多』，非痛苦之象徵歟！法華經舍利弗云：『女人身有五障：一者、轉輪王身，二、者梵王身，三者、帝釋身，四者、國王身，五者、佛身』。今由佛力，轉女成男，快樂自由，盡未來際，更不復受女身。此女轉男身，亦歸往生文攝。
丁二 誦咒利益
戊一 佛觀病苦
『復次、曼殊室利！彼藥師琉璃光如來得菩提時，由本願力，觀諸有情，遇眾病苦──瘦攣、乾消、黃熱等病；或被厭魅、蠱毒所中；或復短命，或時橫死；欲是等病苦消除所求願滿』。
此乃藥師加被益中第二誦咒利益。藥師如來因觀眾生病苦而入定，於光中說咒，滅除眾苦；復令聞者輾轉持誦，得大利益。自復次下至勿令廢忘之文，奘譯原無，皆自淨譯添入者。前來廣明藥師如來因地如何發種種大願時，如第六願云：『聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸病苦』。第七願云：『我之名號，一經其耳．眾病悉除』；故得菩提時，由本願力，為滿本願故，即觀有情病苦而說咒。病苦者，若病故老死皆隨之，所謂三苦、八苦、無量諸苦，皆隨之而來。瘦攣者，即虛弱病，如骨瘦如柴，弱不禁風。乾消、即消渴病。黃、為黃膽黃胖病。熱、為熱病，及諸傷寒、瘟疫等病。此等諸病，或因先天不足，或因四大不調而起。
魘魅、為鬼病，因為鬼所中而病者，如睡時覺有物壓於身，欲呼不能，皆為魘魅作祟。或因冤業而病，或因冤家咒召魘魅令生病。蠱道者，蠱字三虫一皿，顧名思義，即可知其為何物。中國民間相傳養蠱者，捉多虫置一盆中，以符閉之，誦咒使其互相吞食，強存弱亡，最後留存之一虫，即成為蠱，為虫中之妖精，放之，能於無形害人成病。故魘魅、蠱道等病，皆由他有情使之而病。由此自病、他病，致遭短命，或橫死不能善終其天年。短命、即促短其生命而致夭折。橫死者，橫讀去聲，即由橫難而死，如橫截木身，頭尾異處。藥師觀諸病苦，為入定說咒之動機。既說咒已，令眾生病除，滿眾生願，亦即滿藥師本願也。
戊二 光中說咒
『時彼世尊，入三摩地，名曰除滅一切眾生苦惱。既入定已，於肉髻中出大光明，光中演說，大陀羅尼曰：『那謨薄伽筏帝，裨殺社窶嚕，薛琉璃缽剌婆喝囉闍也，怛陀揭多耶，阿羅訶帝，三藐三勃陀耶。怛姪阤：唵，鞞殺逝，鞞殺逝，鞞殺社，三沒揭帝娑訶』』。爾時、光中說此咒已，大地震動，放大光明，一切眾生病苦皆除，受安隱樂。
咒為方便之用，以定為其本體；故欲說咒，必先入定。如說首楞嚴咒等，皆先入首楞嚴等大定。三摩地、即三昧，此譯為定，由此定中能發種種神通，種種陀羅尼。但譯定者，順中國之定義；若依義直譯之，可作等持。等、謂不偏不倚，即將心力集中，四平八穩，保持不動，豈非定耶？故入三摩地，即是入定。唯三摩地乃定之總名，別名甚多：亦曰心一境性，即將心專注一境，使不流散，如是之心即為定。亦曰靜慮，即禪那，以心極寂靜而能審慮立名。亦曰三摩呬多，譯等引，由等持引發深定心。亦曰三摩缽底，譯等至，由心等持所至深境。如是諸名，皆為三摩地之別名。但定之功用，各各不同，今所入之定，名除滅一切眾生苦惱，為其特別功用。定能引發種種妙用，故亦名功德林，亦名功德寶藏。若心在散位，則心為形役，心隨境轉，逐物浮沈；若心安定，專于一境，精誠所至，金石為開，則心能轉物矣。然欲界凡夫，皆具散心；即上二界定力，亦為境量拘限；三乘賢聖展轉勝進；唯佛定力，最極隨心自在；此藥師所以欲滅除眾苦，即有滅除眾苦之可能也。肉髻者，即佛頂隆然而起之髻相，為三十二相之一相，為佛福德圓滿最尊相也。
既入定已，從此肉髻中放大光明，然後宣說陀羅尼咒。此顯先由大願起大悲，入大定，從大福聚中放大智光而說此咒。陀羅尼、此譯總持，明于一句之中，總持無量功德。又譯遮持，遮除一切病苦，保持一切康甯。其功德廣大而不可思議，故言為大。一切咒語本不翻譯，即四不翻中之秘密不翻。但今不妨略示且義。
那謨、譯皈依，故敬禮；薄伽筏帝，即薄伽梵，世尊之義；郫殺社窶嚕即藥師；薛琉璃缽剌婆喝囉闍也，即琉璃；怛陀揭多耶、即如來；阿囉訶帝，譯應；三藐三菩提耶、譯正等覺；故連合之，即皈依世尊藥師琉璃光如來應正等覺，或敬禮世尊藥師琉璃光如來應正等覺。怛姪阤乃是即說咒曰之義。自唵至娑訶，方是大陀羅尼咒之正文。藥師如來由大悲、大定、大智而說此咒．總持一切佛果功用，其義無窮，華嚴玄談所謂『一字法門，海墨書而不盡』。蓋此乃藥師佛秘密符印，一心誦持，感得藥師如來心心相印，即可獲大妙用，如秘鑰之能開功德寶藏；若無鑰匙．雖有功德寶而無法取用之也。唵字、照中國陝西一帶古音，應讚翁字音，其聲較長。唵字總攝四智菩提，清淨法界一切佛果無漏功德，掃盡一切染法，圓成一切白法；如唯識頌所謂：『此即無漏界，不思議善常，無漏解脫身，大牟尼名法』。咒、為總持，此唵字實為總持之總持，故一切經咒，皆冠以唵字。郫殺逝，郫殺逝，郫殺杜，皆藥之義，如言：以衣衣之，或以藥藥之之藥，作動詞用。但郫殺逝、郫殺逝，即為藥之，藥之之義，是醫治義；雙言藥之，含醫治自病他病義。郫殺社，即藥，為名詞。以藥治自病愈，復治眾生病愈，故疊言以藥之藥之也。三沒揭帝．即普度義。莎訶、為速疾成就義。綜合其意，即祝以藥普度一切眾生痛苦之大願，速得成就也。
藥師如來未說咒前，彼琉璃世界眾生，或猶有病苦可得；自說咒後，彼界大地震動，普現祥瑞，一切眾生病苦皆除，安隱快樂。故自爾時至安隱樂，皆述其界當說咒時之得益也。
戊三 持咒除病
『曼殊室利！若見男子、女人有病苦者，應當一心，為彼病人，常清淨澡漱，或食、或藥、或無蟲水、咒一百八遍，與彼服食，所有病苦悉皆消滅。若有所求，志心念誦，皆得如是無病延年；命終之後，生彼世界，得不退轉，乃至菩提。是故曼殊室利！若有男子、女人，於彼藥師琉璃光如來，至心殷重，恭敬供養者，常持此咒，勿令廢忘』。
一心故，意業清淨；澡洗故，身業清淨；誦咒故，語業清淨。三業事精，為彼病人，於飲食或藥水等物，於此一種加持，誦百八遍咒語，令彼病人飲服，一切病苦皆可消除。咒字、中國字的本義，為咒詛、咒願、祝咒。換言之，即禱告。但此有善有惡，如禱告個人消災得樂，或世界和平，皆為善的禱告；若咒詛冤家，祈禱害者人，皆為惡的禱告。故今唵鞞殺逝等咒，以藥除病，皆善咒也。又咒為陀羅尼之一，如解深密經說有四種陀羅尼：一、法陀羅尼，二、義陀羅尼，三、忍陀羅尼，四、咒陀羅尼；今此即咒陀羅尼攝也。又若至心念誦，所求皆遂，不但現生消災除病，延年益壽，臨命終時亦得往生琉璃世界，乃至證得究竟菩提，一切行位等皆無退墮也。
自是故曼殊至勿令廢忘，此明持咒既有種種功用，故淨信男女，宜各至心常持，勿稍懈怠而忘失。由至心故生信，信故受持，若無信則自閉其門，雖有慧光不能照也。又至心慇重故，意業清淨；意清淨故，身口亦淨；然後才能盡己所有，供養於佛，不特物質供養，即將心身性命之精神，亦歸敬供養於佛。所謂歸命者，此之謂也。如是持咒，自得延年益壽，臨終往生；亦使他人延年益壽；臨終往生；自利利他，功德大矣！
丙二 有情持奉益
丁一 佛說消災周
戊一 釋尊標示
『復次、曼殊室利！若有淨信男子女人，得聞藥師琉璃光如來應正等覺所有名號，聞已誦持。晨嚼齒木，澡漱清淨，以諸香花，燒香、塗香，作眾伎樂，供養形象。於此經典，若自書，若教人書，一心受持，聽聞其義。於彼法師，應修供養：一切所有資身之具，悉皆施與，勿令乏少。如是便蒙諸佛護念，所求願滿，乃至菩提』。
此下為正說分中第二機益一大科所開出之第二段有情持奉益之文；正此經宗要之所在。如前曼殊啟請言：『惟願演說如是相類，諸佛名號，及本大願殊勝功德，令諸聞者業障消除，為欲利樂像法轉時諸有情故』。是知此經之發起，全為利樂像法有情。即世尊讚許中亦說：『汝以大悲勸請我說』，乃至『為拔業障所纏有情，利樂安樂像法轉時諸有情故』。故有情持奉益，實為此經之重心。如全部法華，以授記聲聞成佛為主要，故有三周說法：一、法說周，上根悟入；二、喻說周，中根悟入；三、因緣說周，下根悟入。故今經以有情奉持利益為主要點，亦即分為三周：一、佛說消災周，二、救脫延壽周，三、藥叉誓護周。三周之文，各自獨立，若彰其義，各有其宗要點；然亦互相攝入，互相交遍，如帝網珠之重重相映也。佛說消災周文有四，今初釋尊標示。
淨信者，轉依之基礎，正行之要鍵，為學佛者必具條件；蓋由淨信故，一切清淨心心所，皆得相應而起。信心所，居十一善心所之初，善以此世他世順益為義；此信心所自性清淨，亦能令餘心所清淨，如水清珠，能清濁水。故此言信，與常言之信異。常言迷信或誤信人言，其信中皆含錯謬成分，不可與此淨信同日而語。以此淨信，具有三個條件：一、信實，信有諸法真實事理；二、信德，信有三寶真淨功德；三、信能，信自己有修行、斷惑、證果之本能。如是依真實事理，三寶功德，本具功能而起信心，方稱淨信；亦可引餘善心相應而起。故華嚴云：『信為道源功德母，長養一切諸善根』。為三乘聖道之源，一切功德之母，諸戒、定、慧善根莫不由此發生。
如是淨信男子女人，能於藥師如來名號，聞已誦持，即可得益。誦、為背誦，持、即意持不忘。如是誦持名號，由名召德，即能攝取佛果一切功德。晨嚼齒木，即嚼楊枝，清口、澡身，使內三業清淨。以諸香花至供養形象，使外壇場莊嚴。若自書、若教人書者，古印度佛經皆以貝葉書寫，中國古亦用紙書寫，自五代宋時以來，乃有刻本流通，故亦可以刻經流通代替寫經功德。一心受持，包括讀、誦、受持、講習、思維其義，為他人說等等。法華明五品法師功德：一、隨喜品，二、讀誦品，三、說法品，四、兼行六度品，五、正行六度品，皆可於一心受持攝盡。又諸經論明十法行：一、書寫，二、供養，三、施他，四、諦聽，五、披讀，六、受持，七、開演，八、諷誦，九、思維，十、修習，亦於此一心受持中攝之。受持，即聽受記持，蓋佛經結集，只是經大眾會誦，未必即有寫本，故初學者須師傳授，方可從之聽受記持；如今西藏佛徒，尚實行授受之制度。雖然，時至今日，經典流通，凡識文者，皆可披讀誦持，思維其義；故中國從古以來，即多從文自悟之師也。
法師之法，狹義言之，如四無礙辯中之法無礙辯，法對義言，但指能詮教法。廣義言之，則能詮之教與所詮之義，法界諸法無非是法。如是思維，通達善解其義，以法自師；復能輾轉開示宣說，以法為他人師，故曰法師。吾人於經典得以受持讀誦、思維其義者，皆由法師為導引，法師之恩德甚深，故應布施供養，盡意敬重。非特物質盡量供養，即以身命供養亦所不惜，方稱真誠求法。觀夫釋迦因地求半偈而捨全身，可為軌範也。時至今日，邪見熾然，有法不求，反誹謗之，譏毀之而不遺餘力，可慨也夫！故學佛者，淨信三寶，方蒙諸佛護念；以佛果功德，皆由因地淨信而起；由淨信而紹隆佛種，續佛慧命，故為佛所護念；如母憶子，念念不忘，則所求者，皆得遂願圓滿，善根增長，漸證菩提。
己二 曼殊奉揚
爾時、曼殊室利童子白佛言：『世尊！我當誓於像法轉時，以種種方便，令諸淨信善男子、善女人等，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，乃至睡中亦以佛名覺悟其耳。世尊！若於此經受持讀誦。或復為他演說開示；若自書、若教人書；恭敬尊重，以種種華香、塗香、末香、燒香、花鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂，而為供養；以五色綵，作囊盛之；掃灑淨處，敷設高座，而用安處。爾時、四大天王與其眷屬，及餘無量百千天眾，皆詣其所，供養守護。世尊！若此經寶流行之處，有能受持，以彼世尊藥師琉璃光如來本願功德，及聞名號，當知是處無復橫死；亦復不為諸惡鬼神奪其精氣，設已奪者，還得如故，身心安樂』。
曼殊既聞世尊開示藥師如來本願功德，利益有情，故發誓願奉揚是法，使像法有情，未聞者聞，已聞者增長，種種設法傳流此經；故今日能得以講讀此經，皆曼殊誓願加被之力也。華香、塗香、末香、燒香、花鬘、瓔珞、幡蓋、伎樂，皆是供養莊嚴之具。花、香、燈、塗、鼓樂，為五供養，此中皆已具足。五色綵緞，作囊盛經，以表敬重；掃灑清淨，莊嚴處所，如是奉揚此法，即能感得四大天王等來護持道場，供養尊重。四大天王，亦曰護世四王，以四天王天處三界諸天之下，距離人間最近，與人間有密切關係，故能護人護世也。及餘無量百千天眾，即指四天王天以上忉利天等諸天。以佛法流通之處，即天人福德得以增長之處，故踴躍歡喜而來護法也。此經寶流行之處，即有人依十法行受持之處。但信受奉持，必能解其義，若不了解，即難正信；而信如手，人若無手，雖有人授與珍財而不能接受，無信、則雖有功德寶亦不能受取。故能真實信受奉持及聞名號，皆得離諸橫死。橫死者，種種不一：或不衛生而死，或病不醫治而死，或肆無忌憚遭刑網而死，或遇人禍天災不測而死等，皆為橫死之原因。又有世人所不常見之橫死，即如前魘魅諸惡鬼劫奪精氣等而死也。
戊三 釋尊重詳軌益
己一 開示儀軌
佛告曼殊室利：『如是！如是！如汝所說。曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，欲供養彼世尊藥師琉璃光如來者，應先造立彼佛形像，敷清淨座而安處之。散種種花，燒種種香，以種種幢幡莊嚴其處。七日七夜，受八分齋戒，食清淨食，澡浴香潔，著清淨衣，應生無垢濁心，無怒害心，於一切有情起利益安樂──慈、悲、喜、捨平等之心，鼓樂歌讚，右遶佛像。復應念彼如來本願功德，讀誦此經，思惟其義，演說開示』。
此因曼殊誓願奉揚，故世尊重為詳示儀軌，即將應如何去修習奉揚之方法，廣為開示。曼殊之言，上契佛理，下適眾機，故佛印可之以如是、如是。此言修持方法，須先造藥師佛形像，然後以華香莊嚴道場而供養之。但應如何建立形像耶？此須依據前第一第二願中，明佛身光，相好莊嚴而建立之。七日七夜受八分齋戒等，此專指在家信眾而言。即修建藥師法會，七日七夜，齋戒受持，香花供養，與今之寺院中修建彌陀佛七等相似。食清淨食，不但素食，尤重過午不食之禁；若過午食，即為不淨之食；五葷及腥血肉之食，更無論矣。澡浴香潔等，即三業清淨，一心恭敬，七日七夜，受八齋戒，如法修持。
無垢濁心者，法不孤起，仗境方生，壇既清淨，心須無垢濁，若心不離垢濁．壇淨亦復奚益？穢污堆積曰垢，泥水混沌曰濁，設以心如淨鏡，因貪等煩惱之穢積，則如鏡著塵垢矣。設以心如清水，因食等煩惱之污滓，則如清水混泥濁矣。故今應生無垢濁心，即將一切煩惱伏息，起清淨心。既無垢濁，應無怒害。然怒害心，為煩惱中最利之煩惱──怒心為小隨煩惱中之忿，害心即小隨煩惱中之害──，此怒害心形之於外，無非損人的行為。本來、佛心眾生心，一心一切心，交互相遍。由此怒害心起，即與諸佛慈悲之心隔絕，而障蔽與一切眾生相通之本能也。『一念瞋心起，百萬障門開』，即此之謂矣。由無垢濁心，起清淨心；由無怒害心，起慈悲心；對一切有情識有思想的同類有情，起利益安樂慈悲喜捨平等之心。又、無垢濁心，無怒害心，猶為佛教消極方面破除者。而一般不明佛理之人，即以此目佛教為悲觀的或消極的，不知佛教於破壞垢濁、怒害之心後，即隨而建設慈、悲、喜、捨平等心所表現的積極的行為，不智孰甚！
慈、悲、喜、捨，亦曰四無量心，以此四心普遍平等，量同法界，無界限故。慈心，使諸眾生同得利益安樂，如母憶子，時時念子安樂，而菩薩則遍諸有情。悲心，拔除眾苦，由慈為本，見眾生苦而悲痛，欲救濟其苦，盡力設法，將苦連根拔除，杜塞苦源。故諸佛菩薩，皆以慈悲為心，由慈悲故，見眾生得樂離苦，起普遍的喜心；喜心、正與嫉妒心相反，以懷嫉妒心，見他好事，即不歡喜。須有上慈、悲、喜三心，等觀若自若他、若男若女，眾緣所生，其性本空，無可取著，自他苦樂平等無別，即起捨平等心。由捨平等故，若慈、若悲、若喜各各平等，即成四無量心矣。故若慈悲等心，從自他觀念而出發，執為實有能拔苦者，能與樂者，及所離苦者，所受樂者，則有限量，非平等心；而菩薩從二空無分別智而起與樂拔苦，雖終日與樂拔苦而不見與樂拔苦，故能成其平等普遍之無量心也。
總之、塑畫形像，供養經典，受持讀誦，思解其義，開示演說，互相修習，即組成建立藥師法會之儀軌也。
己二 指陳效益
庚一 獲福益
『隨所樂求，一切皆遂：求長壽，得長壽，求富饒，得富饒，求官位得官位，求男女得男女』。
此獲福文略，下免難文稍廣。由前建立藥師七佛道場，七日七夜，齋戒沐浴，如法修行，即將此功德回向，昔得隨願所求。但發願須在功行未修之前，而回向則在功行修成之後。將此功德，或回向個人消災獲福，或回向法界眾生；此發願與回向之區別也。但世俗一般人所欲求者，不外福祿壽喜等，故此中即隨俗而說。壽、乃人生得以維持生命的最重視者，壽若無，則雖有整千盈萬之產業，不能享受，故曰：『五福壽為先』。佛法謂人身難得，若既得人身，如嫩木初長，天真時期若遭夭折，即不壽矣。又至壯年時期，血氣方盛，正是青雲直上、奮發有為之日，忽遭不測，百業不成，志願未伸，尤為可愍！至於老年欲壽不能，亦極痛苦。故求長壽，實為人生最大之要求，而尤為富貴者所需要，亦為中國人特別需要。因中國人素重視現生富貴，不若西洋人斤斤乎求生天國，故須先求長壽來保障富貴。尤其中國之道教，求長生久住之道，與萬物並茂，與天地同春，皆求長壽之表徵。然真長壽，非人所能，即道教長生久住，亦非究竟；蓋究竟長壽，無始無終，不知本末；若落本末，即有始終，故雖壽長至非非想處，亦有盡時，何況道教？即如道教壽與天地同春，而天地亦有成住壞空之變，故其壽是相待的非絕待的，是有盡的非究竟的。道教尚且如是，又何論人壽耶？人之壽命，由阿賴耶識中引、滿二業種子之原動力，引生一期異熟果報之命根，有形段，有限量，呼吸不來，命根即斷，故亦是相待的非究竟的；若究竟無限，須空異熟業報，則業命斷而任運相續之無分別智的慧命長存。菩薩根本智證真如法身，慧命相續，無漏功德輾轉增上，即不為異熟業命有形段之限量。然地地新陳代謝的微細變易未窮，故有變易壽限。唯至佛果大圓鏡智相應，轉成庵摩羅識，相續湛然，無有窮盡，方為究竟無量壽也。但此為佛之報身壽，佛有三身：自其法性身言之，從本以來，不生不滅，無始無終，眾生與佛平等平等；但眾生未證，只可名法性，不得名身；菩薩少分證得，佛果究竟滿證。此法性身與報身之自受用身，一味普遍。至他受用身與變化身，則機緣無盡，佛身無盡。故總言之，法身自性長壽，報身相續長壽，應身無盡長壽；三身壽命，永久無盡。此云求長壽得長壽，或得天上人間較長壽命，或得究竟佛壽，佛以願力，皆令隨願以償。
求富饒得富饒者，富饒、即財物珍寶，倉庫盈溢，資生之具無所乏少。常言福報，廣義通長壽等，狹義唯局富饒；富饒故有福。中國人最喜求富饒，如一般燒香禮佛者，求發財居多，此亦為人情之常，故佛能令遂其願。約深義言，佛法明布施，有財施、法施、無畏施，因布施故，果得七聖財，及一切功德法財，故佛為世出世間之大富長者。
求官位得官位者，官之本義為公，居官位掌職權，原為國家人民社會群眾服務；故狹義言官位，則局政治文武官僚。廣義言之，凡為公眾服務，皆可名官。所以懷抱絕大之士，立志治國安民，而欲以貫澈其主張，達其目的，方有居官掌權必要，以實行其治國安民之素志。如此求官位，方不失其求官位之意義。世俗流弊，唯假官位以張威勢而謀俸祿，滿足私人家族生活，則非設官之本意也。但無論其為公為私，皆亦人情常有，令之隨願得遂。又、以佛法言之，菩薩自利利他，為人類謀幸福，為世界謀安和，方為真正大官。而官位之究竟，莫逾於無上丈夫調御士之天人師之世尊也。
求男女得男女者，既得富饒家業，必仗子孫嗣續。尤其中國人富於種族思想，自高祖至玄孫，數代相聚，引為樂事；而世界人類，亦皆有其願。然綜其求子女原因，不外兩種：或因家產充足以待轉持；或因有志未遂以待繼續；故無子女，實為人生最大憾事！即如吾國出家人之寺院產業，亦待徒子徒孫法子法孫之繼續，何況世俗？故佛隨人願，且求子女，皆令滿足。但此子女，佛法亦有深義；維摩經云：『慈悲心為女，智慧誠實男』。法華化城喻品云：『男女皆充滿』，即定慧皆充滿義。
故佛果之大悲、大智、大定，皆為勝義男女。人生之欲求雖多，舉其犖犖大者，不外以上四種；即此四種擴充其義，俱通達佛法深義焉。
庚二 免難益
辛一 百怪出現難
『若復有人，忽得惡夢，見諸惡相；或怪鳥來集；或於住處百怪出現。此人若以眾妙資具，恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來者，惡夢、惡相諸不吉祥，皆悉隱沒，不能為患』。
忽得惡夢，百怪出現，皆為不祥之兆。其致詭怪原因，或宿業，或四大不調，或鬼神作祟。佛經中言但難得惡夢，及佛母摩耶夫人佛涅槃時，在忉利天宮得惡夢等，此等皆為預兆。但萬法唯心所現，若遇惡夢怪異不覺其惡，視若無事，亦即無事；若既驚恐不安，心有掛礙，則將不免為患。今以已建立藥師道場，恭敬供養，由佛力故，不吉祥事皆自隱沒，不能為患。
辛二 一切佈畏難
『或有水、火、刀、毒、懸險、惡象、師子、虎、狼、熊、羆、毒蛇、惡蠍、蜈蚣、蚰蜒、蚊、虻等佈；若能至心憶念彼佛，恭敬供養，一切怖畏皆得解脫』。
若水、火，若刀、毒，若惡師子，若虎、狼、熊、羆，若毒蛇、惡蠍，若蜈蚣、蚰蜒，若蚊虻等諸難，皆能傷生害命，致人於死地。又此諸毒難，表貪、瞋、癡諸毒煩惱，能傷害法身慧命。又由內毒故，外毒能害；若至心憶念佛名號，息諸內毒，則外毒亦不能傷，而得解脫。
辛三 他國侵擾難
『若他國侵擾，盜賊反亂，憶念恭敬彼如來者，亦皆解脫』。
此為國難。故今講經《鐘聲偈》云：『功勳酬民國深恩』，即含祈禱國家平安之意。此文雖略，內憂外患靡不收攝。侵、即侵犯略奪，破他國之領土完整，先於文化，政治，經濟種種侵略，使之民不聊生，騷擾不寧，內訌紛起，鷸蚌相爭，遂令漁人得利。今自中國觀之，數十年來，皆是處在內憂外患重重困頓之中，文化受侵略故，人民思想紊亂；政治受侵略故，關稅、法權失主；經濟受侵略故，人民生活枯竭。因之匪竊蜂起，盜賊猖狂，加以軍閥割據，公然反亂。原國家之建立，本為保障人民權利，今則國患如此，民何以堪？而此職責，各有攸歸：在昔以帝立國，帝負其責；今者以民立國，宜由國民共負其責。然救國之法雖不一，若能至心憶念彼佛，國民信仰心得安定，亦解脫國難一法也。
辛四 犯戒墮落難
『復次、曼殊室利！若有淨信善男子、善女人等，乃至盡形不事餘天，唯當一心，歸佛法僧，受持禁戒：若五戒、十戒，菩薩四百戒、苾芻二百五十戒，比丘尼五百戒。於所受中或有毀犯，怖墮惡趣，若能專念彼佛名號，恭敬供養者，必定不受三惡趣生』。
前三難，通於一切人類，此則指已皈佛法修學者之難。戒律既受，毀之則墮！未受戒而不守戒律，不道德而已；若受戒破戒，則加破壞佛制之罪，罪過極重，甚於洪水猛火之難！此淨信善男女之皈依三寶者：皈依佛故，誓不依天魔外道為師；皈依法故，誓不讀邪外典籍；皈依僧故，誓不與外道惡人為伍。故受三皈者，即盡形不事餘天，堅固信心，進而以佛所說法門，規正個人行為，故須受戒。戒分止作，止者應止，作者應作。今禁戒者，專指止而不作之戒。如五戒、十戒，為戒之基礎，修戒之初步；所有餘戒，靡不基此輾轉增上而成立。五戒：即不殺、不盜、不邪淫、不妄語、不飲酒。十戒者：戒除身三、口四、意三之十惡，為在家二眾修戒之法。又有沙彌十戒，為出家修持之初步。菩薩四百戒，應別有其本。略而言之，如瑜伽菩薩戒本之四十三戒；梵網經之十重，四十八戒。比丘二百五十戒，指大數而言，如四分律、僧祇律等皆不足此數，此因戒之開合有異，義無何別。比丘尼五百戒，亦指大數而言，現行戒本亦祇三百餘戒。如是七眾弟子，其於戒法，或因毀犯而起恐怖，若能專念彼佛，恭敬供養，三惡之苦皆不能受。
辛五 婦女生產難
『或有女人，臨當產時，受於極苦；若能志心稱名禮讚，恭敬供養彼如來者，眾苦皆除。所生之子，身分具足，形色端正，見者歡喜，利根聰明，安隱少病，無有非人，奪其精氣』。
前既求男女者得男女，既有男女，必有生產；生產之難，極其痛苦，而為婦人所不免。若子母俱福，安全無事；若子母俱無福，或冤家投胎，則苦矣！故佛教稱人之生日為母雞日，故於母親，宜加孝敬以酬深恩。但臨產難極苦之時，自能至心稱念佛號；或親戚家眷代為修建藥師法會，塑畫形像，請誦經典等，由佛願力即可免此苦難，安全而生。或所生子，醜陋殘病，甚至夭折，因此亦能轉使諸根完具，相貌端正，聰明利根，人見欽敬，無有非人奪其精氣。蓋非人之鬼魅，常感飢渴之苦，往往奪取嬰孩精氣以活其命。故能建立藥師法會，一切災難皆可息滅，隨願所求，皆得滿足。今日若能將此法門流行於世，則世界眾生皆得普遍消災利益，而使人生與佛法發生普遍的親密的關係，更足奠定人間佛教的基礎也。
戊四 阿難問增益
己一 佛問信不
爾時、世尊告阿難言：『如我稱揚彼世尊藥師琉璃光如來所有功德，此是諸佛甚深行處，難可解了，汝為信不？』
此為消災周中第四，世尊與阿難互相問答以增信心。此中分三，今第一佛問阿難信此法不。此中世尊告阿難者，阿難多聞第一，聞持不忘，結集流通，後世堪傳。阿難、梵語具云阿難陀此云慶喜。以阿難出家在佛成道後二十年，故其生時，值佛成道，龍天慶喜，因以為號。阿難出家，常隨於佛。其於佛經，有自佛親聞，有自同學長老輾轉而聞；今此經為其親聞者。佛告阿難，此明彼佛所有功德，皆是諸佛甚深行處，不但所證之法體甚深難了，即所起之方便妙用亦甚深極甚深，難通達極難通達，不易信受。蓋阿難信心最足，故問信不，使發揮佛言必可信之義以增信益。此甚深行處，即前明體相中所有依正莊嚴之體，行果功德之相，佛佛道同，故言此是諸佛甚深行處，難可解了。亦同法華極力稱歎『諸佛隨宜所說，意趣難解』。
處有二解：一、諸佛甚深所行之處，依主釋；如是言處，即佛智所行境界。佛智、即一切種智正遍知所行境界，若法界性相，其俗事理，自他因果等，於一剎那，遍照無遺，微妙甚深，難可解了；法華所謂『諸法實相，唯佛與佛乃能究盡』。即等覺大士，亦如隔雲望月，依稀不真，則地前三賢以至具縛凡夫更無論矣！地前聖凡既不能以智測佛，唯有以信接受，法華謂：『唯除諸菩薩，信力堅固者』。瑜珈戒本云：『若諸菩薩安住菩薩淨戒律儀，若聞甚深最甚深處，心不信解；菩薩爾時應強信受，應無諂曲，應如是學：我為非善，盲無慧目，於如來眼隨所宣說，於諸如來密意語言而生誹謗。菩薩如是自處無知，仰推如來，於諸佛法無不現知』。此言不因自己智慧狹小不了，即不信仰甚深行處，應觀佛之人格德行而強信受，方能漸漸解了。故今佛問阿難信不，亦含有強信性；即在阿難答中，亦具此理。二、諸佛甚深所行即處，持業釋；此明諸佛因果功德及其所起利生方便等行，即甚深處；則此經所明之藥師因果功德，即是諸佛甚深之所行處。
故此處字，即指藥師甚深德行；其根本智證真固難解了，即後得智所起方便亦難解了。從比量比知其義曰解，今諸佛自證甚深，非比量能到，故難解；由現量明察其境曰了，今諸佛自證甚深，非現量能到，故難了。但雖有二解，後解為正。前明體相中，不以真如、實相、中道、第一義等為體相，而以依正莊嚴行果功德為體相者，即諸佛甚深行處也。諸法法性本無深淺，金剛經所謂：『是法平等，無有高下』。法住法位，法爾常然，不增不減，不生不滅；而所以有深淺者，六凡、二乘為無明煩惱覆障，與諸佛平等法界隔絕，各各不知；利根菩薩，從比量知；現量不知；地上菩薩以至等覺，少分證知；是則諸佛行處之甚深可知矣。故問阿難信不，以增強像法有情之信心。
己二 阿難正答
庚一 答應信佛言
阿難白言：『大德世尊！我於如來所說契經不生疑惑，所以者何？一切如來身語意業無不清淨。世尊！此日月輪可令墮落，妙高山王可使傾動，諸佛所言無有異也』。
此阿難答言，於諸佛甚深行處雖不解了，而決定信受。大德、佛之尊稱，福智圓滿，故稱大德。契經者，佛所說法，皆契理機；不契理則失法之體，不契機則失法之用。然阿難為何於佛所說即不生疑惑而信受耶？以世尊與十方一切如來無異，而十方如來三業清淨，說真實語，不誑語者，故世尊語深可信受。三業之業，動作之義，凡諸動作皆名為業。出家人開口即說業障深重，則將業專指惡業；其實、業通善、惡、無記、三性，善又通漏、無漏；佛果亦有清淨三業；華嚴普賢行願品云：『身語意業無有疲厭』，亦屬清淨三業。然業以思心所之動作為自體，由此生餘心心所為相應。又、意業為意識及思等心所相應而起之動作；身語二業為前六識相應心所所起之動作；故三業動作，全由心識，若無心識，則如風吹水動，火能燒薪等，雖有業用而非是業。今言身語意業無不清淨，顯佛果煩惱等已窮，離諸過失。故佛果三業，亦稱三不護，以無過失覆蔽隱藏，真所謂本無不可告人之事，信無疑議者也。
又恐語不真切，復以喻明：日月可令墮落，妙高山王可使傾動，而於諸佛所說信無有異。日月輪經行天空，本不可墮，妙高山即須彌盧，為山中之王，上至忉利，下至地獄，其居中心，安然不動；今縱使日月輪可墮落，須彌盧可傾動，而於佛語信無有異，正表其信之真切。此經所明法門，純為果上不思議境界，唯可以信受，不可以智測。須先信佛，方有法僧，否則、三寶難以建立。此菩薩戒本、彌陀經等，所以明『一切難信之法』，皆以信去接受也。
庚二 明不信獲罪
『世尊！有諸眾生，信根不具，聞說諸佛甚深行處，作是思惟：云何但念藥師琉璃光如來一佛名號，便獲爾所功德勝利？由此不信，返生誹謗。彼於長夜失大利樂，墮諸惡趣，流轉無窮！』
此明信根不具之有情，於佛所說諸佛甚深行處，不以信受，但以智測，則如解深密經所謂：『諸佛智慧如大海水，我等智慧如牛跡水』。以牛跡水智測無邊佛海，此所以疑網重重，猶豫不信！由不信故，誹法不合理，謗佛欺騙人，因此墮於長夜黑暗，何時達旦！蓋漫漫生死長夜，佛為明燈；今既不信佛燈，是即失大利樂，如『盲人騎瞎馬，半夜臨深流』；墮三途險坑，流轉無窮極！
己三 重詳信益
庚一 示不疑利益
佛告阿難：『是諸有情若聞世尊藥師琉璃光如來名號，至心受持，不生疑惑，墮惡趣者無有是處』。
因有有情不信墮苦，若佛苦口婆心，重詳信之利益。是諸有情，泛指人間一切有情。若聞藥師如來名號，至心受持，不生疑惑，必不墮落，若墮惡趣，必無是理也。
庚二 明希有難信
『阿難！此是諸佛甚深所行，難可信解；汝今能受，當知皆是如來威力。阿難！一切聲聞、獨覺，及未登地諸菩薩等，皆悉不能如實信解，唯除一生所繫菩薩。阿難！人身難得；於三寶中，信敬尊重，亦難可得；聞世尊藥師琉璃光如來名號，復難於是』。
此是諸佛甚深所行，與前第二解義相同。諸佛甚深所行即處，故不另言處。甚深之行，不易信受，而阿難堅決信受，皆由如來威神之力使之而然；否則、妄想思量，必難置信。聲、緣二乘，皆通有學無學。未登地諸菩薩者，自十信初發心位，入初阿僧祇成三賢位菩薩，由此入加行位菩薩。十信為外凡位，三賢為內凡位，是皆未經二阿憎祇入初地位，故於諸佛甚深行處，不能如實信解。蓋未登地者，無明未破，法性未顯，未得諸佛智慧。須登初地，方能根本證真，後得觀相；然亦不能於一念中二智圓具，須前念根本證真，後念後得觀相，隔離不融；故須依據佛說，起比量智慧，比知其理而起信解。是故地前菩薩，祇可名為隨教義而信解，非自能證理而起信解。故告阿難，汝非自力能信解。
一生所繫菩薩，可有二義：一、約報身說，自初地至等覺，皆可名為一生所繫，以初地破無明，顯法身，入如來家，慧命相續，雖報身在淨妙土中有輾轉變易，而不再受分段生死，故入初地亦可名一生所繫。二、約應身說，唯以等覺為一生所繫菩薩，位居補處，如釋迦佛未降生成佛前之一世，為一生所繫，如今兜率彌勒大士即一生所繫菩薩。如是二種菩薩，於諸佛甚深行處，方能少分證信。然以後說為正。欲界眾生，五趣雜居，人身難得；既得人身，若無善根，敬信三寶亦難；如今世界，幾許眾生不信三寶！然聞藥師如來尤難，此所以明希有難信也。
庚三 結略說指廣
『阿難！彼藥師琉璃光如來，無量菩薩行，無量善巧方便，無量廣大願；我若一劫，若一劫餘而廣說者，劫可速盡，彼佛行願，善巧方便無有盡也！』
此明藥師如來之菩薩行、善巧方便、大願皆無量無邊。善巧方便一義，亦可分解：善巧、對種種學問、工藝、技術、事業，所謂『法門無量誓願學』；對於無量法門，皆能練得精緻純熟，故有善巧；即『熟能生巧』也。方便、即在施行的方法上，種種方式，隨宜而設，為方便權宜之妙用。但方便通於因果前後，利他設化，固屬方便；因中做種種前方便工夫，達到究竟目的，亦是方便。無量菩薩行，唯是因行；無量廣大願，則貫徹無量菩薩行與善巧方便，總攝因果。此皆略明藥師佛德。若廣言之，則千萬劫可速使其盡，而佛功德說莫能窮。此亦正顯諸佛甚深行處難可解了，不易信受，所以佛與阿難設此問答，極力辨明以增信也。
丁二 救脫延壽周
己一 救脫示延壽法
爾時、眾中，有一菩薩摩訶薩，名曰救脫，即從座起，偏袒一肩，右膝著地，曲躬合掌而白佛言：『大德世尊！像法轉時，有諸眾生為種種患之所困厄，長病贏瘦，不能飲食，喉脣乾燥，見諸方暗，死相現則，父母、親屬、朋友、知識啼泣圍繞；然彼自身臥在本處，見琰魔使，引其神識至於琰魔法王之前。然諸有情，有俱生神，隨其所作若罪若福，皆具書之，盡持授與琰魔法王。爾時、彼王推問其人，計算所作，隨其罪福而處斷之。時彼病人，親屬、知識，若能為彼歸依世尊藥師琉璃光如來，請諸眾僧，轉讀此經，然七層之燈，懸五色續命神旛，或有是處彼識得還，如在夢中明了自見。或經七日，或二十一日，或三十五日，或四十九日，彼識還時，如從夢覺，皆自憶知善不善業所得果報；由自證見業果報故，乃至命難，亦不造作諸惡之業。是故淨信善男子善女人等，皆應受持藥師琉璃光如來名號，隨力所能，恭敬供養』。
有情持奉益文中有三周，今第二救脫延壽周。前消災周主重消災，亦明延壽；今延壽周主重延壽，亦明消災。爾時眾中，即佛在樂音樹下，與法會大眾說消災周竟，會中有救脫菩薩摩訶薩從座而起。摩訶薩、即大菩薩，初阿僧祇十住位，對前十信言，亦稱大菩薩；次阿僧祇對初阿僧祇亦稱大菩薩；今指三阿僧祇一生所繫菩薩，方能信解此法，助佛宣弘。救脫者，顯其能救渡眾生，脫難苦厄，因以立名。菩薩有從智慧、苦行、誓願、大悲、救苦等功德立名，今取大悲救苦。從座而起，至曲躬合掌，皆表特別致敬。以救脫所示之法，非泛泛之論，乃廣利眾生，為藥師法中之特殊勝用。諸眾生，指人類而言。眾生、與有情同，有情為數取趣，眾生乃五蘊眾緣假合而成，然眾生通于情與無情動植之物，而植物則不能稱為有情，此其範圍寬狹稍異。像法轉時，魔強法弱，種種苦厄，不可言喻！長病贏瘦等，言病時之狀態。見諸方暗死相現前；言藥石無效，將死不久。父母親屬等，言看病者之苦境。當爾之時，病者自身臥其病處，死相現前，前一剎那昏迷不覺，後一剎那即見琰魔使者，引其神識至琰魔前，執法受刑。蓋琰魔為地獄執法之王，今諸眾生，死前見諸方黑暗，皆墮落之象徵，故其神識，為琰魔使引入獄中。神識者，經中明有四有：吾人住世之果報色身為本有；此身壞滅時為死有；死已未生，其中間為中有；中有壽盡轉世。則為生有。由生有故，後復本有，如是四有，循環無已。但生死二有，時間極短；本有則隨生類壽命，各自長短；中有壽命，少而七日，多至四十九日，亦有處說不定。今之神識，即指中有，古譯神魂，似與今日所謂之靈魂相近。
然佛教破除精神主宰之實我，何今言有神識相續之我體耶？此有四義：一、為對治凡夫斷見，說有有情神識相續。以斷見有情執此色身壞時，即歸滅無，所謂『肉化清風骨化泥』，因此撥無因果造諸惡業，當墮大坑。佛憐此故，說有四有相續，於中有微細五蘊之中有，相續不斷，凡夫難知，說為神識，建立因果之相，以破斷見。二、因常見有情，於此五蘊中有之連續中起常見想，執為實有主體不變常住之我存在，故進一步說我由五蘊、十二處、十八界等法所成，眾緣所生，原無實體。則此神識，乃屬五蘊中之識蘊，十二處之意根，十八界中之意根與意識，根、塵、識三和合而成，原無實我主體。故此言神識，迥異普通靈魂之說。三、二乘聲聞等聞說無我，斷煩惱因，證我空果，而於蘊等法上起實有執，故再進一步，明諸法緣生無性，畢竟空寂，被其法執。四、有人不如實知畢竟空義，於畢竟空中起虛無見，而與斷見有情撥無因果相似，故更進說三界唯心，萬法唯識之理，明諸法皆由心識變現，如水露、陽燄，夢、幻、泡、影。今即於夢、幻、泡、影中說有神識，隨五蘊現，其性本空，而與靈魂之說，不可日年而語。然此雖有四說，立神識名，專對斷見。
俱生神者，亦作淺深二說：淺說者，如人生各有年月日時不同，而有情隨之俱生，此專對凡夫外道斷見有情而說。深說者。無此俱生之神，以前說神由蘊等法成，而蘊等法空，乃至進說唯識。則此俱生神即阿賴耶識，此識為異熟業報之總體，名俱生神，所造善惡由其儲積。然其受熏持種，行相微細，不得而知；及其果報現前，方能明曉。如黑暗中寫字，不見形色，乃至光來，宛然入目，如其為白為黑。而其為罪為福，皆由琰魔羅王執法審判，賞善罰惡，無私不阿。
但琰魔之為執法王，雖屬自業之報，亦由諸惡有情之共業增上而成。如今之總統為一國之主，亦由全國人民共業助成。故其為王也，說之有福，則一日三時，烊銅灌口，自然現前，不免業苦；說之無福，則由共業增上，為執法王，管理地獄有情。故今死者即至其前，善惡苦樂由其審配。然此與佛之法義，亦不相違；以琰羅亦由蘊等諸法假和合成，有情業力增上，亦與唯識所現相應而不違異。
時彼病人等文，意言病人死已諸根未壞，又未轉世受生，此時若有親屬知識，為彼皈依藥師如來，請僧讀誦此經，燃七層燈，懸五色旛，由功德力神識復還，如夢醒來。且如地獄受刑之刑罰及家眷修法之情境，亦自了了。懸七層之燈者，即如塔之七層，每層懸七燈，及設供七尊藥師佛，或依七佛本，設供七佛，并懸五色綵旛。由斯功德，被神識或於一七日還，或三七日還，或五七日還，或七七日還，此顯時間久暫不定。故人初死。必待數日方葬，以尚有返生之可能。但此皆由阿賴耶識相續執持之潛勢力，然阿賴耶識遍一切處，本無所謂還與不邊，其所以有還與不還，中有意識起分別耳。意識一剎那不覺，即昏迷死去；一剎那起分別，即成中有；再一剎那如夢覺而生，乃能憶知地獄善惡業報之賞罰。
由此作人，即遇自身失命之難，寧捨不惜，而不敢再造惡業墮苦也！常人未知此境，往往不信因果輪迴之說，今此人由自心證見，親歷其境，故能如此堅決。即如因飢餓命危，甯使其死，必不非理奪食，苟延殘喘而造惡業也！此顯由藥師之力，不但復命，亦能使之洗心革面，走上自新之路也。此類因緣，在中國古書堆裏及佛典中，不勝枚舉。如今本寺舍利殿之利賓菩薩，昔為獵人，死墮地獄，由佛力指引。還生出家，拜出舍利，成為慧達大師，自利利人，百代流芳；相傳是利賓菩薩應世，亦與此相類耳。是故淨信善男子下，普勸隨力所能，供養恭敬藥師如來，福不唐捐！
戊二 阿難問儀軌
己一 救身病以延身命
爾時、阿難問救脫菩薩曰：『善男子！應云何恭敬供養彼世尊藥師琉璃光如來？續命旛燈復云何造』？救脫菩薩言：『大德！若有病人，欲脫病苦，當為其人，七日七夜受持八分齋戒。應以飲食及餘資具，隨力所辦，供養苾芻僧。晝夜六時，禮拜行道，供養彼世尊藥師琉璃光如來。讀誦此經四十九遍，然四十九燈；造彼如來形像七軀，一一像前各置七燈，一一燈量大如車輪，乃至四十九日光明不絕。造五色綵旛，長四十九傑手，應放雜類眾生至四十九，可得過度危厄之難，不為諸橫惡鬼所持』。
阿難既聞救脫延壽之法如是勝妙，故問修法之儀軌以資實行。其問題有二：一、應云何恭敬藥師如來？二、續命旛燈應云何造？
救脫答中，意顯病者欲脫病苦，自以能隨力作諸功德為最好。若自病重，力難勝任，可由家眷代作功德，供養藥師如來，讀經、燃燈，造像等，皆示修法儀軌。晝夜六時者，古印度晝三時，夜三時，合為六時，即所謂初夜分，中夜分，後夜分。如中國古時晝夜十二時，今用鐘錶，則晝夜二十四小時。燈量大如車輪，亦猶今日西藏佛前之大油燈。造五色綵旛長四十九傑手，此正答續命燈旛應云何造之問題。傑手，即以手度物也；言續命旛之長，須由手指量以四十九傑手。應放雜類眾生至四十九者，四十九為數目，或放四十九類生命；或四十九日，每日放生一次。如是功德，即可免除一切危險與橫難，此所以救他身生命即延自生命也。
己二 救國難以延身命
『復次、阿難！若剎帝利、灌頂王等，災難起時，所謂：人眾疾疫難，他國侵逼難，自界叛逆難，星宿變怪難，日月薄蝕難，非時風雨難，過時不雨難。彼剎帝利灌頂王等，爾時應於一切有情起慈悲心，赦諸繫閉。依前所說供養之法，供養彼世尊藥師琉璃光如來。由此善根及彼如來本願力故，令其國界即得安隱，風雨順時，穀稼成熟，一切有情無病歡樂。於其國中，無有暴惡藥叉等神惱有情者，一切惡相皆即隱沒；而剎帝利灌頂王等壽命色力，無病自在，皆得增益』。
此救國難。獨舉剎帝利灌頂王等者，上古以帝立國，帝王為全國人民之主腦，故救國難，獨舉剎帝利作代表。剎帝利居印度四姓階級之第二，為帝王貴族，專掌軍政，如釋迦佛為釋迦族種，乃剎帝利族中之一族。灌頂王者，太子受位，以四大海水灌頂，表其將來能統一四海之眾──轉輪王登位統領四洲──亦猶今日帝國元首之加冕典禮。
國難發生，國家命危，故救國難即救國命。古來一國生興，一國滅亡，其滅亡之日，則一切文化、種族等皆與之俱亡；故國難當前，必極力設法救濟，否則國命絕矣。人眾疾疫難，即瘟疫流行，傳染所至，人死野荒；如古西洋有『黑死症』，死者無數，種族幾滅。佛教說刀兵、飢饉、瘟疫、小三災，此為其一。他國侵逼難，即外禍侵略，政權被奪。自界叛逆難，謂以國疆為界，城中叛亂，此為內憂。上三難皆是人與人間造成之國難。星宿變怪難等，全由天災造成之國難。星宿經行天空，皆有一定數度，遇變怪時，即失其常態。日月薄蝕難，薄、指尚存微光，蝕、則完全無光。今天文學家，亦常發見平常所無的怪異的星宿，起地球被毀傳說。又在日中發見黑子，可予人類不良影響。故雖能推定日月薄蝕之日時，然其對日中之黑子為何物，尚無法研究。非時風雨難，即狂風暴雨為難。過時不雨難，即旱災，如今中國北五省陝西等處，連年穀物無收；中國古書上亦有三年不雨，五年不雨等災難。
此中數難，皆舉其大者而言。遇有此等國難發生，剎帝利等應一面於同類之人起拔苦與樂之心，大赦囚犯；一面依前所說修法儀軌，如法供養如來。由自善根力，由佛功德力，感應道交，一切惡事可化烏有，依然國泰民安；而剎帝利等自身，亦能增福延壽。此中善根，即由慈悲心所成三善根中無瞋所攝。暴惡藥叉等神，本由有情共業增上力所引致，今修善滅惡，善根增長，則暴惡亂惱之惡神，亦自斂跡。如溝水中蟲生，因污所積，若水清淨，則蚊子、蒼蠅等侵害有情之物皆不得生矣。
己三 救諸難以延諸命
『阿難！若帝后、妃主，儲君、王子，大臣、輔相，中宮、綵女，百官、黎庶，為病所苦，及餘厄難；亦應造立五色神旛，然燈續明，放諸生命，散雜色花，燒眾名香；病得除愈，眾難解脫』。
前救國難以延國命，則以剎帝利灌頂王等領導人民而救之。此救諸難以延諸命，則上自帝后妃主，下至百官庶黎，各人有難，各人自救。儲君、即王太子，儲者，藏義，儲藏以候補王位故。輔相、包左輔右弼，臣中上首。庶黎、即眾庶黎民。或為病所苦，或遭餘難，如家族有家族難，團體有團體難，若能修習藥師佛法，皆得解除眾難。此放諸生命，亦正指各人隨力所能之事也。
戊三 答阿難問延壽
爾時，阿難問救脫菩薩言：『善男子！云何已盡之命而可增益』？救脫菩薩言：『大德！汝豈不聞如來說有九橫死耶？是故勸造續命旛燈，修諸福德，以修福故，盡其壽命不經苦患』。阿難問言：『九橫云何』？救脫菩薩言：『若諸有情，得病雖輕，然無醫藥及看病者，設復遇醫，授以非藥，實不應死而便橫死。又信世間邪魔、外道妖孽之師妄說禍福，便生恐動，心不自正，卜問覓禍，殺種種眾生，解奏神明，呼諸魍魎，請乞福祐，欲冀延年，終不能得。愚癡迷惑，信邪倒見，遂令橫死入於地獄，無有出期，是名初橫。二者、橫被王法之所誅戮。三者、畋獵嬉戲，耽淫嗜酒，放逸無度，橫為非人奪其精氣。四者、橫為火焚。五者、橫為水溺。六者、橫為種種惡獸所噉。七者、橫墮山崖。八者、橫為毒藥、厭禱、咒詛、起屍鬼等之所中害。九者、饑渴所困，不得飲食而便橫死。是為如來略說橫死，有此九種，其餘復有無量諸橫，難可具說！
人命生死，業數有定。前言人死復生，豈不違業命之說乎？故阿難問云何已盡之命而可增益？救脫答中，明九橫死。橫死者，未善終其天年，冤枉而死；其壽原未享盡，故若設法救濟，即可復活。如一盞燈油，本可燃燒一夜，而因漏扈或傾覆，半夜而盡；若再添油，即可復燃而達旦。實則人生在世，善終者少，橫死者多，故勸造續命旛燈，修諸福德，即可續其壽命。但就佛法言，不但未盡之壽可續，即已盡之壽亦可復續。如修禪定者，得五神通，能將已盡之壽，延至一劫至數劫之久。但今唯就常人橫死而言。
初橫死中，總有二種：一、得病本輕，藥之即愈，而無藥、無醫、無看護者；又雖遇醫，授以非藥，庸醫殺人，實不應死而橫死。二、雖得輕病，而誤信世間邪魔、外道、妖孽之怪誕，迷惑恐怖，心旌搖搖，欲冀延年，殺諸生命，祭祀神明，乞憐魍魎：殊不知殺他生命，即害自生命，實不應死而橫死。此皆因愚癡無智不以藥治，妄信邪說，自戕生命；且還因此造業，永墮地獄無有出期！
第二橫死，侵害他人權利，墮落法網，橫被王法誅戮其命。第三橫死，畋獵，縱慾、嗜酒，放逸無度，致遭非人奪其精氣而橫死；如今之賽跑、賽馬、游泳、跳舞、狂歡，縱慾無制，往往誤死。第四至第七可知。第八橫死，或為毒藥所斃；或如前說為冤家咒詛起屍鬼等所中而死。今黔湘之間，尚傳此法，能以符咒咒起死屍，今還故鄉，亦由起屍鬼之作用。第九橫為飢渴所困而死，或自飢渴而死，或被禁飢渴而死，或自甘願飢渴而死。如是九橫，皆為常人之事實，而人自不知，乃佛從俗諦方便闡明其事。
又依佛法真諦，九橫各有深義：如第一橫死，因愚癡故，誤信邪外，自傷慧命。第二橫死，不守戒律，破壞佛制，至害法身。總之，皆因不依戒定慧、六度等法門修學，致遭橫死，而在言詞善巧，不妨以俗事而顯真理也。此言九橫，略說而已；若廣言之，一一橫中各有無量諸橫，說不能盡。然於彌留之際，修此藥師佛法，皆可不遭橫難而延續壽命也。
戊四 救脫重勸修度
『復次、阿難！彼琰魔王主領世間名籍之記，若諸有情，不孝五逆，破辱三寶，壞君臣法，毀於性戒，琰魔法王隨罪輕重，考而罰之。是故我今勸諸有情，然燈造旛，放生修福，令度苦厄，不遭眾難』。
琰魔羅王，前已言之詳矣。其為主領世間名籍之記者，三界眾生煩惱未斷，生死未了，皆在其勢力範圍管領之下。昔有比丘修諸禪定，臨終生四禪天，而因起謗法之念，須臾即落地獄。故不但人有墮獄之危，即至非非想處壽命八萬四千歲，盡時亦墮地獄，不能超越琰魔羅王之範圍支配。蓋琰魔羅王為可墮地獄有情共業增上而成，故有情之年貫名籍，皆操其手；賞善罰惡，由其指使。五逆者：弒父、弒母、弒阿羅漢、破和合僧、出佛身血。不孝乃五逆之首。三寶，佛、法、僧，為萬善之基礎，究竟之依歸；若事破壞，自失義利，復造重罪。君臣之法，乃國群秩序，壞亦罪重。性戒者，戒有遮戒與性戒：遮戒、唯屬佛制遮止不作之戒；性戒乃本性是惡法，人人宜戒，如殺、盜、邪、淫等，若已受戒者，若未受戒者，毀之皆罪。如是種種罪業，死必應墮地獄而受琰魔法王之考罰。然此諸業，有不知而犯，有明知故犯，有無意而犯；即今世未犯，而無始劫來未有不犯者。故懺悔文云：『我昔所造諸惡業，皆由無始貪嗔癡』；亦即懺悔往業。故人人皆有業因，必招業果，人人不能脫離琰魔王法，是以重重勸修藥師佛法，或於現生增長福壽，或有臨終往生淨土，超脫三途，是皆救脫菩薩之大悲表現也。
丁三 藥叉誓護周
戊一 列藥叉眾
爾時、眾中有十二藥叉大將，俱在會坐，所謂：宮毘羅大將，伐折羅大將，迷企羅大將，安底羅大將，頞你羅大將，珊底羅大將，因達羅大將，波夷羅大將，摩虎羅大將，真達羅大將，招杜羅大將，毘羯魔大將：此十二藥叉大將，一一各有七千藥叉，以為眷屬。
有情持奉益中三周，今第三藥叉誓讓周。藥叉神將聞佛法後，感佛恩德，發大誓願，荷負有情，故有此周。此中有三，今初列十二神將之名。藥叉翻音，非同藥師翻義，亦作夜叉。常人聞夜叉之名，即同羅剎等起凶惡驚怪之想，實則不然，蓋藥叉非如羅剎等之專害人者。佛教說八部眾，藥叉位列第三；四天王八部神將，藥叉居首。故無論在佛教，在護世四天王，藥叉皆居次要與主要地位，護持佛法，誓願弘深，故藥叉實異常人之觀念。復次、藥叉即金剛力士，有天行藥叉，空行藥叉，地行藥叉；其義翻為勇健，亦正顯其是勇敢強有力者，不被一切摧伏而能摧伏一切，故諸佛菩薩往往現此金剛力士藥叉身。又翻疾捷，顯三種藥叉，威德自在，人間天上，往來迅速，其疾如風。復次、一行禪師在大日成佛經疏中翻為秘密，其請佛說法之祕密主，即藥叉主，以其勇健疾捷，一切身語意業神變莫測，故名祕密。又楞伽經在楞伽山為藥叉王說，其威力極大，故大日經中稱之為祕密主。復次、鳩摩羅什亦譯貴人；言其為富貴人，自富貴復能使人富貴而居人之上。古印度民間求神之易感應者，藥叉居多，故其祀奉亦極普遍。又密部咒語，皆列上首鬼神名號，而其最名最靈驗者，亦推藥叉。蓋咒語有生善滅惡之功效，其義譯作遮持，即遮一切惡，持一切善，故藥叉能有求必應。
昔清辯菩薩著掌珍論，綜龍樹中論明一切空義，與護法菩薩一切唯識義互相抗衡。而二說各具堅固之理，互不摧折。乃發願保其色身，留待慈氏證明，求觀音大士，滿其所願，後得觀音感應，持咒咒開岩石，有藥叉神出現，引入其中，保留色身，以待慈氏，得滿所願。此亦由藥叉神將之力，其所持咒，亦屬藥叉神咒。上來所說各節，皆所以顯藥叉神將，在佛法中所居地位之重要也。又此經明十二大願，與十二藥叉神將，亦極有密切關係。藥師本因地中所發十二大願，上求佛德，下利有情，果上得滿本願，乃等流為十二藥叉神將，故十二大願，即化成十二藥叉神將。故十二神將，乃佛果之化身，如西方彌陀欲令法音宣佈，變化眾鳥；而今東方藥師欲令十二大願具體表現，化此十二神將，故約跡而論，為十二神將；約本而論，即佛身等流也。
宮毗羅、義為蛟龍，即金龍身首。伐折羅、義為金剛，手執金剛杵故。迷企羅、義為金帶，腰束金帶故。安底羅、義為破空山。頞你羅、義為沉香。珊底羅、義為螺女形，首冠華髮如螺故。因達羅、義為能天主，亦云地持。波夷羅、義為鯨魚，長大如鯨故。摩虎羅、義為蟒龍。真達羅、義為一角，頭有一角故。招杜羅、義為嚴幟，又云殺者。毗羯羅、義為善藝。此十二名字不必作何等解釋，若依印度原音呼召，即與神咒有同等功效；故下文定經名云：『亦名說十二神將饒益有情結願神咒』。故十二名字，亦可當咒持誦；呼其上首名號，部眾皆服，此十二神將，各有七千藥叉以為眷屬；既為首領，必有部眾，首領既來，部眾必俱。如藥師有七佛，而以藥師為主，餘六佛為伴，七佛合作，成其曼答囉之團體；舉念一佛功德，七佛齊彰焉。
戊二 感恩護法
同時舉聲白佛言：『世尊！我等今者蒙佛威力，得聞世尊藥師琉璃光如來名號，不復更有惡趣之怖。我等相率，皆同一心，乃至盡形歸佛法僧，誓當荷負一切有情，為作義利，饒益安樂。隨於何等村城圍邑，空閑林中，若有流布此經，或復受持藥師琉璃光如來名號恭敬供養者，我等眷屬衛護是人，皆使解脫一切苦難，諸有願求悉令滿足。或有疾厄求度脫者，亦應讀誦此經，以五色縷，結我名字，得如願已，然後解結』。
既聞佛法，蒙佛威德，獲大利樂，故發願擁護是法，流通是法。無惡趣恐怖，可有二義：一、藥叉依六趣言，屬雜趣攝；依五趣言，屬鬼趣攝。既在惡趣，自然不免恐怖，但今由佛力加被，作利生事，雖在惡趣而不生恐怖。二、蒙佛威力，聞佛法後善根增長，從此不復更墮惡趣，故無恐怖。但此二義，猶屬淺釋。若作深解，藥叉又由聞法功德威力，攝跡歸本，即成藥師佛心的十二大願，將跡上所現之相攝歸果上不思議功德之本，皆是藥師如來法身、等流身、利樂眾生之妙用。如彌陀之化眾鳥，則覓惡趣之相尚了不可得，何恐怖之有？此其所以感恩護法也。
我等相率，皆同一心，此之一心，最為難得！彥云：『二人同心，其利斷金』。人不在多，若能志同道合，協力一心，即有作為。周武王說：紂有億萬人、億萬心，周雖三千人，皆同一心，放亡紂者必周。今無量藥叉皆同一心，皈依三寶，荷負一切有情，其能如此，皆由佛力。
義利二字。依中國向來解釋，可作二種：一、以利為利，只願個人利益，不管他人幸福者，屬於不義之利。二、以義為利，至其極、所謂：殺身成仁，捨生取義，見有於他人利樂之事，雖犧牲個己之物質財產與精神生命，亦所不惜。今藥叉神將，唯作義利，故饒益有情也，依佛教解義利：利他為義，自利為利；與將來安樂為義，與現世安樂為利；出世福為義，世間福為利；真諦第一義為義，俗諦轉煩惱成菩提為利；今藥叉即作如是義利安樂有情。
此義利既通現世與未來，故若此世，若他世，若在村國城邑等此經流布處，此人讀誦處，皆起衛護，令諸修法有情離苦得樂。是故此十二神將之誓願，即成七佛本因之誓願，為此經所宗重。悉令滿足、即消災，有疾厄求救脫，即延壽。但欲消災延壽，須修藥師佛法；又以五綵絲縷，或梵字，或華字，結成名字，皆得隨願求遂；此即藥叉神將所發之願也。
戊三 釋尊讚許
爾時、世尊讚諸藥叉大將言：『善哉！善哉！大藥叉將！汝等念報世尊藥師琉璃光如來恩德者，常應如是利益安樂一切有情』。
此釋尊讚許藥叉大將，既上求藥師佛德，復下度有情眾苦，難得希有，故雙讚善哉。又、汝等藥叉蒙佛威力，無惡趣怖，今宜念佛恩德，發起如是利益安樂一切有情之心，以恩報恩，理之當然也。
乙一 結名奉持
爾時、阿難白佛言：『世尊！當何名此法門？我等云何奉持？』佛告阿難：此法門名說藥師琉璃光如來本願功德；亦名說十二神將饒益有情結願神咒；亦名拔除一切業障；應如是持』！
前正說分中先示體相，總顯此經之宗體；後明機益，彰此經之妙用；則此經之全體大用詳矣。今此流通分，先結經名，更使見者一目了然。阿難為此經之記錄結集者，故發斯問，立經總題，俾後世流通憶持不忘。佛定此經，總有三名：一名、說藥師琉璃光如來本願功德經；此從示體相中總明依正莊嚴之體，因果功德之相而立名。一名、說十二神將饒益有情結願神咒經；此從明機益之妙用上立名。十二神將，荷負有情，誓願弘深，凡有所求，必感應驗；而藥師自受用身甚深行處，等覺不知，末世眾生，功德果海，感應為難，故就藥師等流法身之十二神將，堪能饒益有情而立斯名。故今講此經，特將藥叉誓護周攝於正說分中也。一名、拔除一切業障經；此從機益，皆明消災、延壽，拔苦、與樂之文而立名。既標經名，應如是持奉。
乙二 列眾信受
時薄伽梵，說是語已，諸菩薩摩訶薩，及大聲聞，國王、大臣、婆羅門、居士、天龍、藥叉、健達縛、阿素洛、揭路荼、緊捺洛、莫呼洛伽、人、非人等一切大眾，聞佛所說，皆大歡喜，信受奉行。
此一段文，為記錄結集者所敘述。佛說此經已，結集者列出信受之眾，有菩薩眾、聲聞眾、人眾、八部眾。人眾、即舉國王、大臣等為代表。八部眾者：天、龍、藥叉、見前釋。健達縛，此云尋香，尋覓香氣為飲食故，乃天樂神。阿素洛、即阿修羅，此云無天德，有天福而無天德故。揭路荼，此云妙翅鳥，乃大孔雀神也。緊捺洛，此云疑人，似人而頭有角，乃天歌舞之神。莫呼洛伽，乃腹行神，即蛇蛙等之變化能神者。菩薩、聲聞、國王等，為人；天龍等，為非人。如是人非人等，聞釋迦佛說是經已，皆大歡喜，信受奉行。蓋聞法後，須生歡喜，方堪信受；若不歡喜，即難信受，而失說法之用。歡喜心油然而生，說法時間雖久，忘其疲倦，而正信受。既信受已，則堪實踐奉行，方能證果。此顯佛法重於行證，而行證須先信受，信受方能行證；故說經之後，皆曰信受奉行，明佛法非徒口空言所能奏效也。經已講完，謹祝願云：
聞藥師法信受奉行，消災免難增福延壽！
風調雨順國泰民安，饒益有情同成正覺！
古，五月十六日完